吏部
吏部為管理文職官員的機關， 掌品秩銓選之制， 考課黜陟之方， 封授策賞之典， 定籍終制之法。 吏部下設四司﹕明清為文選清吏司、驗封司、稽勳司和考功司。
戶部
戶部掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。
其內部辦理政務按地區分工而設司，
明十三司﹕河南、山東、山西、陝西、浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、四川、福建、雲南、貴州。
清增江南司，
為十四司。
各司除掌核本省錢糧外，
亦兼管其它衙門的部分庶務，
職責多有交叉。
除以上各司外，
清還設有掌管八旗事務的八旗俸餉處及現審處。
隸於戶部的機構有:掌鑄錢的錢法堂及寶泉局；掌庫藏的戶部三庫；掌倉儲及漕務的倉場衙門。
刑部
刑部為主管全國刑罰政令及審核刑名的機構， 與督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最後審理和覆核， 共為“三法司制”。 刑部的具體職掌是﹕審定各種法律， 覆核各地送部的刑名案件， 會同九卿審理“監候”的死刑、案件以及直接審理京畿地區的待罪以上案件。 刑部的內部組織機構的設置是按省設司， 明為十三司， 名稱與戶部諸司同。 清增加直隸、奉天、江蘇、安徽四司， 為十七司。 清刑部各司除分核本省刑名外， 職掌他省及衙門的部分文書收發和某些日常政務。
工部
工部為管理全國工程事務的機關。
職掌土木興建之制，
器物利用之式，
渠堰疏降之法，
陵寢供億之典。
凡全國之土木、水利工程，
機器製造工程(包括軍器、軍火、軍用器物等)，
礦冶、紡織等官辦工業無不綜理，
並主管一部分金融貨幣和統一度量衡。
明清工部下設四司﹕營繕清吏司，
掌宮室官衙營造修繕；虞衡清吏司，
掌製造、收發各種官用器物，
主管度量衡及鑄錢；都水清吏司，
掌估銷工程費用，
主管製造詔冊、官書等事；屯田清吏司，
掌陵寢修繕及核銷費用，
支領物料及部分稅收。
除四司外，
清設有製造庫，
掌製造皇帝車駕、冊箱、寶箱、儀仗、祭器等；節慎庫，
掌收發經費款項；料估所，掌估工料之數及稽核、供銷京城各壇廟、宮殿、城垣、各部院衙署等工程。
禮部
禮部掌典禮事務與學校、科舉之事。考吉、嘉、軍、賓、凶五禮之用；管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。禮部下設四司，明清皆為﹕儀制清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事；祠祭清吏司，掌吉禮、凶禮事務；主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務；精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務。四司之外，清設有鑄印局，掌鑄造皇帝寶印及內外官員印信。會同四譯館，掌接待各藩屬、外國貢使及翻譯等事。
兵部
明職掌全國軍衛、武官選授、簡練之政令。清職掌全國綠營兵籍及武職官員的機構。職掌內外武職官員的除授、封蔭之典，乘載、郵傳之制，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。兵部下設四司﹕武選清吏司，考核武職官員的品級與選補、升調、承襲、封贈諸事，並管理土司；車駕清吏司，掌全國馬政及驛傳等事；職方清吏司，掌武職官員的敘功、核過、撫恤、軍旅之簡閱、考察、巡防等事，並管理關禁與海禁；武庫清吏司，掌全國之兵籍、軍器並武科考試之事。此外，清設稽俸廳，掌稽察武職官俸；會同館，管理京師驛傳事務；捷報處，掌遞送文書。
禮部
禮部掌典禮事務與學校、科舉之事。考吉、嘉、軍、賓、凶五禮之用；管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。禮部下設四司，明清皆為﹕儀制清吏司，掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事；祠祭清吏司，掌吉禮、凶禮事務；主客清吏司，掌賓禮及接待外賓事務；精膳清吏司，掌筵饗廩餼牲牢事務。四司之外，清設有鑄印局，掌鑄造皇帝寶印及內外官員印信。會同四譯館，掌接待各藩屬、外國貢使及翻譯等事。
兵部
明職掌全國軍衛、武官選授、簡練之政令。清職掌全國綠營兵籍及武職官員的機構。職掌內外武職官員的除授、封蔭之典，乘載、郵傳之制，甄核、簡練之方，士籍、軍實之數。兵部下設四司﹕武選清吏司，考核武職官員的品級與選補、升調、承襲、封贈諸事，並管理土司；車駕清吏司，掌全國馬政及驛傳等事；職方清吏司，掌武職官員的敘功、核過、撫恤、軍旅之簡閱、考察、巡防等事，並管理關禁與海禁；武庫清吏司，掌全國之兵籍、軍器並武科考試之事。此外，清設稽俸廳，掌稽察武職官俸；會同館，管理京師驛傳事務；捷報處，掌遞送文書。