重症肌無力的病因包括以下幾個方面：
外因-環境因素
臨床發現，某些環境因素，如環堵污染造成免疫力下降;過度勞累造成免疫功能紊亂;病毒感染或使用氨基糖苷類抗生素或青黴素胺等藥物誘發某些基因缺陷等。
內因-遺傳
近年來許多自身免疫疾病研究發現，它們不僅與主要組織相容性抗原複合物基因有關而且與非MHC基因，如T細胞受體、免疫球蛋白、細胞因數、凋亡等基因有關。
重症肌無力患者自身免疫系統異常
臨床研究發現，本病患者體內許多免疫指標異常，治療後臨床症狀消失但異常的免疫指標卻不見改變，這也許是本病病情不穩定，容易復發的一個重要因素。