福建的泉州保存著兩本祖傳的古書， 《清源金氏族譜》和《西山雜誌》， 這兩本書都記載泉州曾經存在過一座規模宏大的少林寺， 就是傳說中的南少林寺， 和北少林寺遙相呼應， 一南一北， “南拳北腿”深入人心。 但是南少林寺後來為什麼消失， 只有北少林寺歷經滄桑， 現在仍然屹立在嵩山之巔， 香火旺盛呢？
這要從一個故事說起， 康熙十三年， 西魯國入侵國境， 朝臣官兵抵擋不住， 朝廷張貼皇榜招募天下勇士， 許諾退兵者封侯賜爵。 南少林寺僧自願揭榜主動請纓， 奮勇殺敵衛國。 不料殺退西魯國回朝後， 康熙卻火燒少林寺， 屠殺僧人， 僥倖逃脫的五個和尚歃血為盟， 發誓“反清複明”， 組織天地會， 為死難者報仇。
這個故事說明了天地會的創立和幾個和尚有關， 還有南少林寺的燒毀和清政府有關係， 事實果真這樣， 還是歷史的謠傳， 或者乾脆就是小說家的故事演繹。
隨著考古考察隊的考察和一些教授的研究， 他們發現了一些蛛絲馬跡。 在福建閩南小鎮有一種幾乎絕跡的佛教派別——香花僧。 香花僧也侍奉佛祖， 為民眾做喪喜事， 宏揚佛法。 但卻有不同于正宗的佛教的地方， 他們可以殺生吃葷， 可以娶妻生子。
專家們還在福建莆田的一個叫林山的村子裡， 找到了一塊刻有“僧兵”碑文的北宋石槽， 這些僧兵就是香花僧， 和尚本來是不允許殺生的， 既然稱為“僧兵”免不了要打打殺殺， 有關專家論證， “僧兵”是南少林寺獨有的編制。 從而， 推斷出石槽的所在地——林泉院就是傳說中的南少林。
天地會的建立和南少林有關係， 天地會是一個秘密組織， 一直在進行著反清複明的活動， 而這個南少林就是天地會的幌子， 他們暗中在傳播思想， 招收門徒。 都知道清政府和天地會是死敵， 一直想找機會消滅他們， 現在你南少林寺和天地會有關係， 肯定會圍剿你們。
所以那個故事有一定的真實性， 也揭開了南少林寺銷聲匿跡的原因。