約有50%的婦女流產原因無法得知， 但若找得出原因， 就有辦法對症下藥治療， 未來成功生下胎兒的機率才會增加。
染色體異常
懷孕12周內的流產胎兒， 約有50%至60%是夫妻其中一方有染色體異常的緣故， 常見原因在於平衡性轉位， 發生機率約為1/500， 異常的染色體往往會造成胎兒各式各樣的先天畸形， 甚至造成習慣性的流產或不明原因的流產。 因此， 隨著近年來的細胞遺傳發展， 可以透過抽血來檢查雙方染色體， 或經由采檢胎兒的絨毛或抽取羊水， 可進行染色體分析以瞭解胎兒狀況。 若確診為平衡性轉位， 可以透過胚胎著床前基因篩檢來改善習慣性流產的問題。
子宮異常
關於子宮異常造成流產的原因有子宮肌瘤、子宮內膜息肉、子宮內膜沾黏、子宮腺肌症、子宮頸閉鎖不全等， 甚至是先天性的雙角子宮、弓狀子宮、子宮中隔， 治療上會依照異常程度做不同的處理，
內分泌問題
當女性內分泌機能出問題後， 可能會影響胚胎是否能順利著床， 若是有卵巢老化且機能不足、多囊性卵巢症候群、甲狀腺功能過低或糖尿病等內分泌異常的情形， 也容易造成自然流產， 必須依照病症治療， 卵巢老化且機能不足可補充黃體素；多囊性卵巢症候群可吃Metformin治療， 再加上改變飲食習慣、規則運動、維持正常體重， 改善病症的臨床表現並促進排卵；甲狀腺功能過低可以補充甲狀腺素；糖尿病則必須控制血糖。
免疫系統問題
免疫機能異常是造成習慣性流產的常見原因， 可分為異體免疫因素和自體免疫因素。 前者， 指受精卵是由精子與卵子結合後在母體子宮內著床成長， 若媽咪體內的免疫系統會產生抗體來攻擊受精卵並排斥而導致流產；後者， 指自體免疫系統異常時， 母體血液迴圈中會產生較高的自體免疫抗體， 抗體會增加血液的凝血活性及血小板的凝聚， 進而產生血栓， 造成胎盤壞死而流產。
孕媽咪遭受感染
當孕媽咪受到德國麻疹病毒、皰疹病毒、巨大細胞病毒、梅毒、披衣菌或是弓漿蟲等感染， 也會造成自然流產。
其他因素
若孕媽咪因故跌倒、受到撞擊、工作繁忙、濫用藥物、抽煙、酗酒、周遭接觸環境有輻射線或其他有害物質等，