子宮內膜異位症患者盆腔疼痛、不孕以及盆腔包塊的治療可分別進行。主要治療方法有手術治療、藥物治療、手術藥物聯合治療以及輔助生育治療等。
手術治療法
手術治療子宮內膜異位元症的目的主要是去除病灶，恢復解剖結構，從而減輕疼痛和減少復發。
手術類型包括：
保守性手術：僅切除異位內膜，保留子宮和卵巢。多通過腹腔鏡完成，包括剔除巧克力囊腫、燒灼或切除病灶等。腹腔鏡手術是子宮內膜異位症手術的首選方法，因其可清晰觀察病變、取組織活檢確診，同時鏡下切除或燒灼病灶、剔除囊腫、分離粘連。腹腔鏡手術聯合藥物是子宮內膜異位症的金標準治療
半根治性手術：切除異位病灶和子宮，但保留一側或雙側卵巢。
根治手術：切除異位元病灶、子宮和雙側附件。
藥物治療法
藥物治療主要用於緩解子宮內膜異位症疼痛、抑制異位內膜的生長。常用藥物大致有4類：口服避孕藥、孕激素、雄激素和促性腺激素、釋放激素激動劑。