囊腫肛瘺這種疾病，一旦在人們的身上出現，其對人體健康的損害就極大，而及時的治療是解決該病的根本。那麼，囊腫肛瘺怎麼治呢?
1.藥物治療
肛瘺有間歇期和發作期。間歇期會完全沒有症狀，這時可以不用藥。發作期出現流膿、紅腫、疼痛等症狀，如果不能馬上手術，也可以採取藥物治療暫時緩解症狀。
(1)外治 用消腫止痛洗劑坐浴，外塗金黃膏。
(2)使用抗生素 急性發作期可以使用抗生素，但一般不要超過一周。
(3)中藥內服 用萆薢滲濕東加化毒除濕東加減，伴發熱用仙方活命飲。
2.手術治療
(1)切開引流 肛瘺發作期合併感染，此時因身體其他因素不能手術，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽膿處理。這種方法效果立竿見影，但只是暫時緩解，日後還需再行根治手術。
(2)置管或掛線引流 對高位瘺或多瘺管的複雜瘺，沒有把握手術，但為了防止病情加重或蔓延，可以在瘺管內放置引流管或引流條，每天藥物沖洗，雖不能根治，但可以控制病情。
(3)肛瘺切開術 肛瘺最經典與最主流術式，90%以上低位肛瘺的治療採用此方法。
(4)瘺管剔除術 對瘺管完全粘連、較細的低位肛瘺，探針無法探入，可以採用剔除術。