秦始皇三十四年，丞相李斯上疏說：“從前各諸侯相爭，
禮遇士人，招攬各國人才歸附。現在天下太平，法令統一，百姓致力於農業和手工業生產，士人應當致力於法令的研習。”
秦始皇問他：“那麼這些士人到底如何破壞我的威信，是禁好還是不禁好？”
“現在儒生們不學習今天的法令，反而去深究古老的學說，用古代法令來批評當今社會，惑亂百姓，一起攻擊法令教化。新的法令一經頒佈，這些亂民就各自用自己的學說來議論它，在家則心生非難，
出門在街談巷議，靠誇耀主上來獲取名聲，靠提出反對意見來彰顯高明，帶領群眾製造誹謗輿論。這樣的事情若不加禁止，就會損傷君主的威信，臣僚中也會出現黨派和競爭。當然是禁好！”李斯回答。
秦始皇接著問：“那麼具體應該如何做呢？”李斯接著說：“我請求命令史官，
燒掉秦國以外的史書。只要不是博士官所掌管，收繳民間私藏的儒家和諸子百家的著作，由各郡守、郡尉集中焚毀。有敢談論《詩》、《書》的，處死；用古代的理論批評當今社會的，族誅；膽敢隱匿包庇罪行的官吏，與犯者同罪；命令下達30天，還敢私藏以上書籍的，在臉上刺字，罰去做苦工。醫藥、占卜、農業方面書籍保留。”秦始皇下令照辦。
李斯囉裡囉嗦說了許多，
中心內容只有一個，那就是應當厚今薄古，而不能以古非今，為此，他建議燒書，而且要以嚴厲的措施去執行。
次年，侯生、盧生互相譏諷議論秦始皇，害怕罪責難逃，於是逃走了。秦始皇知道以後，大發雷霆，說：“盧生這些人，我對他們那麼尊重，賞賜也很豐厚，
現在居然誹謗我！給我嚴加審問還在咸陽的儒生，看看還有沒有人妖言惑眾的。”於是讓禦史一一加以審訊。
儒生之間於是互相告發牽連，最後又400多名儒生獲罪，都在咸陽被活埋，並通報天下，用以懲戒後人。
秦始皇“焚書坑儒”之後，其長子扶蘇諫道：“如今天下初定，遠方的人民未必心服。這些儒生都是學習孔子的，陛下這麼嚴厲地懲罰他們，我怕天下百姓因此而恐懼不安。
請皇上明察。”秦始皇聞諫大怒，把扶蘇趕到遙遠的北方邊境，讓他當蒙恬的監軍去了。此舉，導致了後來的沙丘之變。