反流性食管炎通常是反流的膽汁和胃酸共同作用於食管粘膜的結果。24小時食管pH監測發現，正常人群均有胃食管反流現象，但無任何臨床症狀，故稱為生理性胃食管反流。在下列情況下，生理性GER可轉變為病理性胃食管反流，甚至發展為反流性食管炎。
1.食管胃連接處解剖和生理抗反流屏障的破壞，尤其是食管下端括約肌的異常。
2.食管酸廓清功能的障礙。
3.食管粘膜抗反流屏障功能損害。
4.胃十二指腸功能失常，包括胃排空異常和胃十二指腸反流。
5.裂孔疝：裂孔疝的病人中半數以上發生反流性食管炎。
6.外科手術後：擾亂食管裂孔正常解剖關係及影響食管胃接合部功能的手術均可在手術後發生反流性食管炎，如迷走神經切斷術，食管下段肌層切開術，胃大部切除術等，術後長期插胃管，可使賁門不能完全關閉而引起食管炎，但病因解除後可以恢復。
7.妊娠嘔吐：因妊娠增加了腹內壓力而發生的裂孔疝可以引起反流性食管炎，但分娩後可以恢復，無須任何治療，嘔吐及長期呃逆亦可使賁門口經常開放而發生反流性食管炎，去除病因後可以恢復正常。
8.其他疾病：新生兒及嬰幼兒在發育過程中，因有食管下括約肌功能不良而發生反流，隨幼兒發育，大部分可減輕，尚有原發性食管下括約肌功能不良使關閉不全，及因器質性疾病如食管下段及賁門部腫瘤，硬皮病和各種造成幽門梗阻的，均能引起反流性食管炎。