小兒腸炎一般是因為吃了不乾淨的東西而引起的，所以如果要預防孩子出現小兒慢性腸炎最重要的就是要保持食物的清潔和保存的安全。平時不要讓孩子在街邊吃東西，孩子所用的器具，奶瓶等要用熱水消毒，隔一段時間要用沸水煮十分鐘進行消毒。家裡如果有下痢的人的話就要進行隔離，病人的排泄物要小心處理，排泄物的用具要進行消毒防止傳染給孩子。
孩子一天大便五次以上，出現輕微發熱的症狀就可能是輕度的小兒慢性腸炎，如果不進行治療的話就會出現痢疾，出現脫水，發熱的現熱。到了重度腸炎的話就會出現水樣大便的噴射，出現重度脫水，還會出現腸麻痹現象。
在治療小兒慢性腸炎時最主要的就是進行對症治療和病因治療。意思是說引起腸炎的原因是什麼，就要積極地消除病根。要是引起消化不良引起的話就可以通過調整飲食和用服乳酶生，酵母片等進行治療。
小兒慢性腸炎可以用抗生素進行治療。特別是細菌性腸炎用抗生素治療的效果很好。但是在用藥時要醫生的指導。如果治療不當的話就會引發下痢，這種情況下可以通過靜脈點滴進行治療，這樣可以補充營養和電解質緩解脫水症狀。
得了小兒慢性腸炎後可以引起胃痛，腹瀉，膿血便等症狀，如果嚴重還會引發癌變，比如結腸癌，胃癌等。還有可能會感染過敏性的關節炎，因此，小兒慢性腸炎應引起重視，及早治療疾病。