腎結核及腎腫瘤
腎結核及腎腫瘤可有腎區疼痛及壓痛、鏡下血尿等臨床症狀，應與腎及輸尿管結石相鑒別，前者很少有絞痛，B超及X線檢查可助鑒別。
急性闌尾炎
右側輸尿管結石時的右下腹部疼痛易與闌尾炎混淆，需鑒別。急性闌尾炎時腹痛有像結石那樣嚴重且呈持續性，局部有壓痛、反跳痛和肌緊張，可有發熱及白細胞計數升高，尿液檢查可無紅細胞，B超和X線檢查可無結石陰影。可與前者鑒別。
膽石症
右腎結石需與膽石症相鑒別，膽結石主要是右上腹痛且向右肩和背部放射，B超及膽囊造影可發現結石陰影，可助鑒別。
急性腎盂腎炎
急性腎盂腎炎可有血尿，應與腎及輸尿管結石相鑒別，但前者有發熱等中毒症狀，B超及X線檢查可助鑒別。