劉錦棠（1844～1894）， 字毅齋， 湖南湘鄉人， 生於鴉片戰爭後的1844年。 父親劉厚榮、叔父劉松山， 都是湘軍中的軍官。
劉錦棠10歲時， 其父因鎮壓太平天國農民起義而喪生。
承繼危局
在太平天國起義的影響下， 陝西， 甘肅等地回民相繼暴亂， 屠殺老幼婦孺， 屢敗[2] 清軍。 1867年（同治六年）， 清廷以左宗棠為欽差大臣督辦陝甘軍務， 率兵鎮壓回民軍。
1869年6月， 清軍兵鋒直指甘肅義軍的重要基地金積堡。 左宗棠以劉松山老湘軍為主力， 對金積堡地區發起猛烈進攻。 由於回民軍積極防禦作戰， 清軍糧運不繼， 進展緩慢。 1870年2月14日， 老湘軍統領劉松山被亂匪擊斃，
攻克金積堡
甘肅寧夏府吳忠縣的金積堡位於靈州西南50裡， 東通花馬池南通固原， 西枕黃河。 堡外有兩個險要的地方， 一是西面的峽口， 它是黃河青銅峽的峽口， 又是控制流經金積堡的秦渠和漢渠的進水口， 二是東面的永寧洞， 它是山水河通過秦渠涵洞的地方， 也是控制秦、漢二渠的出水口。 為了搶佔有利地形， 劉松山曾集中兵力攻下了這兩個軍事要點， 但峽口不久又被亂匪奪回， 清軍陷入了將被回軍水淹的不利境地。 為了扭轉這一態勢， 劉錦棠首先加強了糧道防護和對永寧洞的防守， 接著率兵攻佔了靈州至吳忠堡之間的各堡寨， 為攻取金積堡打開了通路。 對劉錦棠的這些部署與戰果， 左宗棠很滿意， 上奏清廷， “薦其才可大用”。
為了抵禦劉錦棠的進攻， 馬化龍依託秦、漢二渠挖壕築牆， 修堡建壘， 使金積堡內外牆壁縱橫， 堡壘環列， 渠水環複， 易守難攻， 還相繼掘開了秦渠、板橋堰和山水河， 使清軍營地陷入一片水泊之中。 面對這些困難， 劉錦棠毫不畏懼。 他身先士卒， 往來於爛泥之中， 率領老湘軍逐次進攻， 步步為營， 苦戰數月， 終於攻佔了金積堡週邊各堡寨， 開始轉入對金積堡的進攻。 金積堡修築得十分堅固， 堡牆高4丈， 厚3丈， 周長9裡， 堡中有堡， 防守十分嚴密。 劉錦棠則以深溝高壘圍困。 他令清軍環堡挖了兩道深1丈寬3丈的長壕， 壕邊築起高約丈餘的圍牆， 切斷金積堡與外界的聯繫。 與此同時，
1871年夏， 劉錦棠護送劉松山靈柩回湖南安葬， 並在湖南招募士兵。
平定西寧
1872年， 劉錦棠率領18營老湘軍進攻馬桂源和馬本源領導的西寧回民軍。 由於回民軍從湟中大峽口到小峽口的八十餘里間設置堡壘、綿延不絕， 作戰難度極大。 9至10月， 劉錦棠率部斬關而進， 前後兩個多月， 血戰50餘次， 才攻佔峽口隘路， 兵臨城下。 11月19日， 二馬從西寧逃走；次日， 劉錦棠率軍進駐西寧。 1873年3月， 馬桂源等人在蘭州被處死。 此後， 劉錦棠又參與肅州之戰。 隨著肅州被攻克，陝甘回亂平定。
平定新疆亂局
19世紀中葉新疆的大部分地方正處於阿古柏的鐵蹄之下。阿古柏已經侵佔新疆南部和北部的烏魯木齊、瑪納斯一帶，伊犁谷地則被沙俄軍隊非法霸佔著，只有哈密、巴里坤、布倫托海、塔城以及其他一些地方尚在清政府的控制之下。
1875年，左宗棠受命為督辦新疆軍務的欽差大臣，揮兵出關。對於湘軍的戰鬥力和劉錦棠的指揮才能，左宗棠是瞭若指掌的。他在籌畫和調派入新參戰部隊時，命劉錦棠擔任總理西征大軍的營務事宜，並負責指揮前敵諸軍的軍事行動。
31歲的劉錦棠，以湘軍統領的身份總理了西征各軍的營務，事實上擔任了收復新疆的重任。他按照左宗棠關於先取北路後收南路的作戰方針，率領湘軍及其他各軍，逐個收復了烏魯木齊、瑪納斯等北疆各城；攻克了阿古柏重點設防的勝金口、達阪城等天山隘口和吐魯番一帶；然後出兵南路，先後收復了喀喇沙爾（今焉膏）、庫車、阿克蘇、烏什等東四城；收復了葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾、喀什噶爾（今喀什）、和田等西四城。
阿古柏在清軍節節獲勝時，在庫爾勒服毒自盡。他的兒子海古拉於攜屍西竄的路上，被其胞兄伯克胡裡設伏兵擊殺。伯克胡裡在清軍收復喀什噶爾前夕率殘部逃回已被沙俄佔領的浩罕。
阿古柏匪徒在後方巢穴中的一些英國、土耳其教官和工匠，一夜之間成了俘虜。他們驚歎清軍行動的神速，稱劉錦棠為“飛將軍”。 隨著西征軍的節節勝利，劉錦棠先後獲得了騎都尉世職、賞戴雙眼花翎、三品京卿候補。後來又由騎都尉晉升為二等男爵、補太常寺卿、轉通政使司通政使。1878年左宗棠奉詔還京時，被清廷命為署理欽差大臣、督辦新疆軍務。
劉錦棠從喀什噶爾趕回哈密，接受新的職務。由於收復新疆的戰役的結束，劉錦棠一生的戎馬生涯也告結束了。不久，通過外交談判，清政府割讓霍爾果斯河以西地區給沙俄，俄兵退出伊犁九城。新疆的一系列善後工作，直到新疆建省等，都責無旁貸地落到了劉錦棠的身上。這一年，他還不到35歲。
收復新疆之役，從1876年8月開始，到1878年1月結束，前後只經歷了一年半的時間，飽受蹂躪之苦的新疆各族人民積極支援和配合清軍作戰，輪台、庫車、拜城、阿克蘇、烏什、阿合奇等地的維吾爾、柯爾克孜族人民，更是奮起驅逐敵寇，據城而迎清軍。所以， 這次收復新疆之戰出乎意料地順利迅捷。其根本原因固然是由於這一戰爭的正義性，而劉錦棠信任並善於利用維吾爾等族人民提供的情報，善於分化瓦解敵人營壘，善於捕捉戰機、及時調整軍事部署，也是一些重要因素。
北疆作戰
1873年10月底，劉錦棠又奉命率5營人馬參加攻打肅州（今甘肅酒泉）。他利用義軍降將喊話誘降，守城義軍首領馬文祿于11月4日開城繳械。左宗棠歷數部將鎮壓陝甘回民起義軍的戰功，將劉錦棠排居第一。清廷依此擢升他署甘肅西寧道。
1875年，中亞地區浩罕汗國的軍事頭目阿古柏，乘新疆動亂之機，率兵侵入天山南北，在英、俄兩國的支持下，建立了所謂“哲德沙爾汗國”的殖民統治。 1871年，沙俄又直接出兵強佔了伊犁地區。1873年，原陝西回民起義軍首領白彥虎叛國，率部投靠了阿古柏。面對外敵入侵和李鴻章等重臣主張放棄新疆的嚴峻形勢，劉錦棠以鮮明的愛國主義立場，堅決支持左宗棠收復新疆的主張。從1875年（光緒元年）春開始，劉錦棠駐紮涼州（今武威），積極整軍備戰，將55營老湘軍精簡成25營，並結合新疆的敵情與地理特點，進行了一年多的作戰訓練，為收復新疆準備了一支勁旅。1875年5月3日，清廷任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。左宗棠於9月24日向清廷推薦他認為“英銳果敏、才氣無雙、志慮忠純”的劉錦棠為前敵指揮，總理行營事務，很快得到了清廷的批准。
1876年4月26日，劉錦棠在肅州統率25營老湘軍分批經過千里戈壁，向北疆進軍。他依據左宗棠“緩進急戰”的戰略方針，決定在“新穀遍野、有糧可因”的新秋之際發起北疆作戰。7月下旬，會合先期進疆停駐於濟木薩（今吉木薩爾）的金順部39營人馬，首先進佔阜康，準備攻打古牧地（今米泉），撤除烏魯木齊的屏障。
防守烏魯本齊地區的有投降阿古柏的馬人得、白彥虎等部2萬多人，其中6000多人駐守古牧地。從阜康到古牧地有兩條道路，一是途經戈壁、缺乏水源、無敵軍防守的大道，一是途經黃田，水源充足、但有重兵防守的小路。敵軍意在迫使清軍走大道，過戈壁，陷入人馬渴乏的困境。劉錦棠將計就計，8月8日，派出部隊掘井挖渠，開溝引水，擺出要走大道的架勢。10日夜晚，突然率領精銳部隊，從小路進擊，當夜奪取黃田，第二天進圍古牧地。他令炮隊在城外修築炮臺，用開花大炮把城牆轟塌了幾個缺口，令突擊隊從缺口搶攻入城，於17日佔領古牧地，全殲守敵。
攻取古牧地時，劉錦棠從繳獲的信中獲悉烏魯木齊防守乏人，南疆阿古柏韻援兵也難迅速到來。於是，立即決定乘虛蹈隙，除留兩營兵力防守古牧地外，大隊人馬星夜向烏魯木齊疾進。次日黎明，部隊抵達烏魯木齊週邊，炮隊在六道灣的山梁上架炮向城裡射擊。馬人得、白彥虎沒有料到清軍如此神速，炮聲一響，便棄城南逃。
收復烏魯木齊之後，劉錦棠令金順率部西攻昌吉、呼圖壁和瑪納斯，自率老湘軍清剿殘敵，準備南進。不料瑪納斯南城之敵負隅頑抗，金順部清軍久攻不克。劉錦棠又派羅長祜率領11營老湘軍馳援，。這時大雪開始封山，劉錦棠遵照左宗棠的意見，進行整軍備戰，準備來年春天舉兵南進。
阿古柏得知烏魯木齊失守的消息後，從喀什噶爾（今喀什）趕到托克遜部署防禦。他派心腹艾克木汗率步騎8500人和馬人得、白彥虎殘部，以及1萬民團守吐魯番，令其大總管愛伊德爾呼裡率步騎4400人守達阪城，並在東西天山隘口之間築起了一座新城；令其次子海古拉率步騎6000人守托克遜。三城互為犄角，妄圖阻止清軍南下。
1877年4月上旬，劉錦棠按照左宗棠三路並進的部署，與張曜，徐占彪約期進發。14日，劉錦棠率領31營人馬（新補充了炮騎各3營），從烏魯木齊南下，於16日夜晚包圍達阪城，直至次日淩晨城中守敵才發現。天亮後，劉錦棠環城偵察敵情，坐騎中彈倒地，他易馬而前。摸清城防概況後，命令各營環城挖壕築壘，嚴密鎖圍。同時構築炮臺，準備強攻。當清軍兩次擊退海古拉派來的援兵之後，愛伊德爾呼裡盼援無望，便準備突圍南逃。劉錦棠命令夜間遍燃火把，密切監視。 19日晚，城東炮臺築成，他當即下令以開花大炮向城內轟擊。由於彈藥庫中炮爆炸，加之大風驟起，烈火燃遍全城。守敵驚潰，四散奔逃。劉錦棠一面指揮各營截擊，一面發動喊話勸降。在軍政攻勢下，守敵頭目紛紛投降，愛伊德爾呼裡也被活捉，打了一個漂亮的殲滅戰。對於大批俘虜，劉錦棠遵左宗棠之囑，實行寬待政策，凡是新疆平民，不論哪個民族，全部釋放回家，並發給衣糧。其他俘虜，願留者留，願走者走。在這一政策的感召下，愛伊德爾呼裡主動給阿古柏寫了勸降信。在整個進軍南疆的過程中，劉錦棠始終實行了寬待俘虜的政策，對分化瓦解敵人起了重要作用。
攻佔達阪城後，劉錦棠分派羅長祜率步騎6營與張曜、徐占彪兩路人馬於26日攻取了吐魯番。自率騎兵於同日趕到托克遜，截住準備南逃的敵軍。經過激戰，除海古拉率2000多人逃脫之外，殲敵4000餘人。至此，歷時不到半月，勝利地結束了攻佔三城的戰役。
進軍南疆
佔領托克遜後，劉錦棠決定待秋糧采運充足之後再行南進。在此期間，敵情發生了重大變化。5月29日，阿古柏患中風而死，一說被部下打死）。海古拉攜其屍南返時，被其長兄伯克胡裡所殺。艾克木汗在庫爾勒自稱為“汗”，又被伯克胡裡敗於阿克蘇，遂率殘部逃入俄境。伯克胡裡繼承了阿古柏的汗位元後，除留部分人馬防守東四城外，自率主力退保西四城。
依據南疆八城的地理和敵軍分佈情況，劉錦棠把進軍南疆的部隊分成兩個梯隊：以老湘軍為第一梯隊，專門“主戰”，以張曜部為第二梯隊，“且戰且防”。9月 27日，劉錦棠率領第一梯隊32營先期出發，10月2日進抵曲惠。為了消滅逃至庫爾勒觀望動靜的白彥虎，他兵分兩路，令餘虎恩，黃萬鵬率馬步14營，取道烏什塔拉，沿博斯騰湖南岸進攻庫爾勒側背；自率主力沿大路過開都河，從正面進搗庫爾勒。9日，兩路人馬會師庫爾勒時，白彥虎已西逃庫車。針對白彥虎長於流竄的特點，劉錦棠斷然決定親率精騎1000、健卒1500先行追擊，令羅長祜領大隊人馬隨後跟進。在劉錦棠的帶領下，先行部隊從庫爾勒啟程後，三晝夜疾馳400多裡，15日追到布古爾（今輪台）時，擊潰敵騎千餘。18日追到庫車城外時，又斃敵千餘。22日終於在銅廠和木雜喇特河（今木紮提河）追上逃敵，經過激戰，消滅一部，餘敵繼續西逃。24日追到阿克蘇城外時，當地維吾爾族人民已自動佔領該城“以待官軍”。這時，白彥虎部經烏什逃向喀什噶爾，伯克胡裡留守東四城的殘部則逃向葉爾羌。對於劉錦棠指揮的這一階段作戰，左宗棠十分滿意地讚揚說：“三旬之間，迅掃賊氛，窮追三千里，收復東四城，殲敵數千，追回難民數十萬，決機神速，古近以來，實罕其比。”
東四城克復之際，原來投降阿古柏的和闐頭目尼牙斯反正，主動率兵圍攻葉爾羌以策應清軍。叛國降敵的前喀什噶爾守備何步雲也反正，率領原部佔據了喀什噶爾漢城，因力單難支，派人到阿克蘇向劉錦棠乞援。在這種情況下，劉錦棠毅然決定改變原定首先攻佔葉爾羌的計畫，不待第二梯隊抵達阿克蘇，不顧長途追擊作戰的疲憊，馬上進軍喀什噶爾。他令餘虎恩率5營人馬取道巴爾楚克（今巴楚東）、瑪納爾巴什，進攻喀什噶爾；令黃萬鵬率步騎9營取道布魯特遊牧地，疾指喀什噶爾，自率主力進駐巴爾楚克，居中策應。12月17日晚；余、黃兩部兵臨喀什噶爾城下，當晚將回城克復，伯克胡裡和白彥虎分率殘部逃入俄境。21日，劉錦棠進取葉爾羌，24日佔領英吉沙爾，董福祥於次年1月2日進佔和闐。一月之內，清軍馳驅2000多裡，奪取西四城，勝利收復了南疆。
捷報傳到肅州大營，左宗棠情不自禁地稱讚劉錦棠的指揮道：“籌策之周，赴機之速，古今未嘗有也”，“大軍西征，如飛如翰，自秋徂冬，挈回疆全境還隸職方，即勞烈而論，已足光垂史牒。若夫功成迅速，則實古今罕見之事。”（《左宗棠全集·劄件》，嶽麓書社1986年版，420頁）清廷也高度評價劉錦棠“智勇深沉，出奇制勝，用能功宣絕域，（《左文襄公全集·奏稿》五十二卷，第49頁），將其晉為二等男爵，5月晉太常寺卿，8月授通政使司通政使。
善後工作
新疆初複，城池殘破，官無衙署，民無居室，管道淹廢，田園荒 蕪。劉錦棠從東到西、從南到北，目睹了這—慘景。他在新疆所做的 第—件事，就是設立善後局，處理善後事宜。
南疆的善後工作，都由劉錦棠一路收復，—路設局經理。當時軍隊裡幕僚人員很多，善後局主要由這些人來經辦。善後局的重要任務之一，便是招集流寓失所的農民，將被阿古柏匪徒脅行的人民遣返原籍，貸給籽種，使能夠迅速恢復生產。新疆乾旱少雨，農業生產全賴引水灌溉。為此，又仿行以工代賑的方法，每日發給口糧，組織剛剛返回原籍的農民修復管道、坎兒井。清軍官兵也被派去參加興修農田設施的勞動。這些措施，保證了南疆各地農業生產的恢復。人們衣食有了著落，社會也就日趨安定了。
漏網之魚
伯克胡裡和白彥虎漏網逃入俄境，劉錦棠“常引為大恨”。為此，他注重邊防卡倫建設，加強了對殘敵竄犯的戒備。
1878年9月，白彥虎派其心腹金山率幾百人馬，侵入阿克蘇以西邊境。27日，劉錦棠率騎兵900，步兵300，從喀什噶爾出發，沿邊境急馳，截住該敵，活捉金山，全殲所部。
12月上旬，伯克胡裡派其親信頭目阿裡達什率480餘人侵入喀什噶爾西部邊境。劉錦棠認為，阿古柏殘部屢次回竄，“名為該部尋仇，實由俄回嗾使”，“必大加懲創，方免頻來擾邊。”（《劉襄勤公奏稿》卷七）9日夜，劉錦棠親率騎兵900，步兵1100人，兵分三路，在當地布魯特人的協助下，全殲了這股敵軍，擊斃了阿裡達什。
1879年初，原阿古柏部將艾克木汗勾結布魯特頭目阿布都勒哈瑪，聚集了2300多人來犯，侵擾到離喀什噶爾只有200多裡的博斯塘特勒克一帶。劉錦棠出動4000多人馬，兵分三路，乘艾克木汗襲擊清軍營寨之機，設伏於博斯塘特勒克山谷內外，誘其入伏，四面包圍，除艾克木汗與阿布都勒哈瑪領100餘騎逃脫以外，其餘全部被殲。
9月上旬，艾克木汗和阿布都勒哈瑪又糾集2000多人馬，“聲言奉俄國號令，攻取喀，英各城”（《新疆圖志》卷九十七，《奏議》七），經喀什噶爾以西 700余裡的烏什恰提卡倫，兵臨色勒庫爾（今塔什庫爾幹塔吉克自治縣）城下，企圖先占該城作為立足之地，劉錦棠聞訊，親率馬步2000，攜帶乾糧，經英吉沙爾，取道荒無人跡的岩壑山路，晝夜兼程向色勒庫爾疾進。艾克木汗得知清軍大隊來援，便撤離色勒庫爾向北逃竄。劉錦棠立即改道向北，鑿冰為道，冒險翻越終年積冰的卡拉塔什達阪，以4晝夜馳800裡的速度，終於追上逃敵，將其全部殲滅。
左宗棠評價劉錦棠殲滅竄犯殘敵的作戰指揮道：“用兵不越旬時，渠目幾無漏網，而內地各城，安堵如故，雞犬無驚者，則審機之明，赴機之速，有以致之。” （《新疆圖志》卷九十七，《奏議》七）新疆各族人民對劉錦棠堅決保衛新疆的歷史銘刻在心，當1898年俄國武裝侵佔新疆的帕米爾地區時，廣大軍民懷念說： “若前撫臣劉錦棠在任，斷不至此。”（《陶勤肅公奏議遺稿》，卷十一）
1880年3月，清廷任命劉錦棠幫辦新疆軍務。他為配合左宗棠準備武力收復伊犁而積極備戰。8月，左宗棠奉召回京，劉錦棠接任欽差大臣督辦新疆軍務。 1884年11月任新疆巡撫，又授兵部尚書銜。在此期間，他改革新疆原軍府制，在建省過程中，將徵兵逐步改為防軍，規劃，建設了全疆的邊防，為鞏固西北邊疆做了大量有益的工作。
新疆建省編輯
新疆設立行省的問題半個多世紀以前就已有人提出。在清軍收復新疆的過程中，左宗棠又幾次奏請朝廷在新暑開設行省，因為伊犁未經收復而暫時被擱置下來了。1881年，《中俄伊犁條約》簽訂，第二年清軍進駐伊犁。新疆建省的事又由新任陝甘總督譚鐘麟重新提出。
劉錦棠也是主張新疆建省的。為了使行省制度早日在新疆實現，他比較了左宗棠和譚鐘麟的兩種方案，提出了比較切實可行的辦法：新疆設立巡撫，駐烏魯木齊，受陝甘總督節制。下設鎮迪、阿克蘇、喀什噶爾三道，分別轄治哈密至烏蘇的天山山脈一帶、焉耆至烏什的天山南麓一帶、喀什噶爾至和田的昆侖山北麓一帶；伊犁仍設將軍，只管伊犁塔城邊防，不再總統全疆軍務。清政府批准了這一方案。劉錦棠奉旨委任了各道、府、廳、州、縣的各級官吏之後，于1884年被朝廷簡派為第一任新疆巡撫，第二年遷入省會迪化(烏魯木齊)視事。
新疆設立行省後劉錦棠曾說，每遇到一點問題就有人懷疑建省全域是否行得通；碰到一點困難就有人認為什麼都不合適。這主要來自同級或下級的干擾。其實，他改變左宗棠在新疆單獨設置總督的主張而僅設巡撫、仍受陝甘總督管轄，未嘗不是考慮到與陝甘總督譚鐘麟的關係問題。他建議保留伊犁將軍不在伊犁塔城設道，未嘗不是考慮到與伊犁將軍金順的關係問題。後來金順去職，他就設置了伊塔道，將伊犁、塔城兩處地方置於巡撫的管轄之下。雖然後來擔任伊犁將軍的人一再要求恢復過去的許可權，但是始終未能如願。劉錦棠治新時奠定的行政體制，直到清朝滅亡一直沒有被改變過。
與新疆建省相聯繫的是伯克制度的廢除。伯克制是南疆維吾爾社會長期存在的統治制度。各地以阿奇木伯克為首，下設各種伯克二三十人。他們依仗權勢，對維吾爾族農民進行殘酷的徭役制剝削。維吾爾族農民為推翻封建徭役制度進行了長期的鬥爭。1864年遍及全疆各地的農民起義，對伯克制打擊最為沉重，伯克制已經名存實亡了。
劉錦棠在南疆各地建立善後局後，曾經委派一些不甘投敵的愛國伯克擔任一些差使，卻沒有賦予他們什麼實權。如徵收田賦時，只讓伯克們督催農民直接赴善後局繳納，不允許伯克出面經辦收取，而且以前一向由伯克全權處理的民政事務，也一概由善後局辦理。
劉錦棠順應了歷史潮流，沒有去扶植已經處在沒落中的伯克們的權勢，建省之後也只讓伯克在地方基層政權中擔任書吏和鄉約。這些措施，都為日後怕克制的正式廢除準備了條件。
1887年清廷下令取消伯克制，原先的伯克們的品級和地位大為下降，社會卻安定如常，沒有出現任何波動。隨著新疆省的建立，新疆與內地行政建置的一體化，過去對內地人民遷居新疆的種種限制也都不存在了。為了吸引更多的無地農民到新疆來，加快新疆農業經濟的恢復和發展，劉錦棠修改了以往的屯田辦法。新疆，尤其是北疆，是清代移民開墾的重點地區，分布面廣的主要有民屯、兵屯、犯屯三種。劉錦棠正式奏報了新的屯墾章程，規定兩名男丁為一戶，給地六十畝，屯民初到時貸給八個月的口糧及三石籽種，借給七十三兩銀子作為置辦農具、牛只和築履等費用；頭一年歸還一半，第二年還清，第三年徵收額定田賦的一半，第四年起徵收全額田賦。這種待遇，比一百多年前的乾隆年間差，比起咸豐、同治年間卻好多了。他還諮照內地各省督撫，鼓勵貧苦無地農民來新疆開荒種地。在這以後的一個階段內，移居新疆的農民很多。他還在南疆東部的尉犁一帶開闢了一些新的農墾地區。
按先前的舊例，這類民屯的剝削還是較輕的，兵屯的剝削就重了，最重的是犯屯。所以，兵屯、犯屯的生產歷來很不景氣。因為勇丁種地都是差使，並不關心收成好壞，各地官員都在哀歎兵屯耗資太多而收穫無幾。劉錦常提出變通辦法，不再將老弱兵勇派去種地從事兵屯，而是裁兵分屯，將土地分給裁減下來的老兵，依照民屯辦法，向政府繳納租賦。
抱病而亡
這時的劉錦棠已是獨當一面的封疆大吏，然而，他對升官晉爵不感興趣，伊犁收復以後，多次以祖母老病和自己患腳疾為由，申請開缺回鄉，但是，當一聽說法國侵略軍佔領越南襲擊諒山，威脅廣西、雲南的消息後，“不禁積憤填胸”，乃於1884年8月21日上了一道《請率師與法夷決戰折》，“請旨率師東下，與之決戰，以紆積憤”，並且表示，“臣之腳疾雖迄未痊，而當國家有急，當奮不顧身。”（《劉襄勤公奏稿》，卷七）他在奏摺中分析了敵我雙方的力量對比，認為只要堅決抵抗，無論陸戰、海戰，都有取勝把握，要求准其自募6000人東下赴越，抗擊法寇。可惜清廷妥協方針已定，拒絕了劉錦棠的請求。9月13日，劉錦棠又上奏請戰，再次要求奔赴抗法前線，並且說明並非邀功請賞，只是為了報效國家。清廷又未准允。
1890年2月6日，清廷晉劉錦棠為太子太保。5月，他回湘省親。9月2日，劉錦棠從湖南上奏申請開缺養病。此後他一直在籍休養。1894年4月，中日戰爭一觸即發。清廷想起這位智勇雙全的戰將，7月令湖廣總督張之洞前往湘鄉傳旨，令其召集舊部速赴遼東。為了抗擊日寇，劉錦棠抱病啟程，剛到湘鄉縣城，忽患中風，左體偏癱，8月去世。
劉錦棠積極參與了鎮壓太平軍，撚軍和回民叛軍的作戰，他指揮清軍收復和保衛了新疆，這一重大的歷史功績更是不可磨滅的。他在作戰中所表現的不畏強敵、敢打敢拼、勇猛頑強的戰鬥作風和沉著機智、靈活機動、出奇制勝的指揮才能，在晚清反對外敵入侵的作戰中也是不多見的。
隨著肅州被攻克，陝甘回亂平定。平定新疆亂局
19世紀中葉新疆的大部分地方正處於阿古柏的鐵蹄之下。阿古柏已經侵佔新疆南部和北部的烏魯木齊、瑪納斯一帶，伊犁谷地則被沙俄軍隊非法霸佔著，只有哈密、巴里坤、布倫托海、塔城以及其他一些地方尚在清政府的控制之下。
1875年，左宗棠受命為督辦新疆軍務的欽差大臣，揮兵出關。對於湘軍的戰鬥力和劉錦棠的指揮才能，左宗棠是瞭若指掌的。他在籌畫和調派入新參戰部隊時，命劉錦棠擔任總理西征大軍的營務事宜，並負責指揮前敵諸軍的軍事行動。
31歲的劉錦棠，以湘軍統領的身份總理了西征各軍的營務，事實上擔任了收復新疆的重任。他按照左宗棠關於先取北路後收南路的作戰方針，率領湘軍及其他各軍，逐個收復了烏魯木齊、瑪納斯等北疆各城；攻克了阿古柏重點設防的勝金口、達阪城等天山隘口和吐魯番一帶；然後出兵南路，先後收復了喀喇沙爾（今焉膏）、庫車、阿克蘇、烏什等東四城；收復了葉爾羌（今莎車）、英吉沙爾、喀什噶爾（今喀什）、和田等西四城。
阿古柏在清軍節節獲勝時，在庫爾勒服毒自盡。他的兒子海古拉於攜屍西竄的路上，被其胞兄伯克胡裡設伏兵擊殺。伯克胡裡在清軍收復喀什噶爾前夕率殘部逃回已被沙俄佔領的浩罕。
阿古柏匪徒在後方巢穴中的一些英國、土耳其教官和工匠，一夜之間成了俘虜。他們驚歎清軍行動的神速，稱劉錦棠為“飛將軍”。 隨著西征軍的節節勝利，劉錦棠先後獲得了騎都尉世職、賞戴雙眼花翎、三品京卿候補。後來又由騎都尉晉升為二等男爵、補太常寺卿、轉通政使司通政使。1878年左宗棠奉詔還京時，被清廷命為署理欽差大臣、督辦新疆軍務。
劉錦棠從喀什噶爾趕回哈密，接受新的職務。由於收復新疆的戰役的結束，劉錦棠一生的戎馬生涯也告結束了。不久，通過外交談判，清政府割讓霍爾果斯河以西地區給沙俄，俄兵退出伊犁九城。新疆的一系列善後工作，直到新疆建省等，都責無旁貸地落到了劉錦棠的身上。這一年，他還不到35歲。
收復新疆之役，從1876年8月開始，到1878年1月結束，前後只經歷了一年半的時間，飽受蹂躪之苦的新疆各族人民積極支援和配合清軍作戰，輪台、庫車、拜城、阿克蘇、烏什、阿合奇等地的維吾爾、柯爾克孜族人民，更是奮起驅逐敵寇，據城而迎清軍。所以， 這次收復新疆之戰出乎意料地順利迅捷。其根本原因固然是由於這一戰爭的正義性，而劉錦棠信任並善於利用維吾爾等族人民提供的情報，善於分化瓦解敵人營壘，善於捕捉戰機、及時調整軍事部署，也是一些重要因素。
北疆作戰
1873年10月底，劉錦棠又奉命率5營人馬參加攻打肅州（今甘肅酒泉）。他利用義軍降將喊話誘降，守城義軍首領馬文祿于11月4日開城繳械。左宗棠歷數部將鎮壓陝甘回民起義軍的戰功，將劉錦棠排居第一。清廷依此擢升他署甘肅西寧道。
1875年，中亞地區浩罕汗國的軍事頭目阿古柏，乘新疆動亂之機，率兵侵入天山南北，在英、俄兩國的支持下，建立了所謂“哲德沙爾汗國”的殖民統治。 1871年，沙俄又直接出兵強佔了伊犁地區。1873年，原陝西回民起義軍首領白彥虎叛國，率部投靠了阿古柏。面對外敵入侵和李鴻章等重臣主張放棄新疆的嚴峻形勢，劉錦棠以鮮明的愛國主義立場，堅決支持左宗棠收復新疆的主張。從1875年（光緒元年）春開始，劉錦棠駐紮涼州（今武威），積極整軍備戰，將55營老湘軍精簡成25營，並結合新疆的敵情與地理特點，進行了一年多的作戰訓練，為收復新疆準備了一支勁旅。1875年5月3日，清廷任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。左宗棠於9月24日向清廷推薦他認為“英銳果敏、才氣無雙、志慮忠純”的劉錦棠為前敵指揮，總理行營事務，很快得到了清廷的批准。
1876年4月26日，劉錦棠在肅州統率25營老湘軍分批經過千里戈壁，向北疆進軍。他依據左宗棠“緩進急戰”的戰略方針，決定在“新穀遍野、有糧可因”的新秋之際發起北疆作戰。7月下旬，會合先期進疆停駐於濟木薩（今吉木薩爾）的金順部39營人馬，首先進佔阜康，準備攻打古牧地（今米泉），撤除烏魯木齊的屏障。
防守烏魯本齊地區的有投降阿古柏的馬人得、白彥虎等部2萬多人，其中6000多人駐守古牧地。從阜康到古牧地有兩條道路，一是途經戈壁、缺乏水源、無敵軍防守的大道，一是途經黃田，水源充足、但有重兵防守的小路。敵軍意在迫使清軍走大道，過戈壁，陷入人馬渴乏的困境。劉錦棠將計就計，8月8日，派出部隊掘井挖渠，開溝引水，擺出要走大道的架勢。10日夜晚，突然率領精銳部隊，從小路進擊，當夜奪取黃田，第二天進圍古牧地。他令炮隊在城外修築炮臺，用開花大炮把城牆轟塌了幾個缺口，令突擊隊從缺口搶攻入城，於17日佔領古牧地，全殲守敵。
攻取古牧地時，劉錦棠從繳獲的信中獲悉烏魯木齊防守乏人，南疆阿古柏韻援兵也難迅速到來。於是，立即決定乘虛蹈隙，除留兩營兵力防守古牧地外，大隊人馬星夜向烏魯木齊疾進。次日黎明，部隊抵達烏魯木齊週邊，炮隊在六道灣的山梁上架炮向城裡射擊。馬人得、白彥虎沒有料到清軍如此神速，炮聲一響，便棄城南逃。
收復烏魯木齊之後，劉錦棠令金順率部西攻昌吉、呼圖壁和瑪納斯，自率老湘軍清剿殘敵，準備南進。不料瑪納斯南城之敵負隅頑抗，金順部清軍久攻不克。劉錦棠又派羅長祜率領11營老湘軍馳援，。這時大雪開始封山，劉錦棠遵照左宗棠的意見，進行整軍備戰，準備來年春天舉兵南進。
阿古柏得知烏魯木齊失守的消息後，從喀什噶爾（今喀什）趕到托克遜部署防禦。他派心腹艾克木汗率步騎8500人和馬人得、白彥虎殘部，以及1萬民團守吐魯番，令其大總管愛伊德爾呼裡率步騎4400人守達阪城，並在東西天山隘口之間築起了一座新城；令其次子海古拉率步騎6000人守托克遜。三城互為犄角，妄圖阻止清軍南下。
1877年4月上旬，劉錦棠按照左宗棠三路並進的部署，與張曜，徐占彪約期進發。14日，劉錦棠率領31營人馬（新補充了炮騎各3營），從烏魯木齊南下，於16日夜晚包圍達阪城，直至次日淩晨城中守敵才發現。天亮後，劉錦棠環城偵察敵情，坐騎中彈倒地，他易馬而前。摸清城防概況後，命令各營環城挖壕築壘，嚴密鎖圍。同時構築炮臺，準備強攻。當清軍兩次擊退海古拉派來的援兵之後，愛伊德爾呼裡盼援無望，便準備突圍南逃。劉錦棠命令夜間遍燃火把，密切監視。 19日晚，城東炮臺築成，他當即下令以開花大炮向城內轟擊。由於彈藥庫中炮爆炸，加之大風驟起，烈火燃遍全城。守敵驚潰，四散奔逃。劉錦棠一面指揮各營截擊，一面發動喊話勸降。在軍政攻勢下，守敵頭目紛紛投降，愛伊德爾呼裡也被活捉，打了一個漂亮的殲滅戰。對於大批俘虜，劉錦棠遵左宗棠之囑，實行寬待政策，凡是新疆平民，不論哪個民族，全部釋放回家，並發給衣糧。其他俘虜，願留者留，願走者走。在這一政策的感召下，愛伊德爾呼裡主動給阿古柏寫了勸降信。在整個進軍南疆的過程中，劉錦棠始終實行了寬待俘虜的政策，對分化瓦解敵人起了重要作用。
攻佔達阪城後，劉錦棠分派羅長祜率步騎6營與張曜、徐占彪兩路人馬於26日攻取了吐魯番。自率騎兵於同日趕到托克遜，截住準備南逃的敵軍。經過激戰，除海古拉率2000多人逃脫之外，殲敵4000餘人。至此，歷時不到半月，勝利地結束了攻佔三城的戰役。
進軍南疆
佔領托克遜後，劉錦棠決定待秋糧采運充足之後再行南進。在此期間，敵情發生了重大變化。5月29日，阿古柏患中風而死，一說被部下打死）。海古拉攜其屍南返時，被其長兄伯克胡裡所殺。艾克木汗在庫爾勒自稱為“汗”，又被伯克胡裡敗於阿克蘇，遂率殘部逃入俄境。伯克胡裡繼承了阿古柏的汗位元後，除留部分人馬防守東四城外，自率主力退保西四城。
依據南疆八城的地理和敵軍分佈情況，劉錦棠把進軍南疆的部隊分成兩個梯隊：以老湘軍為第一梯隊，專門“主戰”，以張曜部為第二梯隊，“且戰且防”。9月 27日，劉錦棠率領第一梯隊32營先期出發，10月2日進抵曲惠。為了消滅逃至庫爾勒觀望動靜的白彥虎，他兵分兩路，令餘虎恩，黃萬鵬率馬步14營，取道烏什塔拉，沿博斯騰湖南岸進攻庫爾勒側背；自率主力沿大路過開都河，從正面進搗庫爾勒。9日，兩路人馬會師庫爾勒時，白彥虎已西逃庫車。針對白彥虎長於流竄的特點，劉錦棠斷然決定親率精騎1000、健卒1500先行追擊，令羅長祜領大隊人馬隨後跟進。在劉錦棠的帶領下，先行部隊從庫爾勒啟程後，三晝夜疾馳400多裡，15日追到布古爾（今輪台）時，擊潰敵騎千餘。18日追到庫車城外時，又斃敵千餘。22日終於在銅廠和木雜喇特河（今木紮提河）追上逃敵，經過激戰，消滅一部，餘敵繼續西逃。24日追到阿克蘇城外時，當地維吾爾族人民已自動佔領該城“以待官軍”。這時，白彥虎部經烏什逃向喀什噶爾，伯克胡裡留守東四城的殘部則逃向葉爾羌。對於劉錦棠指揮的這一階段作戰，左宗棠十分滿意地讚揚說：“三旬之間，迅掃賊氛，窮追三千里，收復東四城，殲敵數千，追回難民數十萬，決機神速，古近以來，實罕其比。”
東四城克復之際，原來投降阿古柏的和闐頭目尼牙斯反正，主動率兵圍攻葉爾羌以策應清軍。叛國降敵的前喀什噶爾守備何步雲也反正，率領原部佔據了喀什噶爾漢城，因力單難支，派人到阿克蘇向劉錦棠乞援。在這種情況下，劉錦棠毅然決定改變原定首先攻佔葉爾羌的計畫，不待第二梯隊抵達阿克蘇，不顧長途追擊作戰的疲憊，馬上進軍喀什噶爾。他令餘虎恩率5營人馬取道巴爾楚克（今巴楚東）、瑪納爾巴什，進攻喀什噶爾；令黃萬鵬率步騎9營取道布魯特遊牧地，疾指喀什噶爾，自率主力進駐巴爾楚克，居中策應。12月17日晚；余、黃兩部兵臨喀什噶爾城下，當晚將回城克復，伯克胡裡和白彥虎分率殘部逃入俄境。21日，劉錦棠進取葉爾羌，24日佔領英吉沙爾，董福祥於次年1月2日進佔和闐。一月之內，清軍馳驅2000多裡，奪取西四城，勝利收復了南疆。
捷報傳到肅州大營，左宗棠情不自禁地稱讚劉錦棠的指揮道：“籌策之周，赴機之速，古今未嘗有也”，“大軍西征，如飛如翰，自秋徂冬，挈回疆全境還隸職方，即勞烈而論，已足光垂史牒。若夫功成迅速，則實古今罕見之事。”（《左宗棠全集·劄件》，嶽麓書社1986年版，420頁）清廷也高度評價劉錦棠“智勇深沉，出奇制勝，用能功宣絕域，（《左文襄公全集·奏稿》五十二卷，第49頁），將其晉為二等男爵，5月晉太常寺卿，8月授通政使司通政使。
善後工作
新疆初複，城池殘破，官無衙署，民無居室，管道淹廢，田園荒 蕪。劉錦棠從東到西、從南到北，目睹了這—慘景。他在新疆所做的 第—件事，就是設立善後局，處理善後事宜。
南疆的善後工作，都由劉錦棠一路收復，—路設局經理。當時軍隊裡幕僚人員很多，善後局主要由這些人來經辦。善後局的重要任務之一，便是招集流寓失所的農民，將被阿古柏匪徒脅行的人民遣返原籍，貸給籽種，使能夠迅速恢復生產。新疆乾旱少雨，農業生產全賴引水灌溉。為此，又仿行以工代賑的方法，每日發給口糧，組織剛剛返回原籍的農民修復管道、坎兒井。清軍官兵也被派去參加興修農田設施的勞動。這些措施，保證了南疆各地農業生產的恢復。人們衣食有了著落，社會也就日趨安定了。
漏網之魚
伯克胡裡和白彥虎漏網逃入俄境，劉錦棠“常引為大恨”。為此，他注重邊防卡倫建設，加強了對殘敵竄犯的戒備。
1878年9月，白彥虎派其心腹金山率幾百人馬，侵入阿克蘇以西邊境。27日，劉錦棠率騎兵900，步兵300，從喀什噶爾出發，沿邊境急馳，截住該敵，活捉金山，全殲所部。
12月上旬，伯克胡裡派其親信頭目阿裡達什率480餘人侵入喀什噶爾西部邊境。劉錦棠認為，阿古柏殘部屢次回竄，“名為該部尋仇，實由俄回嗾使”，“必大加懲創，方免頻來擾邊。”（《劉襄勤公奏稿》卷七）9日夜，劉錦棠親率騎兵900，步兵1100人，兵分三路，在當地布魯特人的協助下，全殲了這股敵軍，擊斃了阿裡達什。
1879年初，原阿古柏部將艾克木汗勾結布魯特頭目阿布都勒哈瑪，聚集了2300多人來犯，侵擾到離喀什噶爾只有200多裡的博斯塘特勒克一帶。劉錦棠出動4000多人馬，兵分三路，乘艾克木汗襲擊清軍營寨之機，設伏於博斯塘特勒克山谷內外，誘其入伏，四面包圍，除艾克木汗與阿布都勒哈瑪領100餘騎逃脫以外，其餘全部被殲。
9月上旬，艾克木汗和阿布都勒哈瑪又糾集2000多人馬，“聲言奉俄國號令，攻取喀，英各城”（《新疆圖志》卷九十七，《奏議》七），經喀什噶爾以西 700余裡的烏什恰提卡倫，兵臨色勒庫爾（今塔什庫爾幹塔吉克自治縣）城下，企圖先占該城作為立足之地，劉錦棠聞訊，親率馬步2000，攜帶乾糧，經英吉沙爾，取道荒無人跡的岩壑山路，晝夜兼程向色勒庫爾疾進。艾克木汗得知清軍大隊來援，便撤離色勒庫爾向北逃竄。劉錦棠立即改道向北，鑿冰為道，冒險翻越終年積冰的卡拉塔什達阪，以4晝夜馳800裡的速度，終於追上逃敵，將其全部殲滅。
左宗棠評價劉錦棠殲滅竄犯殘敵的作戰指揮道：“用兵不越旬時，渠目幾無漏網，而內地各城，安堵如故，雞犬無驚者，則審機之明，赴機之速，有以致之。” （《新疆圖志》卷九十七，《奏議》七）新疆各族人民對劉錦棠堅決保衛新疆的歷史銘刻在心，當1898年俄國武裝侵佔新疆的帕米爾地區時，廣大軍民懷念說： “若前撫臣劉錦棠在任，斷不至此。”（《陶勤肅公奏議遺稿》，卷十一）
1880年3月，清廷任命劉錦棠幫辦新疆軍務。他為配合左宗棠準備武力收復伊犁而積極備戰。8月，左宗棠奉召回京，劉錦棠接任欽差大臣督辦新疆軍務。 1884年11月任新疆巡撫，又授兵部尚書銜。在此期間，他改革新疆原軍府制，在建省過程中，將徵兵逐步改為防軍，規劃，建設了全疆的邊防，為鞏固西北邊疆做了大量有益的工作。
新疆建省編輯
新疆設立行省的問題半個多世紀以前就已有人提出。在清軍收復新疆的過程中，左宗棠又幾次奏請朝廷在新暑開設行省，因為伊犁未經收復而暫時被擱置下來了。1881年，《中俄伊犁條約》簽訂，第二年清軍進駐伊犁。新疆建省的事又由新任陝甘總督譚鐘麟重新提出。
劉錦棠也是主張新疆建省的。為了使行省制度早日在新疆實現，他比較了左宗棠和譚鐘麟的兩種方案，提出了比較切實可行的辦法：新疆設立巡撫，駐烏魯木齊，受陝甘總督節制。下設鎮迪、阿克蘇、喀什噶爾三道，分別轄治哈密至烏蘇的天山山脈一帶、焉耆至烏什的天山南麓一帶、喀什噶爾至和田的昆侖山北麓一帶；伊犁仍設將軍，只管伊犁塔城邊防，不再總統全疆軍務。清政府批准了這一方案。劉錦棠奉旨委任了各道、府、廳、州、縣的各級官吏之後，于1884年被朝廷簡派為第一任新疆巡撫，第二年遷入省會迪化(烏魯木齊)視事。
新疆設立行省後劉錦棠曾說，每遇到一點問題就有人懷疑建省全域是否行得通；碰到一點困難就有人認為什麼都不合適。這主要來自同級或下級的干擾。其實，他改變左宗棠在新疆單獨設置總督的主張而僅設巡撫、仍受陝甘總督管轄，未嘗不是考慮到與陝甘總督譚鐘麟的關係問題。他建議保留伊犁將軍不在伊犁塔城設道，未嘗不是考慮到與伊犁將軍金順的關係問題。後來金順去職，他就設置了伊塔道，將伊犁、塔城兩處地方置於巡撫的管轄之下。雖然後來擔任伊犁將軍的人一再要求恢復過去的許可權，但是始終未能如願。劉錦棠治新時奠定的行政體制，直到清朝滅亡一直沒有被改變過。
與新疆建省相聯繫的是伯克制度的廢除。伯克制是南疆維吾爾社會長期存在的統治制度。各地以阿奇木伯克為首，下設各種伯克二三十人。他們依仗權勢，對維吾爾族農民進行殘酷的徭役制剝削。維吾爾族農民為推翻封建徭役制度進行了長期的鬥爭。1864年遍及全疆各地的農民起義，對伯克制打擊最為沉重，伯克制已經名存實亡了。
劉錦棠在南疆各地建立善後局後，曾經委派一些不甘投敵的愛國伯克擔任一些差使，卻沒有賦予他們什麼實權。如徵收田賦時，只讓伯克們督催農民直接赴善後局繳納，不允許伯克出面經辦收取，而且以前一向由伯克全權處理的民政事務，也一概由善後局辦理。
劉錦棠順應了歷史潮流，沒有去扶植已經處在沒落中的伯克們的權勢，建省之後也只讓伯克在地方基層政權中擔任書吏和鄉約。這些措施，都為日後怕克制的正式廢除準備了條件。
1887年清廷下令取消伯克制，原先的伯克們的品級和地位大為下降，社會卻安定如常，沒有出現任何波動。隨著新疆省的建立，新疆與內地行政建置的一體化，過去對內地人民遷居新疆的種種限制也都不存在了。為了吸引更多的無地農民到新疆來，加快新疆農業經濟的恢復和發展，劉錦棠修改了以往的屯田辦法。新疆，尤其是北疆，是清代移民開墾的重點地區，分布面廣的主要有民屯、兵屯、犯屯三種。劉錦棠正式奏報了新的屯墾章程，規定兩名男丁為一戶，給地六十畝，屯民初到時貸給八個月的口糧及三石籽種，借給七十三兩銀子作為置辦農具、牛只和築履等費用；頭一年歸還一半，第二年還清，第三年徵收額定田賦的一半，第四年起徵收全額田賦。這種待遇，比一百多年前的乾隆年間差，比起咸豐、同治年間卻好多了。他還諮照內地各省督撫，鼓勵貧苦無地農民來新疆開荒種地。在這以後的一個階段內，移居新疆的農民很多。他還在南疆東部的尉犁一帶開闢了一些新的農墾地區。
按先前的舊例，這類民屯的剝削還是較輕的，兵屯的剝削就重了，最重的是犯屯。所以，兵屯、犯屯的生產歷來很不景氣。因為勇丁種地都是差使，並不關心收成好壞，各地官員都在哀歎兵屯耗資太多而收穫無幾。劉錦常提出變通辦法，不再將老弱兵勇派去種地從事兵屯，而是裁兵分屯，將土地分給裁減下來的老兵，依照民屯辦法，向政府繳納租賦。
抱病而亡
這時的劉錦棠已是獨當一面的封疆大吏，然而，他對升官晉爵不感興趣，伊犁收復以後，多次以祖母老病和自己患腳疾為由，申請開缺回鄉，但是，當一聽說法國侵略軍佔領越南襲擊諒山，威脅廣西、雲南的消息後，“不禁積憤填胸”，乃於1884年8月21日上了一道《請率師與法夷決戰折》，“請旨率師東下，與之決戰，以紆積憤”，並且表示，“臣之腳疾雖迄未痊，而當國家有急，當奮不顧身。”（《劉襄勤公奏稿》，卷七）他在奏摺中分析了敵我雙方的力量對比，認為只要堅決抵抗，無論陸戰、海戰，都有取勝把握，要求准其自募6000人東下赴越，抗擊法寇。可惜清廷妥協方針已定，拒絕了劉錦棠的請求。9月13日，劉錦棠又上奏請戰，再次要求奔赴抗法前線，並且說明並非邀功請賞，只是為了報效國家。清廷又未准允。
1890年2月6日，清廷晉劉錦棠為太子太保。5月，他回湘省親。9月2日，劉錦棠從湖南上奏申請開缺養病。此後他一直在籍休養。1894年4月，中日戰爭一觸即發。清廷想起這位智勇雙全的戰將，7月令湖廣總督張之洞前往湘鄉傳旨，令其召集舊部速赴遼東。為了抗擊日寇，劉錦棠抱病啟程，剛到湘鄉縣城，忽患中風，左體偏癱，8月去世。
劉錦棠積極參與了鎮壓太平軍，撚軍和回民叛軍的作戰，他指揮清軍收復和保衛了新疆，這一重大的歷史功績更是不可磨滅的。他在作戰中所表現的不畏強敵、敢打敢拼、勇猛頑強的戰鬥作風和沉著機智、靈活機動、出奇制勝的指揮才能，在晚清反對外敵入侵的作戰中也是不多見的。