察合台汗國始建於1222年， 是蒙古帝國四大汗國之一， 成吉思汗次子察合台建立， 統治新疆大部地區和中亞部分地區（今土庫曼、吉爾吉斯、烏茲別克斯坦、塔吉克斯坦及哈薩克南部地區）
1321年後， 察合台汗國分裂為東察合台汗國（1348--1514）和西察合台汗國（1320--1362）， 東部稱為"蒙兀兒斯坦"， 西部稱為"馬維蘭納兒"。
1360年以後， 東察合台汗國大汗禿黑魯帖木兒兩度率領大軍入侵河中， 打敗烏巴都剌， 佔領西察合台汗國；並留其子亦裡牙思·火者駐兵其地， 使東察合台汗國、西察合台汗國得到短暫的統一。
1362年， 禿黑魯帖木兒死後。 西部異密（諸侯）烏巴都剌之侄迷裡忽辛與巴魯剌氏部貴族帖木兒將亦裡牙思·火者的軍隊逐出河中，
1389年， 明軍抵達新疆， 東嚓合台歸順明朝， 明朝在新疆設立阿端衛和哈密衛管轄整個新疆。
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