反流性食管炎治療的目的是癒合食管炎、快速緩解症狀、減少復發、提高生活品質。
1、抑酸治療：GERD根本上使動力障礙性疾病，阻止胃內容物反流是治療的關鍵，但迄今為止，抗反流的促動力藥物療效不盡人意，而抑酸劑能迅速緩解症狀，治癒食管炎，因而抑酸治療是目前治療反流性食管炎的最主要方法。常規劑量H2受體拮抗劑對空腹和夜間胃酸分泌抑制明顯，可緩解多數病人的症狀，但對C級以上的RE癒合率差。該類藥物對餐後酸分泌抑制作用弱，且有快速抗藥反應，故僅用於A/B級食管炎患者。強力抑酸藥PPI可產生顯著而持久的抑酸效果，緩解症狀快，食管炎癒合率高，可用於所有的反流性食管炎的患者。常用的藥物有奧美拉唑，雷貝拉唑，埃索美啦唑等。反流性食管炎患者需用PPI的劑量為消化性潰瘍治療量的兩倍，療程至少8-12周。
2、促動力藥：促動力藥有一定的治療作用，但單獨使用療效差，其不良反應也限制了它們的應用。提高LESP的藥物正在研究中。
3、其他：制酸劑可中和胃酸，常用的藥物是含有鋁、鎂、鉍等的鹼性鹽類及其複合製劑，可用於解除症狀。鋁碳酸鎂有吸附膽汁的作用，能保護食管黏膜，有利於食管炎的癒合。
PPI治療食管炎8周的癒合率約為90％.治療8周後需要複查胃鏡， 瞭解食管炎的癒合情況，如食管炎未完全癒合，則療程要延長至12周。
4、維持治療：PPI幾乎可以癒合所有的食管炎，但停藥6個月後的復發達80％,反流性食管炎必須進行維持治療。PPI維持治療的效果優於H2RA 和促動力藥，維持治療藥物用量無統一標準，多用常規劑量的PPI.按需服藥，即出現症狀後病人自己服藥至症狀被控制是不錯的選擇，能減少患者的用藥量並節省費用，應選用起效快的PPI.