天京事變爆發後, 東王楊秀清被殺, 許多東王部屬也被株連殺害, 石達開聽到天京發生事變的消息後, 從前線急忙趕回阻止, 指責韋昌輝濫殺無辜。 韋昌輝不但沒有絲毫悔改還把石達開反對濫殺無辜的主張看成是對東王的袒護, 暗下決心要除掉石達開, 石達開得到消息後逃出天京, 但是留在京中家人和自己的部下全部被殺。
石達開在安徽舉兵靖難, 上奏天王, 要求誅殺北王, 天王見民心所向, 於是下詔。 11月, 石達開奉詔回京, 被軍民尊為“義王”, 並且“提理政務”。 他不計私怨, 追究屠殺責任時只懲首惡, 許多北王親族都得到保護和重用。 此外在石達開的部署下, 太平軍扼守要隘, 厲兵秣馬、伺機反攻, 陳玉成、石鎮吉、李秀成、楊輔清等後起之秀開始獨當一面, 內訌造成的不利局面逐漸得到扭轉。 但洪秀全見石達開深得人心, 卻將自己的兩個毫無才能的哥哥封王,
1857年9月, 天王迫于形勢遣使持“義王”金牌請石達開回天京, 石達開上表天王, 表示不會回京, 但會調陳玉成、李秀成、韋俊等將領救援天京, 並以“通軍主將”身份繼續為天國作戰。
浙江是清軍的主要餉源供給地, 為阻止石達開攻浙,
1859年春, 石達開從江西起兵入湘, 發動 “寶慶會戰”。 當時湘軍計畫分兵三路進攻安慶, 得到石達開要進攻湖南腹地, 軍心全線動搖, 只得全力援湘。 面對湘軍的重兵來援, 石達開未能攻克寶慶, 被迫退入廣西。
1861年9月, 石達開自桂南北上, 於1862年初由湖北進入四川, 北渡長江, 奪取成都, 建立四川根據地, 石達開先後四進四川, 終於1863年4月突破長江防線。 5月, 太平軍到達大渡河, 石達開下令多備船筏, 準備渡河, 但當晚天降大雨, 河水暴漲, 無法行船。 之後, 在大渡河東線防禦的清兵來到對岸, 太平軍為大渡河百年不遇的提前漲水所阻, 陷入絕境。 王松林到太平軍營談判, 石達開決心捨命以全三軍。 但是清軍背信棄義坑殺了石達開放下武器的數千將士,石達開也被押解到成都。
1863年6月27日,石達開在成都公堂受審,慷慨陳詞,令主審官崇實理屈詞窮,無言以對,而後從容就義,臨刑之際,神色怡然,身受淩遲酷刑,至死默然無聲,觀者無不動容,歎為“奇男子”。
由此可見石達開如果能在天京事變後被重用太平天國一統全國也不是不可能。
但是清軍背信棄義坑殺了石達開放下武器的數千將士,石達開也被押解到成都。1863年6月27日,石達開在成都公堂受審,慷慨陳詞,令主審官崇實理屈詞窮,無言以對,而後從容就義,臨刑之際,神色怡然,身受淩遲酷刑,至死默然無聲,觀者無不動容,歎為“奇男子”。
由此可見石達開如果能在天京事變後被重用太平天國一統全國也不是不可能。