中央醫院的前身是1929年10月開診的中央模範軍醫院， 1930年1月改名為中央醫院， 劉瑞恒為首任院長。
1935年， 位於南京中山東路黃埔路口的國立中央醫院。
中央醫院是民國時期南京興辦的規模最大、設備最完善的國立醫院。 1931年， 民國政府撥款擴建中央醫院， 南洋華僑胡文虎捐贈了37.5萬銀元， 由近代中國最大的建築事務所——基泰工程司的建築師楊廷寶於1931年設計， 建華營造廠於1931年6月開工建造， 1933年6月竣工。 中央醫院的建築退離中山東路10余米， 辟為道路綠化帶。 主樓面南， 高四層， 建築面積7000多平方米， 外觀為平屋頂， 整棟大樓立面呈“井”字形， 裝飾帶有中國傳統特色圖案。
1946年， 國立中央醫院。
1937年， 中央醫院撤離南京， 人員分散在重慶、貴陽兩地。 南京淪陷前夕， 醫院建築遭受日寇軍機轟炸， 損毀嚴重。 抗日戰爭勝利後， 民國政府收復醫院原址， 國立中央醫院作為“美國醫藥援華會”戰後中國醫療衛生恢復的援助項目， 進行了維修改造。