甲亢患者使用抗甲狀腺藥物治療已經有50年的歷史，至今仍然是治療甲亢的基本措施。藥物治療其特點是方便，患者直接口服用藥，治療後不會引起不可逆的損害;對年輕發病、病情輕、甲狀腺輕度腫大者應用抗甲狀腺藥物治療最為理想。常用抗甲狀腺藥中，以丙基硫氧嘧啶與他巴唑在臨床上應用最為廣泛。
抗甲狀腺藥物有硫脲類和咪唑類兩大類。硫脲類有丙基硫氧嘧啶和甲基硫氧嘧啶;咪唑類有他巴唑和甲亢平。
1、丙基硫氧嘧啶
主要作用於抑制甲狀腺激素合成及阻斷外周血T4向T3轉化。此藥起效快，半衰期短，降低白細胞的副作用在同類藥中最輕，故適用於甲亢重症須迅速降低血循環中T3濃度者，以及基礎白細胞值較低的患者。
2、甲基硫氧嗜啶
主要作用與丙基硫氧嘧啶相似，但因其毒副作用較大，臨床上現已淘汰使用。
3、他巴畦
主要是抑制甲狀腺激素合成，體外實驗尚可抑制培養中的淋巴細胞產生甲狀腺抗體，毒性彌漫性甲狀腺腫。患者應用此藥後亦發現抗微粒體抗體及針對TSH受體抗體呈平行下降，使本藥在臨床上應用更為廣泛。他巴唑半衰期為6小時，然而有實驗證實單劑量30mg的他巴唑可維持抗甲狀腺作用達24小時以上，這為臨床上每日1次服用他巴唑提供了實驗依據。
4、甲亢平
在體內通過水解游離出他巴唑而發揮效應，故起效慢，不適宜用於急重症患者，但副作用相對較小。