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秦漢是中國藥物與方劑及其學術體系奠基的時期。
方劑學的成就是《傷寒雜病論》的主要貢獻之一。 漢代是方劑學大發展的時期， 《漢書·藝文志·方技略》記有經方11家， 274卷， 但魏晉以後已亡佚。 東漢末年成書的《傷寒雜病論》， 必然對秦漢以來醫家遺方及同時各家的方劑進行了廣泛擇取。 它以六經辨證和臟腑辯證為準則， 靈活地運用於外感傷寒與內傷雜病的治療中。
據統計， 《傷寒論》收載方劑113首（其中禹餘糧丸有名無方， 故實為112首）， 《金匱要略》收載方劑262首， 除去二書重複者， 實得269首。 《傷寒論》中的方劑可分為十二類， 如桂枝湯類19方， 麻黃湯類6方， 葛根湯類3方， 柴胡湯類6方， 梔子湯類7方， 承氣湯類12方， 瀉心湯類11方， 白虎湯類3方， 五苓散類4方， 四逆湯類11方， 理中湯類9方， 雜類22方。 《金匱要略》中方劑較《傷寒論》更為豐富， 如其分痰飲為四種：痰飲、懸飲、溢飲、支飲， 分析其病機， 辨別其寒熱：選用方劑達16種， 涉及藥物30種。
從對《傷寒雜病論》中方劑的分析來看， 該書對方劑的配伍關係和加減變化， 已相當嚴格， 達到很高的水準， 用於治療傷寒病太陽經表實證的麻黃湯， 藥只四味， 但配伍法度嚴謹， 選藥精審恰當， 再者，
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在方證結合方面， 《傷寒雜病論》充分體現了因證立法、以法系方、據方用藥的準則。
在劑型方面， 《傷寒雜病論》在記述的劑型遠遠超過了前代各類醫書的記載， 有湯劑、丸劑、散劑、酒劑、洗劑、浴劑、熏劑、滴耳劑、灌鼻劑、軟膏劑、肛門栓劑、陰道栓劑等。 針對不同病情採用適當的劑型， 有助於療效的提高。
《傷寒雜病論》中的方劑大多切合臨證， 療效可靠， 如白虎湯治暑溫、茵陳蒿湯治黃疸、白頭翁湯治痢疾等等， 一直為後世醫家所襲用， 並尊為“經方”。
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