隨著社會不斷發展，慢性腎小球腎炎的治療以緩解或改善臨床症狀、延緩腎功能惡化，防止併發症發生為主要目的，治療不僅因人而異，還要根據腎穿刺病理結果制定，歸納起來慢性腎炎的治療藥物主要為糖皮質激素和細胞毒藥物，有治療慢性的，有治療急性的，治療腎小球腎炎的藥物有以下幾種。
糖皮質激素
當然不是每個慢性腎小球腎炎患者都要用激素治療，需要根據糖皮質激素的使用禁忌並臨床結合腎穿刺病理結果才能決定。
如果慢性腎小球腎炎患者原來就有消化性潰瘍，那麼最好先治療潰瘍，再用激素。如果患者有糖尿病病史，則激素就應慎用。慢性腎小球腎炎患者一旦開始服用糖皮質激素開始治療，就應遵醫囑按時到醫院複診檢查，以便觀察療效並及時發現不良反應。隨意停用或延長激素使用時間，都是應用激素的大忌，前者可能減弱甚至導致激素失效，而後者會導致嚴重的不良反應。
細胞毒藥物
常用的有環磷醯胺、嗎替麥考酚酯、環孢素等，這類藥不良反應相對比較大，一般為二線用藥。當慢性腎小球腎炎患者出現激素抵抗、依賴或長時間使用糖皮質激素發生嚴重的不良反應時，可考慮使用這類藥。
血管緊張素轉換酶抑制劑和血管緊張素Ⅱ受體拮抗劑因能降低腎小球濾過壓、減少蛋白尿、保護腎功能而經常被用於治療慢性腎炎，但要注意的是這類藥並不能取代糖皮質激素的作用，而且要謹防高鉀血症的發生。對於腎功能不全的患者，更要在醫生的指導下服用，按時複查血鉀水準，以防造成嚴重後果。
中醫藥治療慢性腎炎的方法有：
益氣固腎法 用於肺腎氣虛，脾腎氣虛者。如黃芪、黨參、太子參、生黃芪、白術、芡實、蓮子肉有補氣作用;金櫻子、蓮須、菟絲子、覆盆子有固腎作用。
溫補脾腎法 用於脾腎陽虛者，常用方劑有附子理中湯、真武湯等。
滋養腎陰法 用於腎陰虧損者，慢性腎小球腎炎如溫補脾腎過久或用激素治療者，都可導致腎陰耗傷，常用方劑有六味地黃湯、知柏地黃湯等。
氣陰兩補法 用於氣陰兩虛證，常用方劑為參芪地黃湯。
陰陽雙補法 用於陰陽兩虛者，常用方劑為桂附地黃湯。
清熱解毒法 適用於慢性腎小球腎炎合併感染患者，可選用五味消毒飲合銀翹散加減。
活血化瘀法 慢性腎小球腎炎病程較長，多數患者都有不同程度的瘀血徵象，可在辨證論治的基礎上選加丹參、澤蘭、紅花、益母草、水蛭等。
祛風勝濕法 慢性腎炎有濕勝氣，脾氣不升者，可用本治法，常用方劑為祛風勝濕湯。
特別提醒：如果慢性腎炎患者感冒或得了其他疾病，在就診時應告訴醫生自己有腎炎病史，避免應用腎毒性藥物，如抗菌藥物中的第一代頭孢菌素、磺胺類、氨基糖苷類等;解熱鎮痛藥如索米痛片、感冒通等;某些中草藥也有腎毒性，如因其他疾病需要服用中藥，也要把自己的腎炎病史告訴醫生。