1915年12月12號袁世凱正式稱帝， 僅僅13天后， 同盟會的雲南滇系軍閥首領唐繼堯率先宣佈雲南獨立， 並通電全國一至討伐袁世凱， 由此護國運動爆發。 1916年年6月6日， 中華民國大總統袁世凱因患尿毒癥病逝。 袁世凱死後， 群龍無首的北洋系內部各方勢力爭權奪利， 逐漸開始軍閥大混戰。
袁世凱之死， 結束了北洋集團的大體統一局面， 開始了群雄紛起、兵連禍結的軍閥割據年代。 北洋內部分裂為直、皖兩大系， 奉系在東北迅速崛起， 各地大小軍閥如晉系、滇系、桂系等無不割據一方。 中國的小農經濟基礎與帝國主義列強分而治之的政策為軍閥割據創造了條件。
袁世凱的北洋政府開始， 中國進入了軍閥統治時代。 各地軍閥割據稱雄， 其中比較強大的主要有馮國璋的直系（直隸）， 段祺瑞的皖系（安徽）。 皖系掌握著北洋政府的實權， 但是直系勢力強大， 對於皖系企圖武力統一的行為做壁上觀， 隨著外國列強的幕後策動， 直皖之間最終爆發了以直系為首，
在這個過程中奉系本來應該是直系的小兄弟， 但是隨著戰爭的進行， 逐漸成為了頗具實力的東北軍閥。 直皖戰爭後直系控制了政府， 開始了對奉系的打壓。 而奉系獲得了政治優勢地位後開始借助日本壓迫直系。 最終導致直系對奉系進行威脅， 而奉系則聯合廣東的孫中山開始北伐， 直奉戰爭正式開始。 最終結果是直系取得了勝利， 奉系割據東北自製， 而孫中山的北伐最終也沒有成功， 直系再一次控制了政權。
直系的軍事勝利卻不能掩蓋其在政治、經濟、民生方面的亂象， 以及列強的傀儡地位。 直系的內部分裂導致大批地區割據自治， 軍閥割據情況再次出現。