生理性痛經多是初潮不久後出現的，主要與少女生殖系統沒有成熟相關。有時也與精神因素密切相關。也可能由於月經期一些細胞因數如前列腺素E2刺激子宮肌肉收縮，導致子宮一次性缺血或腸痙攣而引起痛經，再加上少女們初來月經，所以 這種疼痛的感覺會更加明顯。
只要經過詳細婦科臨床檢查未能發現盆腔器官有明顯異常者，這種痛經不會引起其他的不良後果。生理性痛經引起的疼痛感覺多為間隙性絞痛、痙攣痛。
一般來說，生理性痛經無需干預，但如果有女孩感覺痛得直打滾，或痛得要暈厥過去，以致影響生活與工作或學習，則需要對症治療。有些少女的痛經是由於子 宮肌肉的收縮或腸痙攣導致，有些少女在痛經時還伴有頭痛、頭脹的症狀，這時口服一些止痛藥，也能起到緩解疼痛的效果。