隱秘性甲亢以某一系統病變為主要表現，而無典型的甲亢症狀。臨床上可分為不同類型，故其症狀較為複雜。
1.精神型：以精神錯亂為主要表現，並伴有行為異常。如注意力渙散、抑鬱、精神萎靡、易激惹、煩躁不安、躁狂（以情感高漲、異常興奮為主要表現）等，並可伴有自傷、毀物、打人等具有暴力性的行為，但有時會出現自主行動減少表現；嚴重者可出現妄想、幻覺，甚至有自殺觀念。
2.胃腸型：多見於中青年患者，以腹瀉為突出表現。發病期間，大便次數可達數次至幾十次不等，呈水樣、泡沫樣或糊狀，含有未消化的食物殘渣；部分患者以嘔吐為主要症狀，並伴有陣發性腹痛。此型患者易出現水電解質紊亂，若治療不及時則易誘發甲亢危象。
3.肌病型：以肌無力及週期性麻痹為主要表現，並伴隨甲亢症狀，如眼瞼下垂、複視、表情淡漠、進食困難、易嗆咳、易疲勞、眼球震顫、多汗、失眠等；病變嚴重者可出現重症肌無力，如苦笑面容、飲水嗆咳、抬臂困難等，有時可出現呼吸困難。值得注意的是，肌無力常於下午或傍晚時加重。