系統性紅斑狼瘡的病理變化可分為兩類，一類是基本組織病理變化，另一類是受損器官的特徵性病理改變，通過這兩類病理改變，可以進一步確診紅斑狼瘡。
基本組織病理變化，主要有3個方面：
①結締組織纖維蛋白樣變性：是由於免疫複合物及纖維蛋白構成的嗜酸性物質，沉積於結締組織所致。
②結締組織的基質發生黏液性水腫，見於疾病的早期。
③壞死性血管炎：中、小血管壁的結締組織發生纖維蛋白樣變性，甚至壞死、血栓形成，引起出血和缺血等病變。
受損器官的特徵性組織病理改變，也有3類：
①蘇木素小體：是各種組織病理學上可找到與狼瘡細胞類似的所謂蘇木素小體，由於細胞核受抗體作用變性為嗜酸性團塊（細胞核經過變性後的殘餘物)，被染成紫色的無定型物體，可見於所有受損的炎症區。
②洋蔥皮樣病變：小動脈周圍有顯著的向心性纖維組織增生，尤以脾臟中央動脈為明顯，心肌、肺、神經系統等器官均可出現上述基本組織病理改變。
③疣狀心內膜炎：心臟瓣膜的結締組織反復發生纖維蛋白樣變性，而形成贅生物。