1939年9月，德國閃擊波蘭第二次世界大戰正式開始。而入侵波蘭這場戰爭也是德國党衛軍帝國師的首次參戰，
儘管在1939年夏天之前進行了大量高標準的訓練，但党衛軍特別機動隊（帝國師的前身）各部仍然沒有實戰經驗，而這種情況的改變得益於1939年至1940年德軍入侵波蘭與法國。
1939年9月1日，17個德軍機動隊師和39個步兵師在1900架飛機的掩護下，
從三個方向入侵波蘭，與波蘭的43個師/旅及435架飛機交戰。德軍北方軍團向東打通連接東普魯士與第三帝國的“波蘭走廊”，然後向東南進攻華沙。同時，南部軍團由西里西亞向東和東南突入，直指華沙和盧布林，還從斯洛伐克向東北發起進攻。到了9月16日，對多隻波蘭軍隊形成了幾個包圍圈。因此波蘭於10月6日宣佈投降。在付出了48000人傷亡和674輛戰車損失之後，
德軍使波蘭遭受了199000人傷亡和588000人被俘的打擊，而這一戰果宣告由德軍裝甲部隊開創的“閃擊戰”的成功。
這一戰党衛軍特別機動隊各個部隊在這場戰役中起到了重要作用。“德意志”團和党衛軍特別機動隊炮兵團和党衛軍特別機動隊高射機槍營、偵察營一起加入了“肯塔夫”臨時裝甲集群。
在9月1日——9日間，當“肯塔夫”臨時裝甲集群前進到波蘭城市姆拉沃，穿越布洛克附近的布洛克河時遭，這批部隊遭到了波蘭人猛烈的抵抗。一周之後，這些党衛軍特別機動隊部隊向南挺進完成了德軍對華沙的東部包圍圈。最後，在9月29日的決定性行動中，“德意志”團幫助友軍壓制了在華沙東北部摩德林-紮克羅奇姆堡壘區的抵抗。
當時德國的許多媒體都報導了這些部隊的高機動性與戰術技能。同時“日爾曼”團下轄的各個單位分別加入了南方集團軍群，參與了從哈爾科夫到華沙的挺進。
在德軍入侵波蘭之後，希特勒開始計畫侵入西北歐。為此德國必須在其面對意識形態上真正的敵人——蘇聯之前，
必須解除後顧之憂。緊接著在1940年5月10日，德國開始入侵法國、比利時與荷蘭，為此投入了131個師及5600架飛機。在經歷了閃擊波蘭戰役過後，党衛軍特別機動隊也擁有了一定的實戰經驗，為今後入侵法國、比利時、荷蘭以及在庫爾斯克戰役中的對決打下了基礎。在整個二戰期間党衛軍帝國師東征西討，為希特勒建立"新帝國"的霸業立下了汗馬功勞，因此該師也被譽為"帝國之花"。
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