新朝執政不當引發民怨, 17年全國發生蝗災、旱災而饑荒四起, 農民紛起反抗叛亂, 開啟新末民變。 瓜田儀等人於會稽長洲(今江蘇蘇州)起事[注 7]。 同年琅邪女子呂母因縣宰冤殺其子, 率眾攻陷海曲縣, 而後引兵入海為寇[14]。 在災情最嚴重的青州、徐州與荊北地區, 則分別在17年于荊北興起綠林軍、18年于青徐地區興起赤眉軍, 史稱赤眉、綠林起義。 河北在馬適求之亂後, 也陸續出現其他民變軍, 有的以山川土地為號, 或以軍容為號[注 8], 其中以銅馬軍最強。 當大臣舉報各地民變時, 王莽認為至只是民賊作亂。 他不願承認執政錯誤,
赤眉軍由樊崇所建立, 18年他率饑民在莒縣起事, 眾皆將眉毛染紅[16], 即赤眉軍。 亂軍由農民組成, 大多不識字, 組織包括地位最高的三老、其次有從事和卒史等名稱[17], 大多延用漢朝鄉官的名稱。 赤眉軍收編呂母部屬後, 在泰山山區擴大勢力。 21年王莽派太師犧仲景尚、更始將軍護軍王黨出兵討伐, 但在隔年被赤眉軍擊潰而死。 王莽再派太師王匡、更始將軍廉丹率十萬兵東征,
綠林軍源自荊北民變。 17年荊州北部發生饑荒, 王匡、王鳳率領饑民于新市(今湖北京山東北)綠林山起事, 稱綠林軍。 新莽荊州軍被綠林軍擊敗後, 王莽遣司命將軍孔仁守豫州, 派納言將軍嚴尤、秩宗將軍陳茂進入荊州平亂。 隔年綠林山瘟疫爆發, 王常、成丹率兵轉入南郡, 稱下江兵[注 9], 王匡、王鳳率兵東進新市, 稱新市兵, 並北上攻打宛城。 途中于平林(今湖北隨縣東北)獲得陳牧、廖湛率眾加入,
王莽得知宛城被圍後, 於23年五月派王邑、王尋率領四十二萬新莽軍圍攻昆陽, 目標宛城。 6月劉秀率軍于昆陽擊潰新莽軍, 王尋敗死, 王邑逃至洛陽, 宛城也被劉縯攻陷, 史稱昆陽之戰。 四方豪傑得知後, 紛紛殺掉州郡守, 自稱將軍, 用更始年號。 戰後劉縯、劉秀人氣大增, 更始帝以違抗命令為由處死劉縯。 劉秀得知後親赴謝罪,