此役日軍幾乎被全殲，為省糧殺傷兵，高層不得不下令禁吃屍體

不少人認為，二戰中日本雖強，但遠沒有到能夠佔領大半個東亞和東南亞的程度。而日軍之所以能夠在亞洲大路上所向無敵的原因，除了當時鄰國太弱外，英、法、美等國的軟弱也是非常重要的原因。

偷襲珍珠港成功後，日軍已經膨脹到了極點，企圖吞掉美國的殖民地菲律賓和英國的殖民地澳大利亞。二戰初期的澳大利亞軍隊規模小，主力又大多在歐洲大陸征戰。因此，想拿下澳大利亞並不是很困難的事情，擺在中間的菲律賓卻是個大難題。當時的麥克亞瑟中將手裡尚有13萬美菲聯軍，先進戰機200餘架。然而，麥克亞瑟最終卻倉促撤退，留下軍隊被日軍俘虜，遭致虐待和屠殺。

菲律賓的失陷直接導致了整個區域局勢的惡化，直到美軍在1942年6月結束的中途島海戰中取得勝利，才給扭轉局勢創造可能。不過，中途島戰役後，美日兩軍在戰略上達到了一個平衡，

雙方都希望尋找一個突破點。此時，日軍將目光瞄準新幾內亞的戰略要地莫爾斯貝港，企圖佔領此處，以切斷美澳的海上航線。

1942年7月21日，日本陸軍南海支隊先遣隊派了2000人在巴布亞半島北部登陸， 29日攻佔科科達及附近機場。隨後，日軍開始瘋狂增兵，

截至8月中旬，在此區域內的日軍猛增至1.3萬人。 8月25日，日本海軍又試圖登陸米爾恩灣，遭到美軍瘋狂反擊。 9月5日，南海支隊主力翻過有“魔鬼山”之稱的歐文·斯坦利嶺，並準備進攻莫爾斯貝港。

不過，日均為了首先奪取瓜島，推遲了進攻時間。直至此時，盟軍都沒有摸清楚日軍的戰略目的，也不相信日本人有能力或者勇氣翻過歐文·斯坦利山脈。因此，盟軍方面也沒有採取多少主動行動，而是不斷加強莫爾茲比和米爾恩灣的防禦。 9月初，盟軍在莫爾茲比的部隊規模已達到2.8萬人， 7個機場都已完工或是接近完工。

1942年8月29日，南海支隊對莫爾茲比發動進攻，並於9月5日突破澳軍防線。要知道，參與此戰的澳軍是第7師，該師為澳軍主力部隊，訓練有素切久經戰場，戰場經驗豐富。第7師曾在北非戰場的托布魯克直面德軍名將隆美爾，然而，在與日軍交火後，澳軍部隊就蒙受巨大損失，第39營減員嚴重，第53營則直接被擊潰。為此，盟軍決定繼續增援。

9月1日，盟軍在空軍的支援下展開反攻，

摧毀了日軍大部分補給，逼迫日軍進入叢林。很快，日軍便陷入彈盡糧絕的境地，還遭受熱帶疾病的折磨。日軍本希望依靠青葉支隊扭轉戰局，無奈實在是難以支撐，遂於9月5日撤退。 1942年9月8日，南海支隊再次發動進攻。不過，由於美軍不斷增強空襲力度，日軍物資損毀嚴重，補給又跟不上，日軍每人每天的所有糧食只有180克大米，局勢已經非常危險了。

不過，此時的日軍卻士氣高昂，他們已經能夠遠遠望到莫爾茲比的燈火了。支隊指揮官堀井富太郎少將在伊奧裡貝瓦建立陣地等待支援，可是他最終卻等到了撤退命令。1942年9月14日，日軍在瓜島戰役中吃癟，不得不調整戰略，命令南海支隊後撤。9月23日，澳軍第7師第25旅發動反擊，收復伊奧裡貝瓦。隨後，盟軍開始全面反攻。

此時局勢已經完全顛倒：盟軍戰意旺盛，大舉進攻；日軍則疲憊不堪，饑腸轆轆。堀井富太郎卻要求士兵拼死抵抗，在撤退途中，一旦有士兵走不動，他便立刻下令就地槍決。日軍沿途尋找一切可以吃的東西，喪失理智的士兵開始將澳軍士兵甚至是戰友的屍體當做食物。盟軍得知此時，深感震驚，大罵日本人變態。也許是當時日軍還沒養成吃屍體的習慣，事情傳到日軍大本營，高層還專門下令禁止食用屍體。

雖然日軍負隅頑抗，但戰局還是無法逆轉。1943年初，盟軍先後攻克戈納和布納，1月9日，在盟軍猛烈的進攻下，日軍乾脆丟掉武器向海岸潰退。此時，日軍每人每天的口糧只有大米60克，藥品告罄，子彈也基本上打光了。12日，日軍徹底斷糧。1月19日，戰役進入收尾階段，盟軍徹底控制了薩納南達；幾乎同一時期，盟軍也取得瓜島戰役的勝利。

此戰過程慘烈無比，盟軍先後投入3.5萬人，其中陣亡3095人，另外，因疾病、疲勞等造成的非戰鬥減員約為1萬人。日軍則更慘，投入總兵力1.7萬人，傷亡了1.2萬人。值得一提的是，在如此巨大的戰爭減員下，日軍只有350人遭盟軍俘獲，不少傷兵都被長官下令就地處決。巴布亞戰役不但是太平洋戰爭的一個重要轉折，同時也是後來日軍淒慘下場的一個開始和預演。