1932年10月15日， 在國民黨巨額懸賞多年後， 陳獨秀被上海公共租界巡捕房以創辦非法政黨的罪名逮捕， 隨後移交南京政府。 經過多方援救， 1937年8月23日陳獨秀提前獲釋。 從此， 陳獨秀開始了窮困潦倒的生活。
1939年5月底， 陳獨秀在戰亂中流亡鶴山坪。 鶴山坪在四川江津縣鄉間的群山環抱之中， 遠望山峰如仙鶴挺立， 林木蔥蔥， 人跡罕至。
晚年陳獨秀
陳獨秀寄居楊氏山莊的石牆院， 這是一個有20多間房的大宅子， 是前清一個進士所置房產， 此人和三個兒子都已過世， 有一孫輩楊學淵在外地工作。 他聽說陳到達鶴山坪， 立即致書家人：“騰出最好的房子， 妥為招待。 ”
陳獨秀和妻子潘蘭珍借住一間上房， 兩間廂房。 房內陳設原極簡單， 堆滿書籍和箱籠舊物。 最醒目的是牆上有嶽飛的“還我河山”草書拓片。 這個院子閉塞極了， 門前的路也是陡峭坎坷的。
陳獨秀過去不論在北京，
生活極清苦， 物價又飛漲。 陳獨秀為了糊口， 把朋友送給他的灰鼠袍子也“當”了。 他晚年的詩句有：
日白雲黃欲暮天， 更無多剩此殘年，
病如簷雪銷難盡， 愁似池冰結愈堅。
陳獨秀書法
儘管如此， 他不吃“嗟來之食”， 對此認真之極。 任卓宣（葉青）， 給陳寄了200元， 他立即退回。 國民黨中央的秘書長朱家驊， 他的學生， 贈5000元， 他立即拒絕。 朱又托張國燾轉贈， 他再次退回， 並寫信斥責：“請你以後不要多事！”張感慨地說：“仲甫總是如此！”
一些北大的畢業生， 陳獨秀的學生， 成了國民黨政要的， 如羅家倫、傅斯年等等， 到四川重慶來時， 都專程來此山村看望老師。 看到他如此貧困， 不免資助。 陳說：“你們把我當乞丐施捨嗎！”一些人說：“恩師之情， 銘刻在心， 不能忘也！”他說：“我理解你們的心情， 但我窮死餓死也不會收的。 ”
國民政府解他的生活情況，
此真所謂“貧士無財有傲骨， 愈窮傲骨愈突兀！”在貧病交加之中， 他還有一種“使命感”。 1939年5月致友人信中說：“血壓高， 兩耳幾於半聾。 長久如此， 百事俱廢矣！心所欲著之書未成， 誠堪浩歎！”
梁實秋
這時他要寫的書是《小學識字教本》。 他認為， “學童識字是盲記如符咒， 嚴重戕殘孩子， 急待改良。 ”
為出版事， 陳獨秀和編譯局書信往來達70多次， 終未能印刷。 最後在1942年油印50份， 梁實秋得到一份。 到1971年， 梁實秋在臺灣影印出版。 他說：“實在寫得好！觀點源於唯物論， 精詳、通達、是生平傑作， 最能展示他的舊學根底……在我有生之年， 總算了了一樁心事。 ”
他在鶴山坪得知， 1939年9月17日， 蘇聯紅軍大舉入侵波蘭， 依照秘密協定和德國瓜分波蘭時， 怒火中燒， 憤怒疾書長詩一首， 中有“……旁行越鄰國， 勢若吞舟鯨， 食人及其類， 勳舊一朝烹。 黃金握在手， 利箭腰間鳴， 二者唯君擇， 逆死順則生……”他激憤的情緒是無以復加的了。
1942年5月，陳病重了，17日至25日，三度昏厥。27日晚，9時40分逝世。慷慨解囊辦理後事的竟是相識不久的江津人鄧蟾秋、鄧燮康叔侄兩人，墓地也是在鄧家的鼎山山麓的康莊，背靠鬱鬱蔥蔥的山林，面對日夜奔騰的長江。
1942年5月，陳病重了，17日至25日，三度昏厥。27日晚，9時40分逝世。慷慨解囊辦理後事的竟是相識不久的江津人鄧蟾秋、鄧燮康叔侄兩人，墓地也是在鄧家的鼎山山麓的康莊，背靠鬱鬱蔥蔥的山林，面對日夜奔騰的長江。