道教雖然因黃巾起義在北方遭到鎮壓而在魏國走向低潮，
但在吳國仍受到崇奉。在蜀國，天師道還有一定的發展。到了晉代，著名道士輩出。東晉時，道教在南方飛速發展，形成三大中心：一是今江西貴溪市的龍虎山；二是今湖南的衡山，三是今江蘇的茅山。西晉末年，李特在梁州、益州領導流民起義，張陵的第四代孫張盛為了躲避戰禍，帶領一部分天師道徒眾，由漢中遷居龍虎山，建立籙壇（道教收道士時授符籙的神壇），傳播天師道。
後來，這裡便形成南方天師道的中心。與此同時，北方酷信道教的魏夫人存華，也為了逃避戰亂，自洛陽南遷，最後隱居于衡山，修道、傳道，後來被尊為“南真夫人”和“南嶽夫人”。南嶽衡山因此也就成了南方的道教中心。江南自東漢末年以來，道教一直受到保護，因此信奉的人很多，其中包括士族名門王、謝、陶、殷諸姓及各級官吏。因此，勢力很強，影響很大。其中許多著名的道士多在今江蘇句容、溧水東部的茅山修道煉丹，
這裡也就成為南方道教的中心之一。
但是，這時的道教仍然沒有佛寺那樣的建築物。出家道士的修道和煉丹場所，依舊是石室、洞府或簡陋的茅棚；不出家的信奉者，都在家中設一間“靜室”，進行修煉。這與道教修煉，需要環境幽靜有關。例如著名道士單道開，他就“好山居”。升平三年（359），他從北方來到東晉所在地，後入南海郡的羅浮山（今廣東增城市東）修煉，
獨處茅茨，寄情物外。年百歲，卒於山舍。著名道教學者葛洪，晚年入羅浮山修道、煉丹，優遊閑養，著述不輟。他也沒有道教觀宇，最後是在茅舍中去世的。許翽（音hui）先隨其父許謐（音mi）入茅山學道，後轉方隅山方原洞修煉，直到死去，也沒有道觀。許邁開始不忍心遠離父母，為了便於省親，於是把精舍（道舍）建在余杭縣的懸溜山（今浙江臨安西南之九仙山）；又于茅山建石室，
修道其間。父母死後，才轉至桐廬縣的桓山、臨安縣的西山（今天目山）修煉，都沒有建殿堂觀宇。小道士更是如此。
道教雖然崇信鬼神，但由於沒有道教觀宇，而且多在深山，因此也就沒有供奉神鬼偶像及燒香跪拜之事。道士平時主要是練習吐納之術（即氣功）、采藥和煉丹，以求長生。此外，就是進行一些生活方面的勞動。高級道士則著書立說，講經傳道。至於當時道教崇奉哪些鬼神，
史書和道書都沒有明確的記載。
東晉末年，道教首領孫恩、盧循利用廣大人民對東晉腐朽政權的不滿，曾先後舉行起義。雖然得到廣大道教徒和貧苦農民的熱烈回應，但是，由於他們都沒有提出政治改革和改善人民處境的明確目標，而僅僅是為了取代東晉政權，加之缺乏軍事訓練，因而很快便被官軍鎮壓了下去。這給道教在南方的發展造成了嚴重的損害。