有氧呼吸的第三階段是氧氣和[H]生成水。 此過程同時會導致H+由線粒體基質運輸到內外膜之間的空隙中。 丙酮酸進入線粒體內膜需要H+從外向內擴散提供動力。 （如下圖）所以氧氣充足時， 有氧呼吸的第三階段進行， 有利於丙酮酸轉運到線粒體基質中進一步分解。 相反， 若有氧呼吸第三階段不進行， 內外膜之間的H+濃度下降， 丙酮酸無法進入線粒體內膜。 則第一階段產生的丙酮酸和[H]在細胞質基質中反應生成酒精和CO2或者生成乳酸。
為什麼有氧呼吸時， 無氧呼吸會被抑制呢？首先因為丙酮酸、[H]、ADP、Pi這些無氧呼吸第二階段所需的反應物被大量消耗。 同時有氧呼吸產生大量ATP， 並使ADP和Pi含量下降， 這會抑制有氧呼吸第一階段， 導致丙酮酸和[H]濃度進一步下降。 所以隨著氧氣濃度的增加， 無氧呼吸會逐漸減弱， 直至幾乎完全不進行。