北京大學創辦於1898年, 初名京師大學堂。 儘管她誕生在中國最後一個封建王朝風雨飄搖的末期, 但京師大學堂一開始就是改革維新、興學圖強的產物。 1895年, 中國在甲午戰爭中失敗後, 為了救亡圖存, 康有為、梁啟超、譚嗣同等發起變法維新的改良運動, 特別提出維新變法須從廢科舉、興學校開始。 1896年6月, 刑部左侍郎李端在給清政府的奏摺中, 第一次正式提出在京師設立大學堂。 1898年6月, 光緒皇帝下《明定國是詔》, 宣佈變法, 詔書中強調京師大學堂“尤應首先舉辦”。 於是由梁啟超草擬了京師大學堂章程, 規定了“中學為體,
1900年, 八國聯軍侵佔北京, 京師大學堂遭到破壞, 一度停辦。 1902年恢復後, 設速成、預備兩科。 速成科分仕學、師範兩館, 預備科分政、藝兩科。 1903年, 增設醫學館、譯學館和進士館, 同時辦分科大學,
辛亥革命推翻了清王朝的統治。 1912年5月, 京師大學堂改名為北京大學, 嚴複為北京大學第一任校長。
1917年1月, 著名學者、教育家、民主主義革命家蔡元培被任命為北京大學校長, 這是一項對北大有至關重要影響的任命。 蔡元培一上任就開始對北京大學進行整頓和改革, 他延聘陳獨秀擔任文科學長, 李大釗為圖書館主任, 魯迅、胡適等一大批國內一流學者先後來北大任教, 毛澤東也曾在北大圖書館任職。 這一時期是北大歷史上非常輝煌的時期, 也是當時中國進步運動和革命運動的一個中心。 當時的北京大學不僅成為中國新文化運動的中心, 也是偉大的“五四”愛國運動的策源地,
1927年, 奉系軍閥統治北京時, 悍然決定取消北京大學, 將北京的國立9所學校合併, 成立所謂京師大學校。 國民黨新軍閥統治後, 又將京師大學校改為中華大學, 不久又改為北平大學。 由於北大師生的強烈反對, 1929年8月, 恢復了北京大學。 抗日戰爭爆發後, 北京大學師生輾轉南下, 與清華大學、南開大學共同組成長沙臨時大學。