浙江嘉興府是省會杭州的門戶， 嘉興和杭州二城互為犄角， 內錯湖泖， 外控海洋， 在戰略地理位置上十分之重要， 如果嘉興失守， 杭州必不可保。
1863年12月底， 在李鴻章的淮軍將領程學啟、潘鼎新、劉秉璋率領下， 會同英國人戈登的“常勝軍”自江蘇、上海進窺嘉興， 太平軍榮王廖發壽在嘉興進行了猛烈的阻擊， 使得清軍的進展十分緩慢， 雙方最後對峙在嘉善張涇匯一帶。 嘉興在當時是一個無險可守的小城， 然而太平軍卻在這裡死守了兩個月， 程學啟率領清軍從嘉興幾個門同時猛攻， 此戰， 清軍後來描述：“寇拼死抗拒”；城牆被地雷和大炮轟塌時，
1863年12月4日， 蘇州由叛徒出賣被清軍攻佔後， 浙江戰場士氣受到影響， 一些混入太平軍的異己分子們開始變節叛變： 2月17日平湖守軍將領陳殿選， 二十二日海鹽守將李文楚降清。 1864年1月5日， 清兵攻嘉興東郊新豐鎮。 22日鎮守海甯的會王蔡元隆也叛變投敵， 轉而圍攻太平軍。
2月11日， 幾路清軍和洋槍隊開始合圍嘉興， 英法聯軍與清軍混編的“花綠兵”也有1000多人， 也開始由浙東渡海， 經過海寧來攻到嘉興。 15日由桐鄉守將何培章投降的清軍也將槍口轉向太平軍。 2月18日湖州堵王黃文金、輔王楊輔清等18王發兵馳援嘉興， 二月底至三月初曾圍烏鎮， 入新塍， 攻盛澤， 3月20日堵王黃文金兵曾進抵嘉興城西陶家筧，
3月15日， 嘉興城東 、北 、西三門外的太平軍營壘開始被淮軍佔領焚毀， 接著， 清軍開始加緊攻城， 而城中的太平軍在榮王廖發壽、挺王劉得功指揮下， 全部起來奮勇抵抗清軍的一浪高過一浪如潮水般的進攻。
1864年3月23日， 淮軍總兵， 太平天國叛將程學啟率軍猛攻嘉興西門， 太平軍拼死抵禦， 擊退叛將水軍多次進攻。 程學啟也乘夜縛草膝行， 搶築月牆， 以避城上槍炮。 24日， 程學啟部洋教練備雷， 清軍炮兵團長、洋槍隊的英國人貝萊上校用洋炮轟城， 用巨炮轟開塌城牆一百餘丈， 擊毀炮臺20多座， 太平軍的守軍用土填城闕， 以迅速修復缺口， 多次打退了清軍的的衝鋒， 程學啟下令要猛力攻城， 城頭上太平軍的矢石如雨， 清軍死傷無數。
25日， 太平軍列王黃朋厚， 率軍二萬自新塍、烏鎮馳援嘉興， 被阻城外。 守軍“傳知援眾能進城者， 人給銀洋五枚， 舍死搶入者大約千餘人。 ”但後繼的援軍才被擊退。
此時，程學啟在城河浮橋上指揮部下登城，城上發炮，鉛彈打入他的左腦，當場昏死傷重倒地，被抬回大營，後被送到蘇州治傷，不久在痛苦中死去。當時的人都認為，降將們其實都有二心，而程學啟也沒信守誓言，所以都死於刀劍槍炮之下。據說，程學啟中彈的地方，就在嘉興城北端平橋附近，程學啟率隊猛攻嘉興一個多月之中，多次與太平軍展開肉搏戰。
當日城中火藥庫被擊中爆炸，挺王劉得功死於巷戰中，城牆被洋炮轟陷後，清兵分路登城，經激烈巷戰後，太平軍守軍終因彈盡援絕，寡不敵眾而敗退，嘉興城失陷，城中官兵部分突圍去湖州，其餘5000餘名均被殺害。此後，石門守將歸王鄧光明也向清軍投降，至三月底嘉興地區全部重為清軍佔領。
清軍和洋槍隊進佔嘉興和各個縣城之後，就開始搶劫燒殺，使得嘉興城又成為了一個人間大屠場，英國人吟俐在《太平天國親歷記》中記述：“清兵入城後，濫殺未逃走的不幸的非戰鬥員，無辜的居民不分男、女、兒童均遭屠殺”、“被殺的無辜群眾達7000人”，農村的勞動人民和曾經為太平天國辦過一些事的人，也都遭到了迫害和清算。
3月31日，一直都在支持清軍的英國《上海紀事報》報導說：“不出我們所料，嘉興府棄守後，程的軍隊進行了令人髮指的可怕暴行，城中不幸的居民被勒令負載劫掠的物資至城外清軍防線，到達之後，馬上斬首”。
清兵淮軍13個營占駐嘉興，財物搶光後，就拆屋賣木頭，南湖煙雨樓、聽王府房舍門窗都被拆賣，不久後到嘉興任知府的許瑤光，對戰後的嘉興城作有《覆巢燕》一詩，說：“倉皇複城時，華屋一炬付，那知軍斧利，不為主人計，長繩曳榱題，一掃東風碎”，詩中所寫的就是指斥清軍當時燒房拆屋的情景。
此時，程學啟在城河浮橋上指揮部下登城，城上發炮，鉛彈打入他的左腦，當場昏死傷重倒地，被抬回大營，後被送到蘇州治傷，不久在痛苦中死去。當時的人都認為，降將們其實都有二心，而程學啟也沒信守誓言，所以都死於刀劍槍炮之下。據說，程學啟中彈的地方，就在嘉興城北端平橋附近，程學啟率隊猛攻嘉興一個多月之中，多次與太平軍展開肉搏戰。
當日城中火藥庫被擊中爆炸，挺王劉得功死於巷戰中，城牆被洋炮轟陷後，清兵分路登城，經激烈巷戰後，太平軍守軍終因彈盡援絕，寡不敵眾而敗退，嘉興城失陷，城中官兵部分突圍去湖州，其餘5000餘名均被殺害。此後，石門守將歸王鄧光明也向清軍投降，至三月底嘉興地區全部重為清軍佔領。
清軍和洋槍隊進佔嘉興和各個縣城之後，就開始搶劫燒殺，使得嘉興城又成為了一個人間大屠場，英國人吟俐在《太平天國親歷記》中記述：“清兵入城後，濫殺未逃走的不幸的非戰鬥員，無辜的居民不分男、女、兒童均遭屠殺”、“被殺的無辜群眾達7000人”，農村的勞動人民和曾經為太平天國辦過一些事的人，也都遭到了迫害和清算。
3月31日，一直都在支持清軍的英國《上海紀事報》報導說：“不出我們所料，嘉興府棄守後，程的軍隊進行了令人髮指的可怕暴行，城中不幸的居民被勒令負載劫掠的物資至城外清軍防線，到達之後，馬上斬首”。
清兵淮軍13個營占駐嘉興，財物搶光後，就拆屋賣木頭，南湖煙雨樓、聽王府房舍門窗都被拆賣，不久後到嘉興任知府的許瑤光，對戰後的嘉興城作有《覆巢燕》一詩，說：“倉皇複城時，華屋一炬付，那知軍斧利，不為主人計，長繩曳榱題，一掃東風碎”，詩中所寫的就是指斥清軍當時燒房拆屋的情景。