膽囊術後的種種不良反應也引起了醫學專家的重視，國內外研究發現，膽囊切除術後對人體可能有以下一些不良影響。
1、膽囊切除與食管黏膜損傷。
膽囊切除後引發膽汁反流，反流的膽汁長時間作用於食管黏膜可以造成嚴重的食管炎等。
2、膽囊切除與胃黏膜損傷。
膽囊切除後，很多患者胃竇－幽門－十二指腸運動失調，會引發十二指腸液反流入胃。反流的膽汁會導致胃黏膜充血水腫、糜爛潰瘍形成，黏膜脆性增加、黏膜腺體增生或萎縮。息肉形成或萎縮性胃炎發生。
3、膽囊切除切除與消化不良、腹脹、腹瀉、打嗝。
膽囊被切除後，膽囊對肝臟所分泌的膽汁進行貯藏、濃縮、排泄的功能喪失。當我們進食美味佳餚，需大量膽汁幫助消化時，此時體內卻無膽囊存儲的“富餘膽汁”傾力相助，從而影響食物中脂肪的消化吸收，造成身體消化不良、脂溶性維生素缺乏、腹脹、腹瀉、打嗝等。
4、膽囊切除後與反流性胃炎、食管炎。
膽囊切除後，肝臟分泌的膽汁只好持續不斷地進入腸道，造成膽汁在十二指腸內淤積，進而逆流入胃，使胃內PH 值升高，細菌繁殖，導致胃粘膜充血、水腫、脆性的增加，胃腺體萎縮以及潰瘍的形成，引發胃炎，再上則引發食管炎。
5、膽囊切除與膽管結石。
臨床研究發現，膽囊切除後，肝膽管失去膽囊高濃縮膽汁對膽固醇的溶解，久而久之，容易造成膽固醇的積累，在膽總管內形成結石。
6、膽囊切除與結腸癌。
膽囊切除術後，導致肝膽管分泌出的初級膽酸24 小時持續不斷的流入腸道，並與細菌接觸，產生大量次級膽酸，而次級膽酸能使結腸粘膜細胞有絲分裂增強，容易引起結腸癌變。
7. 其他。
如導致括約肌功能障礙，免疫系統、內分泌系統不良，術後心理障礙等。