1、卵巢黃體期缺陷。觀察到部分患者黃體期≤10天，子宮內膜定期病理檢查黃體期缺陷，其黃體缺陷的發生率據報導為25%-40%。黃體功能不全不但降低受孕率，同時增加自然流產率。
2、子宮內膜異位可伴隨不排卵。據報導子宮內膜異位元症有17%-27%不排卵，其機制和患者卵泡細胞的LH受體少有關。
3、腹水中前列腺素（PGF2a）分泌增高與不孕。研究發現患者腹水中前列腺素濃度較正常人高。前列腺素的增高可影響卵泡的成熟並造成黃體功能不足。此外，腹水中的前列腺素的增加，可使輸卵管痙攣、節律運動異常及使孕卵發育與蛻膜變化不同步，從而影響受孕卵和著床。
4、腹水中白介素Ⅰ及Ⅱ增高與不孕。白介素Ⅰ是巨噬細胞產生的一種特異蛋白，能誘導T細胞分化、增殖並產生白介素Ⅱ，還能刺激前列腺素合成，使纖維細胞增加，活化及細胞產生免疫球蛋白的功能。異位症患者腹水存在白介素Ⅰ及白介素Ⅱ，並隨疾病的嚴重而增加。
5、黃素化卵泡不破裂綜合征（LUF）。即指卵泡黃素化而無排卵、卵泡成熟並黃素化而形成黃體，但成熟的卵子並不破出黃體而進入腹腔。雖然血清內孕激素濃度增加、基礎體溫雙相，子宮內膜呈分泌期改變，但腹腔鏡下在卵巢黃體上見不到排卵後的破孔。腹水內孕激素含量也顯著低於正常。據報導子宮內膜異位元症中，LUF的發生率可高達75%，且提出檢測腹水內孕激素的含量是診斷本征的最好方法。
6、腹水的量、成分與不孕。患者的腹水量為10-20ml，而正常人