花椒芽的異質性比較明顯。 通常頂芽及其下面３～４個芽比較飽滿充實， 容易萌發成枝。 由上向下到基部芽的品質依次下降， 表現在萌枝大小（即長短， 粗細）、複葉及小葉數量、果枝果序數、果粒數等都有不同程度的差別。
一般而言， 多數花椒品種芽有晚熟性， 到第二年才萌發抽枝；但是少數品種如米椒、拘椒等的芽具有早熟性， 當年可以萌發二次枝。 在頂芽受損後或秋季葉銹病造成大量落地等情況下， 都可當年萌發二次枝。
花椒的萌芽力與成枝力因品種不同而各有不同。 如大紅袍花椒萌芽力較強， 成枝力稍弱；米椒萌芽力中等， 成枝力較強。 在整形修剪時對不同的品種應區別對待。 如大紅袍在適當短截、弓枝等修剪措施下， 萌芽力與成枝力均有所改變。
花椒主幹與主枝中下部， 具有一定數量的隱芽， 老樹尤其多。 通常隱芽可潛伏一至數年不萌發， 在樹勢衰弱後常萌發抽生徒長枝， 老樹常利用此特點更新復壯。 通過春季在隱芽上方環剝、刻傷等手段均可促成該芽萌發成枝。
花椒花芽為混合芽。 據環剝摘葉法試驗觀察， 花椒樹花芽分化時間一般在６月上旬開始， ８月下旬結束。 不同品種、不同樹齡略有差異， 但絕大多數在花椒果粒迅速膨大後生長趨於變緩之時開始， 至果實成熟採收， 秋梢開始生長時停止。 大紅袍花椒花芽分化臨界期在６月５日左右。
花椒按附著及萌發情況又有主芽與副芽之分。 副芽成對生長在主芽兩側之下， 通常不萌發， 不易發現。 當主芽萌發的新梢受損（如霜凍、人為摘去等）而此時當年新芽尚未完全形成時， 兩側副芽即可成對萌發成梢， 也可成為果枝。
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