崇禎十七年（1644年）三月，
李自成攻克北京，
四月二十一日，
李自成親自統率農民軍主力十萬人（另一種說法是六萬人）在一片石一役中被吳三桂與清軍合兵擊敗，
四月二十九日，
李自成匆忙在北京稱帝后于次日率部向西安撤退，
隨著清軍的步步緊逼和大順軍的節節敗退，
李自成先後棄西安、太原，
之後又在湖北陽新、江西九江接連被清軍大敗，
最後在敗退到湖北通城九宮山時被當地民軍殺死。
李自成死後不久，
其大將劉宗敏又在與清軍作戰時被俘並處死，
一時間，
大順軍陷入了群龍無首的境地，
而南下的清軍又在此時不失時機的對農民軍開始了分化瓦解，
以期在最短的時間內剷除這股反叛勢力，
讓我們一起看看這些大順軍餘部的最後結局。
李自成死後，
原本駐守陝北和寧夏地區的西路農民軍也開始南撤，
他們也相繼進入了兩湖地區，
清廷不失時機的對這股十多萬的農民軍開始了拉攏利誘，
但這支軍隊的將領李過和高一功並沒有被清廷收賣，
他們南下聯合南明何騰蛟、堵胤錫、瞿式耜等聯合抗清，
號“忠貞營”，
南明隆武帝賜李過名赤心，
封為興國侯，
守荊州，
在率部轉戰湘、桂數年後，
李過因軍中疫病流行而病死，
高一功之後率領餘部一直堅持抗清到永曆三年（1649年），
忠貞營由慶遠（今廣西宜山）往貴州轉移之時，
高一功途中遭孫可望部襲擊而陣亡，
忠貞營也隨之瓦解。
原本追隨李自成的東路農民軍二十多萬人在李自成死後，
稱李自成為先帝，
其妻高氏為太后，
推舉李自成三弟李自敬（後在轉戰中不知所蹤）為首領，
但當時農民軍中的田見秀、郝搖旗、王進才、張鼎、李來亨等人各有自己的勢力（每人都有兩三萬的部眾），
這些將領們實際上誰也不服誰。
敗退湖北後，
這些農民軍也南下聯合南明共同抗清，
並接受南明的官職，
但隨著清軍的不斷取勝，
南明政權所控制的地域也越來越小，
在四處轉戰中農民軍的兵力也大量消耗，
之後田見秀降清後被殺，
郝搖旗在永曆十七年（1663年）進攻四川巫山時被俘殺。
王進才所部初留屯湘陰，
之後被清軍擊敗並轉掠沅州、貴州之間，
在貴州被孫可望杖殺。
李自敬失蹤後大順軍余部在李過的義子李來亨的率領下堅持抗清，
李來亨召集所部數萬人，
經過多次血戰，
率領部眾自貴州進入川、鄂邊境，
同先期到達的郝搖旗等部會師，
並聯合當地其他反清武裝，
組成了夔東十三家聯軍。
最後湖北省興山縣的茅麓山上的密林深處，
建立起抗清根據地。
永曆十七年（1663年）郝搖旗在進攻四川巫山時被清軍俘殺，
1664年（康熙三年）清廷集中川、楚、秦三省清軍和滿洲八旗十萬大軍在靖西將軍穆裡瑪的指揮下，
圍攻茅麓山。
8月4日，
寨內彈盡糧絕，
李來亨與妻、子等家人撲向熊熊烈火，
全家自殺而死。
至此，
以原大順軍餘部為主體的夔東抗清鬥爭在堅持了二十年之久後，
以失敗告終。
