玄燁繼位後， 四輔臣“擔當國事， 裁決庶務；入白太后， 則別無可否， 惟唯諾而已。 ”可見孝莊放手使用， 四輔臣權力很大。 加之缺乏監督、約束的機制， 輔臣中個別人逐步走上結黨營私、擅權亂政之路。
由於歷史的原因及某些政見不同， 輔臣中兩黃旗的索尼(正黃旗)、遏必隆、鼇拜(鑲黃旗)， 與正白旗蘇克薩哈的關係日漸緊張。 另一方面， 隨著時間的推移， 鼇拜居功自傲， 權力欲逐步滋長， 他聯合遏必隆， 擴展鑲黃旗實力， 擅殺朝中與自己存有積怨的滿臣， 專橫跋扈的作風愈來愈顯著。
玄燁年齡還小， 對此自然難以應付， 但政治經驗豐富的孝莊， 卻不露聲色地密切注視事態發展， 在繼續任用輔臣的同時， 採取了一些防患於未然的措施。
康熙四年(1665年)九月初八日， 稟照祖母慈諭， 12歲的玄燁舉行大婚典禮， 索尼的兒子內大臣噶布喇之女赫舍裡氏正位中宮， 遏必隆之女落選，
玄燁大婚標誌少年皇帝正在步入青年， 其親理政事已為期不遠。 換言之， 孝莊是以此為孫兒早日親政製造輿論， 打下基礎。 當鼇拜得知玄燁選後的結果時， 因希冀落空， “心懷妒忌”， 氣惱萬分， 竟與遏必隆一起入宮“奏阻”。 這恰恰證明孝莊此步棋的巧妙:既分化了四輔臣， 使索尼同鼇拜之間出現芥蒂， 又促使索尼更為效忠皇室， 增加了皇室的力量。 不過， 從其後情況看， 孝莊這時對鼇拜還未完全失去信任， 仍希望他在輔臣任內能夠善始善終。
康熙六年(1667年)七月初七日， 玄燁“躬親大政”， 輔臣“仍行佐理”。 孝莊特為孫兒收權安排一過渡階段， 以使他在實踐中逐步提高;同時也讓輔臣有個適應過程， 將他們因交權而產生的失落感， 減少到最低程度， 從而保證此次權力交接穩妥進行。
可是， 樹欲靜而風不止。 康熙六年六月索尼去世後， 鼇拜成為首席輔臣， 遏必隆對他亦步亦趨， 蘇克薩哈更加孤立。 玄燁親政伊始， 蘇克薩哈請求“往守先帝陵寢”， 以期迫使鼇拜、遏必隆也辭去輔政。 鼇拜為清除異已， 獨掌輔政大權， 竟羅織蘇克薩哈的“罪狀”， 企圖將他置於死地。 儘管玄燁堅決反對， 但鼇拜等不肯甘休， 一連七日強奏， 竟將蘇克薩哈及子孫全部處死， 並籍沒家產。
蘇克薩哈被清除後， 鼇拜的權勢進一步擴大。 他飛揚跋扈， “欺君擅權”， “文武各官盡出門下”， 甚至在“御前呵叱部院大臣， 攔截章奏”。 玄燁去海子(南苑)狩獵時， 讓隨行的鼇拜奏聞祖母， 鼇拜“乃不遵旨， 反雲皇上自奏”， 全然不把玄燁放在眼中。 他的種種行徑， 已構成對皇權的嚴重威脅。 至此， 孝莊終於作出決斷， 支持並指點孫兒擬定清除鼇拜集團的全盤部署。
此前，玄燁已開始廣泛求言，製造輿論，通過各種舉措，糾正輔臣的種種失誤與施政弊端，這使朝中人心振奮，玄燁威望日增，鼇拜逐漸孤立。與之同時，玄燁在身邊聚集起一批年輕的滿族貴族成員，索額圖即是其中的突出代表。索額圖為索尼之子，孝莊選中他的侄女赫舍裡氏做皇后，加深了索尼家族與清皇室的關係，也加強了正黃旗對皇室的向心力，並影響到鑲黃旗。索額圖對玄燁十分忠誠，在清除鼇拜集團的過程中，成為玄燁得力的助手。
康熙八年(1669年)五月十六日，鼇拜奉召進宮，旋即被衛隊擒拿，其主要黨羽也先後被逮捕歸案。考慮到鼇拜以往的功績，玄燁對他予以寬大處理，免死，籍沒家產，終身監禁;對其眾多追隨者，也只處死最主要的幾人，其餘一律寬免;就連遏必隆也被免罪，僅革去太師，後又給還公爵，值宿內廷，恢復對他的信任，從而團結了鑲黃旗。
清除鼇拜集團，排除了威脅皇權的潛在危險，踢開清朝向前發展的絆腳石後，玄燁真正掌握了清朝大權。他在“首崇滿洲”的原則下，著力改善滿漢關係，崇儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。短短幾年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，為其後平定三藩之亂，打下重要基礎。
此前，玄燁已開始廣泛求言，製造輿論，通過各種舉措，糾正輔臣的種種失誤與施政弊端，這使朝中人心振奮，玄燁威望日增，鼇拜逐漸孤立。與之同時，玄燁在身邊聚集起一批年輕的滿族貴族成員，索額圖即是其中的突出代表。索額圖為索尼之子，孝莊選中他的侄女赫舍裡氏做皇后，加深了索尼家族與清皇室的關係，也加強了正黃旗對皇室的向心力，並影響到鑲黃旗。索額圖對玄燁十分忠誠，在清除鼇拜集團的過程中，成為玄燁得力的助手。
康熙八年(1669年)五月十六日，鼇拜奉召進宮，旋即被衛隊擒拿，其主要黨羽也先後被逮捕歸案。考慮到鼇拜以往的功績，玄燁對他予以寬大處理，免死，籍沒家產，終身監禁;對其眾多追隨者，也只處死最主要的幾人，其餘一律寬免;就連遏必隆也被免罪，僅革去太師，後又給還公爵，值宿內廷，恢復對他的信任，從而團結了鑲黃旗。
清除鼇拜集團，排除了威脅皇權的潛在危險，踢開清朝向前發展的絆腳石後，玄燁真正掌握了清朝大權。他在“首崇滿洲”的原則下，著力改善滿漢關係，崇儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。短短幾年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，為其後平定三藩之亂，打下重要基礎。