蒙元用武力消滅南宋, 開創了整個漢族被異族統治的先例。
大體而言, 蒙元的軍隊包括蒙古軍、探馬赤軍、漢軍、新附軍。 蒙古軍是以蒙古人為主體組成的軍隊, 是蒙古統治者的嫡系;探馬赤軍是從蒙古各千戶、萬戶中抽出擔任先鋒、鎮守等任務的軍隊, 其成員包括色目人及漢人;漢軍主要由中國北部、四川局部地區、雲南等地方的各族人民組成;新附軍主要由南宋降軍改編而成。
蒙元的統治集團是以蒙古族為核心的, 同樣, 蒙元的軍隊也是以蒙古軍為核心的。 蒙元統治者為了鞏固政權, 特別重視軍權, 在全國建立起一整套防衛系統。 而蒙古統治者的嫡系軍隊蒙古軍, 亦承擔起保衛中樞汗廷的宿衛任務及鎮守全國各地的鎮戍任務。
關於蒙古軍在全國各地的鎮戍, 《元史.兵志二》指出:“世祖之時, 海宇混一, 然後命宗王將兵鎮邊徼襟喉之地, 而河洛、山東據天下腹心,
蒙古軍在北方駐有四大都萬戶府, 分別是:山東河北的蒙古軍都萬戶府置司於濮州、河南淮北的蒙古軍都萬戶府置司於洛陽、四川的蒙古軍都萬戶府置司于成都、陝西的蒙古軍都萬戶府置司於鳳翔。
此外, 元太祖成吉思汗沿襲分配家族財產的本民族舊俗, 大規模分封諸子諸弟。 分封的諸子、弟有九人,
所謂宗王出鎮制度, 就是元帝分封諸王族或者蒙古異性官僚為王, 統兵出外藩屏朝廷。 宗王鎮戍的地區有漠北前線的北平王、晉王;西北地方的武靖王、西寧王等等, 在中樞地區、西南地區、江淮等地區也進行鎮戍。