在實務中， 對潛在供應商是否可以對採購檔提出質疑存有較大爭議， 採購人或其委託的採購代理機構， 往往以供應商未參與採購活動為由拒絕潛在供應商的質疑， 這實際上損害了供應商的合法權益。 供應商質疑的目的是尋求權利救濟， 以獲取商業機會， 如果採購檔設置了不合理的條件， 往往對潛在供應商構成了限制， 損害了其合法權益， 其應當可以尋求這方面的權利救濟。 潛在供應商對採購檔提出質疑的， 應當在獲取採購檔或者採購檔公告期限屆滿之日起7個工作日內提出。
三是， 質疑的受理與處理。
實務中， 採購人、採購代理機構最關注的， 是供應商的質疑是否具備相關條件， 是否可以對質疑進行審查以確定是否受理。 94號令並未規定質疑的受理條件， 僅在第十三條規定“採購人、採購代理機構不得拒收質疑供應商在法定質疑期內發出的質疑函， 應當在收到質疑函後7個工作日內作出答覆， 並以書面形式通知質疑供應商和其他有關供應商。 ”
首先， 採購人、採購代理機構不得拒收質疑供應商在法定質疑期內發出的質疑函， 供應商只要在法定質疑期間， 亦即知道或應當知道其合法權益受損害之日起7個工作日內發出質疑函， 採購人或其委託的採購代理機構都不得拒收。 如果質疑函的內容不符合94號令第十二條的規定，
其次， 採購人或其委託的採購代理機構應當在收到質疑函後7個工作日內作出答覆， 並以書面形式通知質疑供應商和其他有關供應商。 答覆的期間不能延長， 且應當以書面形式通知質疑供應商和其他有關供應商， 這裡的其他有關供應商是指質疑事項所涉及的供應商， 如對採購檔質疑成立的應當通知採購檔的收受人， 對採購結果質疑成立的應當通知中標成交供應商。
第三， 供應商對評審過程、中標或者成交結果提出質疑的， 採購人、採購代理機構可以組織原評標委員會、競爭性談判小組、詢價小組或者競爭性磋商小組協助答覆質疑。
8. 明確質疑處理兩種情形
——質疑不成立的繼續開展採購活動
——質疑成立且影響結果的分兩種情況區分處理
94號令對質疑處理的結果區分兩種情況：
一是， 採購人、採購代理機構認為供應商質疑不成立， 或者成立但未對中標、成交結果構成影響的， 繼續開展採購活動。
二是， 認為供應商質疑成立且影響或者可能影響中標、成交結果的，
對於第一種情況， 質疑不成立繼續開展採購活動， 這是理所當然的， 但如何理解質疑成立但未對中標、成交結果構成影響而繼續開展採購活動這種情況呢？這是質疑處理的關鍵， 這裡的質疑成立一般應理解為質疑事項並未構成違法， 如果質疑事項構成違法， 則可能會對中標、成交結果產生影響， 也就難於繼續開展採購活動了。
對於第二種情況， 認為供應商質疑成立且影響或者可能影響中標、成交結果的， 區分質疑事項後分別按照下列兩種情形進行處理：
①對採購檔提出的質疑， 依法通過澄清或者修改可以繼續開展採購活動的， 澄清或者修改採購檔後繼續開展採購活動；否則應當修改採購檔後重新開展採購活動。
②對採購過程、中標或者成交結果提出質疑的， 合格供應商符合法定數量時， 可以從合格的中標或者成交候選人中另行確定中標、成交供應商的， 應當依法另行確定中標、成交供應商；否則應重新開展採購活動。 這裡需重點理解兩個方面的問題：一是合格供應商符合法定數量， 亦即通過資格性、符合性檢查的供應商達到三家以上的；二是在合格的中標或成交候選人中另行確定中標、成交供應商。 合格的中標或成交候選人是指合法產生的供應商，採購人應依候選人排列順序確定中標、成交供應商。
質疑答覆導致中標、成交結果改變的，採購人或者採購代理機構應當將有關情況書面報告本級財政部門。
9. 對於未按期作出質疑答覆的投訴
——財政部門不能再以未經質疑為由不予受理
對採購人或其委託的採購代理機構未在規定時間內作出質疑答覆的，質疑供應商可以在答覆期滿後15個工作日內向有管轄權的財政部門提起投訴。財政部門對於採購人或其委託的採購代理機構未在規定時間內作出質疑答覆的投訴應當受理，不得以未經質疑為由不予受理。財政部門受理後可以責令採購人或其委託的採購代理機構作出質疑答覆，並根據《政府採購法實施條例》第六十八條之規定，對採購人或者採購代理機構追究法律責任。財政部門也可以對質疑事項依法進行處理，根據94號令規定作出投訴處理決定。
10. 完善投訴書內容
——要求提供事實依據、法律依據，並提交證明材料
94號令第十八條規定的投訴書內容，增加了事實依據和法律依據，同時要求投訴人提交投訴書的同時提交必要的證明材料。事實依據是指有關投訴請求的事實和理由，投訴人投訴應事實確鑿和理由充分，相關事實依據應提供必要的證明材料，不能無中生有虛構事實。除事實依據外，還要說明法律依據，說明所投訴事項的違法性。
11. 基於質疑答覆的投訴不超範圍
——財政部門應予受理並作出處理決定
94號令第二十條規定，供應商投訴的事項不得超出已質疑事項的範圍，但基於質疑答覆內容提出的投訴事項除外。質疑事項的範圍，《政府採購法》第五十二條明確規定為採購檔、採購過程和中標、成交結果；《政府採購法實施條例》第五十五條明確規定，供應商投訴的事項不得超出已質疑事項的範圍；94號令第十九條規定，投訴人提起投訴的條件之一，就是提起投訴前已依法進行質疑，質疑是投訴的前置程式。
但在實務中，投訴人往往基於質疑答覆內容而提出進一步的投訴事項，而財政部門也往往以其超出質疑範圍而拒絕受理，財政部門的這種做法有違政府採購救濟制度的設計初衷和目標。投訴人基於質疑答覆內容而提出進一步的投訴事項，總體上還是對質疑答覆不滿意的投訴，財政部門對投訴處理也主要是對質疑答覆的合法性進行審查，所以對投訴人基於質疑答覆內容而提出的進一步投訴事項，財政部門應予受理並作出處理決定。
12. 對投訴受理審查的有關規定
——5個工作日內一次性讓投訴人補正
——不屬於本部門管轄的3個工作日內書面告知投訴人有管轄權的部門
關於投訴書的補正
投訴書內容不符合94號令第十八條規定的，財政部門應當在收到投訴書5個工作日內一次性書面通知投訴人補正。補正通知應當載明需要補正的事項和合理的補正期限。這裡要求財政部門應當一次性書面通知投訴人補正，在補正通知中應當載明需要補正的事項和合理的補正期限。特別注意的是，在補正通知中應當載明合理的補正期限。如果投訴人未按照補正期限進行補正或者補正後仍不符合規定的，不予受理。
關於管轄的告知
原先的20號令第十一條規定，“投訴不屬於本部門管轄的，轉送有管轄權的部門，並通知投訴人。”而對此，94號令第二十一條作了調整，規定“投訴不屬於本部門管轄的，應在3個工作日內書面告知投訴人向有管轄權的部門提起投訴。”這一調整符合實際情況，由財政部門轉送有管轄權的部門在實踐中較為困難，且投訴人也應當向有管轄權的部門重新投訴，有管轄權的部門方可受理。
關於發送副本的期限
財政部門在收到投訴後8個工作日內向被投訴人和其他與投訴事項有關的當事人發出投訴答覆通知書及投訴書副本。原先20號令規定的5個工作日，實際上與投訴受理期限重疊，導致財政部門受理與發送副本的期限過於緊張。
13. 關於投訴中的舉證責任
——投訴人承擔相應的舉證責任
——可要求採購人(代理機構)提供投訴人無法掌握的證明材料
——被投訴人未提交證據視同放棄說明權利
94號令第二十五條對於投訴人與被投訴人的舉證責任作了規定。
關於投訴人的舉證責任
94號令第二十五條規定，“應當由投訴人承擔舉證責任的投訴事項，投訴人未提供相關證據、依據和其他有關材料的，視為該投訴事項不成立。”關於投訴人的舉證責任，不能簡單地適用“誰主張，誰舉證”的舉證規則，但投訴人投訴應當承擔相應的舉證責任。
合格的中標或成交候選人是指合法產生的供應商，採購人應依候選人排列順序確定中標、成交供應商。質疑答覆導致中標、成交結果改變的，採購人或者採購代理機構應當將有關情況書面報告本級財政部門。
9. 對於未按期作出質疑答覆的投訴
——財政部門不能再以未經質疑為由不予受理
對採購人或其委託的採購代理機構未在規定時間內作出質疑答覆的，質疑供應商可以在答覆期滿後15個工作日內向有管轄權的財政部門提起投訴。財政部門對於採購人或其委託的採購代理機構未在規定時間內作出質疑答覆的投訴應當受理，不得以未經質疑為由不予受理。財政部門受理後可以責令採購人或其委託的採購代理機構作出質疑答覆，並根據《政府採購法實施條例》第六十八條之規定，對採購人或者採購代理機構追究法律責任。財政部門也可以對質疑事項依法進行處理，根據94號令規定作出投訴處理決定。
10. 完善投訴書內容
——要求提供事實依據、法律依據，並提交證明材料
94號令第十八條規定的投訴書內容，增加了事實依據和法律依據，同時要求投訴人提交投訴書的同時提交必要的證明材料。事實依據是指有關投訴請求的事實和理由，投訴人投訴應事實確鑿和理由充分，相關事實依據應提供必要的證明材料，不能無中生有虛構事實。除事實依據外，還要說明法律依據，說明所投訴事項的違法性。
11. 基於質疑答覆的投訴不超範圍
——財政部門應予受理並作出處理決定
94號令第二十條規定，供應商投訴的事項不得超出已質疑事項的範圍，但基於質疑答覆內容提出的投訴事項除外。質疑事項的範圍，《政府採購法》第五十二條明確規定為採購檔、採購過程和中標、成交結果；《政府採購法實施條例》第五十五條明確規定，供應商投訴的事項不得超出已質疑事項的範圍；94號令第十九條規定，投訴人提起投訴的條件之一，就是提起投訴前已依法進行質疑，質疑是投訴的前置程式。
但在實務中，投訴人往往基於質疑答覆內容而提出進一步的投訴事項，而財政部門也往往以其超出質疑範圍而拒絕受理，財政部門的這種做法有違政府採購救濟制度的設計初衷和目標。投訴人基於質疑答覆內容而提出進一步的投訴事項，總體上還是對質疑答覆不滿意的投訴，財政部門對投訴處理也主要是對質疑答覆的合法性進行審查，所以對投訴人基於質疑答覆內容而提出的進一步投訴事項，財政部門應予受理並作出處理決定。
12. 對投訴受理審查的有關規定
——5個工作日內一次性讓投訴人補正
——不屬於本部門管轄的3個工作日內書面告知投訴人有管轄權的部門
關於投訴書的補正
投訴書內容不符合94號令第十八條規定的，財政部門應當在收到投訴書5個工作日內一次性書面通知投訴人補正。補正通知應當載明需要補正的事項和合理的補正期限。這裡要求財政部門應當一次性書面通知投訴人補正，在補正通知中應當載明需要補正的事項和合理的補正期限。特別注意的是，在補正通知中應當載明合理的補正期限。如果投訴人未按照補正期限進行補正或者補正後仍不符合規定的，不予受理。
關於管轄的告知
原先的20號令第十一條規定，“投訴不屬於本部門管轄的，轉送有管轄權的部門，並通知投訴人。”而對此，94號令第二十一條作了調整，規定“投訴不屬於本部門管轄的，應在3個工作日內書面告知投訴人向有管轄權的部門提起投訴。”這一調整符合實際情況，由財政部門轉送有管轄權的部門在實踐中較為困難，且投訴人也應當向有管轄權的部門重新投訴，有管轄權的部門方可受理。
關於發送副本的期限
財政部門在收到投訴後8個工作日內向被投訴人和其他與投訴事項有關的當事人發出投訴答覆通知書及投訴書副本。原先20號令規定的5個工作日，實際上與投訴受理期限重疊，導致財政部門受理與發送副本的期限過於緊張。
13. 關於投訴中的舉證責任
——投訴人承擔相應的舉證責任
——可要求採購人(代理機構)提供投訴人無法掌握的證明材料
——被投訴人未提交證據視同放棄說明權利
94號令第二十五條對於投訴人與被投訴人的舉證責任作了規定。
關於投訴人的舉證責任
94號令第二十五條規定，“應當由投訴人承擔舉證責任的投訴事項，投訴人未提供相關證據、依據和其他有關材料的，視為該投訴事項不成立。”關於投訴人的舉證責任，不能簡單地適用“誰主張，誰舉證”的舉證規則，但投訴人投訴應當承擔相應的舉證責任。