兒童肛瘺較少，但出生後3個月的嬰兒，以及未滿1周歲的幼兒，也常會出現肛門腫痛、化膿的情況。由於小兒肛瘺管道較為短淺，排膿後症狀可很快減輕，並多數可自愈，部分患兒隨年齡增長而自愈，因此，一般主張不行手術治療。
治療
每日清潔肛門並坐浴，適當使用抗生素及外用藥膏，消炎消腫，控制和減少膿腫的發生，加速自愈。
對反復發作不能自愈的患兒，要擇期至能承受手術時，再進行手術治療，手術年齡以5～10歲為宜，對於低齡幼兒患該病的原因，以及自愈的原因，尚不明了。
根據肛門炎症、膿腫、瘺道三個不同階段採用不同的治療原則：
當肛門周圍尚未形成膿腫，僅見皮下有炎症反應時;
可採用保守治療，每日用溫開水坐浴2—3次，適當吃些抗生素，局部可用金黃如意膏外敷等消炎、消腫治療。
如膿腫已形成，可切開排膿，預防反復感染，由於距肛竇較近，可一次切至肛竇，可避免日後成肛瘺。
多數小兒肛瘺，可隨發育生長自己癒合，所以一般不主張及時做根治手術，一旦肛瘺已形成，可等孩子稍大些，到5—10歲時再手術，可行瘺道切開術或掛線治療。如在肛門兩側同時存在兩個瘺道者，應分次行瘺道切開術，若採用掛線方法，可用膠線一次收緊即可。