第二支為南中國大陸移民集團。 他們是遠古時期生活在這一地區的尼格利都人（即小黑人）、原始馬來人、古印尼人， 以及較晚的馬來人。 其中， 身材矮小、膚色暗黑、毛髮捲曲的尼格利都人（小黑人）大致最早南下， 他們經過當時的陸橋， 從中國大陸南部一帶南下菲律賓群島， 成為當地居民的重要組成部分。
尼格利都人由菲律賓和印度支那半島繼續南下， 抵達印尼群島地區。 並經印尼南遷澳大利亞。 當後來的居民原始馬來人等陸續沿大致同樣的路線移至菲律賓、印尼乃至澳洲時， 最早到達的尼格利都人或退往內陸地區， 或與新來者融合， 產生混血集群。
考古學資料也表明：迄今發現的菲律賓最早人類的遺骸， 經碳14鑒定， 當生活在距今l5000年前左右。 而印尼最早的人類骸骨， 即中爪哇南部的瓦賈克人， 亦當生活在距今12000年前左右。
在澳大利亞發現的古人類化石凱洛爾人， 其顱骨性狀的分析結果， 與印尼的瓦賈克人相似， 說明凱洛爾人的祖先， 顯然來自印尼。