東晉末年孫恩、盧循起義的失敗，給迅速發展的道教以沉重的打擊。
但是，隨著宋明帝時金陵道士陸修靜對道教經書的整理和充實，提倡修道要齋戒，要緘口慎過，以及陶弘景對道教提出改革，主張儒道佛三教融合、法無偏執以後，道教在南方又重新走上了發展的道路。
宋文帝、明帝既崇佛教，也信道教，都很尊重陸修靜，多次下詔問道。當時在建康北郊建有崇虛館，是道教的研究中心，陸修靜於泰始三年（467）從廬山被禮聘至建康，
就在這裡廣招道士，收集、整理各種道書，並著述道書30多種。直到升明元年（477）去世。他所提倡的以齋儀為主要標誌的道教，史稱“南天師道”。陶弘景遍遊名山，訪謁著名道士，最後于茅山建築一座三層樓的道舍，廣收門徒，與門徒、賓客在這裡講道、著書。他深受齊高帝的賞識，曾先後被聘為奉朝請（本退職大臣參加朝會者的官號，南朝為閒散官員）和左衛殿中將軍。梁武帝和他是朋友，
有關軍國大事，常向他諮詢，世人稱之為“山中宰相”。因此，道教在梁朝也有很大的發展。以煉丹為主的陶弘景派道教，史稱茅山宗。
在南朝，道教勝地有茅山、龍虎山、廬山、衡山、桐柏山、青城山、峨眉山、羅浮山。這時出現了頗具規模的道教建築——道館和道舍，如建康的崇虛館、興世館，茅山的曲林館，廬山的招真館，衡山的九真館，桐柏山的金庭館，太平山的建日館等。但是大多數道士，
仍然居住在石室、草棚裡，或把家庭靜室作為修煉之所。
道教到底信奉哪些神，直到晉代葛洪作《神仙傳》之後，才比較明確。到南朝陶弘景，作《洞玄靈寶真靈位業圖》，才將道教奉信的神仙排列名次。他把這些神仙分為七等，每等有一位主神，配以左、右次神。這七位主神的次序是：元始天尊、玉宸道君、金闕帝君、太上老君、九宮尚書、定錄真君、酆都大帝。因為元始天尊生於大元之先，居於天界最高的“玉清”仙境，
所以位列第一主神；玉宸道君是萬道之主，所以列為第二主神；金闕帝君即玉皇大帝，居於昊天金闕之中，所以列為第三主神；太上老君是道教的始祖，所以列為第四主神；九宮尚書、定錄真君是掌管人間的神，故分別為第五、第六主神；酆都大帝掌管陰曹地府，故列為第七主神。除了主神和左、右次神外，他還配以“羽化成仙”的著名道士和歷史著名人物如周武王、周公、孔子等。
他所編排的神仙位次，也像當時的封建社會一樣，等級森嚴，尊卑有別。雖然如此，但是當時的道教建築還很少，規模也不大，故尚無偶像崇拜。道士平時一般是學習道經、練氣功、采藥、煉丹；高級道士還研究道教經典，著書立說，個別道士有做官，參與政治的。
在南朝，道教在勢力和影響上，都遠遠不如佛教。