系統性紅斑狼瘡主要累及皮膚黏膜、骨骼肌肉、腎臟以及中樞神經系統，同時還可累及心、肺、血液等多個器官和系統，臨床表現多種多樣，其發病原因複雜，病因和發病機理目前尚未完全明確。現在的醫療手段尚不能完全根治本病，但大多能控制和緩解病情，應儘量控制在沒有內臟損傷的早期階段。自應用激素治療以來，預後有明顯的改善，患者死亡率降低，相關報導其5年生存率已達75%。此類患者死亡的原因以腎功能衰竭、各種感染（如肺炎、敗血症等）、心力衰竭、腦出血、消化道大出血等多見。中西醫結合治療可以使預後得到進一步的改善，有的患者甚至可以達到恢復工作的程度。
系統性紅斑狼瘡的預後與多種因素相關，包括重要臟器是否受累以及其損傷的程度、藥物治療的種類以及時機、患者的耐受性以及是否配合治療等等。其中，腎臟損害的程度是判斷患者預後的重要指標，腎活檢病理檢查對於判斷預後十分重要。同時早期診斷、早期治療，合理規範的用藥是改善預後，緩解病情的關鍵。