再生障礙性貧血主要有三大症狀，即貧血、出血和感染。這是由於發生再生障礙性貧血時，患者體內的紅細胞減少所引起的。絕大多數的再障患者發病緩慢，病程也較長，臨床上稱之為慢性再障，而人們一般所說的再障即指慢性再障而言。
再生障礙性貧血的主要症狀如下：
慢性再生障礙性貧血
慢性再障患者幾乎都是由貧血開始發病的。患者雖然血小板減少，但出血的症狀很輕，一般表現為皮膚出血點或輕微的齒齦出血，比如刷牙時齒齦出血，女性患者可能有月經過多的表現；雖然慢性再障患者的白細胞減少，但有嚴重感染者甚少，且感染者大多為感冒。
慢性再障患者的病程長，經過治療後大約有1/3患者可治癒，1/3進步，1/3遷延不愈。只有極少數的慢性再障患者可能變成急性，死於出血或感染。
急性再生障礙性貧血
急性再障發病急驟，除貧血外常有出血或發熱感染。急性再障患者的出血現象十分嚴重，不僅表現在皮膚、黏膜（如齒齦、口腔、鼻黏膜等）出血還常有多處內臟出血，包括消化道（便血）、泌尿道（血尿）、子宮出血以及腦出血，且出血量較多；
而急性再障患者發熱及感染嚴重時，體溫常超過39℃，最常見的感染是呼吸道如肺炎和口腔黏膜感染，也有皮膚化膿，蜂窩織炎和敗血症等。嚴重的感染常會加重出血現象，而出血又容易繼發感染，同時出血和感染都可以加重貧血，導致病情地迅速惡化。
急性再障的預後兇險，死亡率高達65% ~75%，大多數患者于半年內死亡，半數於3個月內死亡，只有少數患者經治療可以轉為慢性型再障。