甲亢突眼患者可用免疫抑制劑治療，常用的藥物是環磷醯胺，患者在用此藥時應該注意其不良反應。
心血管系統
環磷醯胺可引起心肌病、局灶性穿壁性心肌出血及冠狀動脈炎。大劑量（120-240mg/kg）可致出血性心肌壞死，並在最後一劑的2周後可發生心衰。此藥對毛根有毒性作用，常見有彌漫性脫髮。
消化系統
最常見的不良反應是噁心、嘔吐，發生率大約為60%-90%，這是患者不能耐受的主要原因。雖然5-HT阻斷劑胃複安可以減輕這一不良反應，應密切注視隨之而來的神經抑制作用。由於環磷醯胺的主要代謝物丙烯醛的肝臟毒性作用，引起肝細胞壞死，肝小葉中心充血，並伴隨氨基轉移酶升高。
泌尿系統
環磷醯胺可以引起腎出血、膀胱纖維化及出血性膀胱炎、腎盂積水、膀胱尿道返流、甚至繼發腎癌，但與其他烷化劑抗癌藥相比，該藥物的腎毒性相對較低。
皮膚黏膜反應
環磷醯胺影響毛囊細胞的分裂，對頭髮、毛囊均有明顯毒性。用藥後引起脫髮的程度是劑量相關的，停藥後可逐漸長出新發。環磷醯胺抑制口腔黏膜的快速增殖，也可引起藥物性皮炎，與其他藥物合併使用，也偶見指甲脫落和色素沉著。