金針菇雙核菌絲的氣生菌絲上容易形成粉孢子， 通常在金針菇母種階段表現明顯， 嚴重時在栽培瓶表面， 甚至培養基內部也會大量產生。 粉孢子產生後， 在適合的條件下萌發形成菌絲體進行無性繁殖， 這種菌絲體結實能力很差， 對金針菇的單產影響很大， 粉孢子的數量越多， 這種影響就越大。
如何避免或者減少粉孢子的產生， 是金針菇菌種技術的難點之一， 煙臺德和食用菌提醒菇農要明確一點：金針菇粉孢子只能減少， 不能完全避免。
1、品種
金針菇粉孢子的多少， 和金針菇的品種有很大關係， 有些品種對外界環境十分敏感， 一旦環境不適就很容易產生粉孢子。
2、溫度
對於大多數的金針菇品種， 溫度高於21℃培養， 會增加金針菇粉孢子形成的數量。
3、濕度
金針菇粉孢子大多是在氣生菌絲上形成的， 當菌絲生長環境濕度過小， 氣生菌絲更容易受到環境刺激， 容易形成氣生菌絲。
4、營養
培養基營養不足是產生粉孢子的原因之一， 金針菇母種應該使用加富PDA培養基。
5、環境變化
金針菇母種培養時， 要保持溫度和濕度的恒定， 溫度的變化和幹濕交替很容易產生粉孢子。
減少金針菇母種粉孢子的數量， 是金針菇菌種技術員重要的工作之一， 平時的工作中要細心的觀察金針菇菌絲的生長狀態， 這樣才能提高金針菇產量。