1、放射治療：
雖然放療用於子宮內膜異位症已有多年歷史，但應用多種藥物及手術達到很高療效，一般不破壞卵巢功能，而放射治療子宮內膜異位症的作用，在於破壞卵巢組織，從而消除卵巢激素的影響，使異位的內膜萎縮，達到治療的目的。
放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯，但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連，尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病，本人又十分懼怕手術的個別患者，也可採用體外放療，破壞卵巢功能，達到治療目的。即便個別接受放療者，必須先明確診斷，特別是不能將惡性卵巢腫瘤誤診為子宮內膜囊腫，以至錯治而延誤正確治療。
2、藥物治療：
藥物治療主要是激素療法。因為異位內膜對卵巢內分泌有反應，所以採用性激素治療已成為本病的重要治療方法。性激素治療主要是抑制排卵或引起閉經，使異位內膜發生退行性變，繼而壞死、吸收。
經過性激素泊療後約有85%的病人的症狀可緩解，也有的病人經治療後妊娠。但性激素類藥物如常有不同程度的副反應，如食欲減退、噁心、肝功能不正常等，停藥後可以消失。也有些病人長期使用後，療效不夠穩定，且停藥後容易復發。因此性激素治療應當在醫生指導下應用。