得了腸結核的患者一定要及時治療， 腸結核在慢性演進過程中， 可出現各種併發症， 嚴重的威脅了人體的健康。
腸梗阻
是本病最常見的併發症，
腸穿孔
發生率次於腸梗阻， 居第2位， 主要為亞急性或慢性穿孔， 可在腹腔內形成膿腫， 潰破後形成腸瘺。 急性穿孔較少見， 常發生在梗阻近端極度擴張的腸曲， 或見於有多段腸狹窄造成的閉鎖性腸梗阻。 潰瘍型腸結核雖有腸曲周圍組織粘連， 潰瘍一般不穿破進入游離腹腔， 但在病情發展快， 機體反應差時， 潰瘍可向深部穿透， 引起急性穿孔。
其他
有腹膜炎、腸粘連、腸套疊和收縮性憩室等。