慢性腸炎患者經常會有腹瀉、腹脹、胃痛、消化不良等諸多症狀。慢性腸炎由於病因不明，病程長，反復發作，故在治療上亦十分棘手。中醫學認為慢性腸炎的“腹瀉”屬於“久瀉”的範疇，主要原因是由於脾虛而失去正常運化功能所致。若是一有情緒波動就有排便感覺的患者，為“肝氣犯脾”;而每天清晨均需排便的患者，則為“脾腎兩虛”。慢性腸炎的治療方法需分別採取健脾清胃、調肝補腎和益氣活血的方法，佐以澀腸止瀉藥物，標本兼治，常能取得較好的療效。
1、調肝補腎法：適用于肝鬱腎虛型患者
主要表現有小腹疼痛、大便稀、裡急後重，有時帶粘液，放屁多，腹中腸鳴、胃脘不舒，有時疼痛，肝膽部位有憋脹感，每因生氣著急或情志抑鬱而使上述症狀加重。這些患者大多脾氣不好、性情急躁，平時愛失眠，睡眠品質差，多夢，治療應採取調肝補腎的方法。所謂調肝，就是舒達肝氣，但選擇藥物要平和。補腎要補腎的精氣，即不能上火、又不能腹瀉，應以枸杞子、仙靈脾、制黃精、炒山藥等為主。
2、益氣活血法：適用于脾氣虛患者
患者有氣虛，又有血瘀，氣虛多為脾氣虛，主要臨床表現有腹脹腹瀉、大便帶膿血或有粘液，腹痛欲瀉，瀉後疼痛稍減，大便有時憋不住，來時急迫，經常胃脘疼痛，舌質紫暗有瘀斑，全身酸懶乏力，婦女又有月經不調、經前腹痛、面色發暗有瘀斑或蝴蝶斑等。治療應益氣活血凡人藥物組方。
3、健脾清胃法：用於脾虛胃熱的治療
患者主要表現有腹部脹滿，小腹下墜、怕吃涼食著涼就腹瀉、胃脘部不舒、有嘈雜感、打呃不爽，有時胸悶、噁心，甚則伴有頭暈、經常舌苔黃厚，口中有異味，愛長口腔潰瘍，大便時幹時稀，或頭幹後邊稀，治療應採取健脾清胃的方法。這樣既能清胃火，又能健脾止瀉。