1206年成吉思汗統一漠北諸部， 於斡難河（鄂嫩河）建立大蒙古國。 當時蒙古的宗主國為金國， 金國與西夏走向衰落， 蒙古先後攻打西夏與金國， 並分別於1227年和1234年攻滅西夏和金國， 佔領中國華北。 在西方， 蒙古先後發動三次西征， 使蒙古人稱霸歐亞大陸。 1259年元憲宗蒙哥于征伐宋戰爭去世後， 領有漢地的四弟忽必烈與受漠北蒙古貴族擁護的七弟阿裡不哥為了爭奪汗位而發生戰爭， 最後於1264年由忽必烈獲勝。 忽必烈於1271年改國號為大元， 建立元朝， 即元世祖。 這場戰爭讓蒙古四大汗國先後脫離與大汗忽必烈的關係，
蒙古擴張
蒙古人的直系祖先是和鮮卑、契丹人屬同一語系的室韋各部落。 隋唐時， 他們分佈在契丹之北、韃靼之西、突厥之東（洮兒河以北，
大約在9至11世紀， 其中的一支蒙兀室韋， 從望建河下游之東逐漸西遷， 到了斡難河、克魯倫河和土剌河三河的上源一帶， 分成尼魯溫蒙古和迭兒列斤蒙古兩大支， 合稱為合木黑蒙古， 其中包括許多大大小小的氏族、部落。 合木黑蒙古之外， 當時在蒙古高原活動的， 還有蔑兒乞、塔塔兒、克烈、乃蠻、斡亦剌等部。 所有這些氏族部落， 先後都受到遼和金的統治。
蒙古部落的經濟發展很不平衡， 到12世紀時，
蒙古高原地區的眾多蒙古部落原為金國的臣屬。 隨著金國的衰落， 蒙古部落也開始壯大起來， 逐漸脫離金國政權的統治。 金泰和四年（1204年）， 蒙古諸部領袖鐵木真通過戰爭統一了蒙古高原各蒙古部落。 金泰和六年（1206年）， 鐵木真被各部落推舉為“成吉思汗”， 建立政權於漠北， 蒙古帝國成立， 國號大蒙古國。 從此， 蒙古草原結束了長期混戰的局面。
蒙古汗國成立後， 不斷發動侵略戰爭擴張其疆域。
時間
對外戰爭
1218年
滅西遼。
1219年
西征中亞花剌子模， 一直進攻到東歐的伏爾加河流域， 於1225年東歸。
1227年
滅西夏， 成吉思汗也在對西夏的遠征中死亡。
1234年
滅金國。
1241年
一度逼近東歐腹地。
1246年
招降吐蕃。
1253年
滅大理。
蒙古軍隊的對外戰爭具有征服性質， 為了減少蒙古軍隊的傷亡， 加快戰爭的進度， 蒙古軍隊在戰爭期間對敵人採取了殘酷而野蠻的政策。 向蒙古軍隊投降的地區遭受的破壞相對較小， 而大量敢於英勇反抗的地區破城之後人口被屠殺和奴役， 無數財產被掠奪損毀。 這一系列的征服戰爭給包括中國在內的歐亞大陸眾多古老文明帶來了巨大的破壞， 眾多民族受到了殘酷而不公正的民族壓迫， 難以記數的人口和財產在戰火和隨後的瘟疫、饑荒及自然災害中損失，
蒙古汗國大汗蒙哥于1259年在四川攻打合州時暴死， 終年52歲。 1259年11月， 阿裡不哥在宗王等大多數蒙古正統派的支持下於蒙古帝國首都哈拉和林通過“忽裡勒台”大會即大汗位。 與此同時， 忽必烈與南宋議和後返回開平府。 1260年3月， 忽必烈在漢人地主階級及部分蒙古宗王的支援下稱大汗；4月， 忽必烈設立中書省， 總管國家政務；5月， 忽必烈頒佈《即位詔》法令， 並建元中統。 引起了阿裡不哥和蒙古正統派的強烈不滿， 阿裡不哥與忽必烈隨即展開了四年的汗位戰爭。
1264年阿裡不哥戰敗， 忽必烈奪得蒙古汗國的最高統治權。 忽必烈推行的“行漢法”主張， 明顯違背了蒙古傳統， 造成許多蒙古貴族的不滿， 拒絕歸附忽必烈汗國，結果導致其他幾個蒙古汗國紛紛敵對。這場內戰讓四大汗國先後脫離獨立，直到元成宗時期才承認元朝為宗主國。
建立元朝
至元八年（1271年），忽必烈稱帝，公佈《建國號詔》法令，取《易經》中“大哉乾元”之意，正式建國號大元。一年後，在劉秉忠規劃下，元帝國建都于金國中原的大都。
北方政局穩定後，忽必烈決定採用南宋降將劉整建議，先拔襄陽，浮漢水入長江，進取南宋。至元五年（1268年），命阿術、劉整督師，圍困隔漢水相望的襄、樊重鎮，襄樊軍民拒守孤城達六年。至元十年（1272年）初，元軍攻下樊城，襄陽守帥呂文煥出降（見襄樊之戰）。
次年六月，忽必烈命伯顏督諸軍，分兩路大舉南進。左軍由合答節度，以劉整為前鋒，由淮西出師。伯顏本人與阿術領右軍主力，九月，自襄陽出發，沿漢水入長江；同時，命董文炳自淮西正陽南逼安慶，以為呼應。十二月，元水師入長江，克宋江防要塞陽邏堡。宋漢鄂舟師統帥夏貴遁，漢陽、鄂州宋軍降。伯顏分兵留阿裡海牙經略荊湖，自領水陸大軍順流而東，以呂文煥為前鋒。宋沿江諸帥多為呂氏舊部，皆不戰而降。至元十二年二月，賈似道被迫督諸路精兵，抵禦元軍。這時，他仍企圖奉幣稱臣議和，被伯顏拒絕，只好在池州下游丁家洲勉強與元軍會戰。因宋軍內部不和，一觸即潰。同年秋，伯顏從建康（江蘇南京）、鎮江一線分兵三道趨宋都臨安（浙江杭州）。至元十三年正月，宋幼帝趙昺上表降元。
之後，南宋大臣文天祥與張世傑、陸秀夫等在東南沿海繼續頑抗，擁立益王趙昰為帝。趙昰死後，又擁立衛王趙昺，繼續抗戰。至元十五年（1278年），文天祥兵敗被俘，被囚於大都三年之久，拒絕了元朝的招安，後從容就義。至元十六年（1279年），金國降將張弘范指揮元軍在崖山消滅了南宋最後的抵抗勢力，陸秀夫背著8歲的幼帝趙昺投海殉國，南宋滅亡。
元朝的統一，結束了自唐末藩鎮割據以來中國的南北對峙、五六個民族政權長期並存的分裂和戰亂局面，推動了多民族統一國家的鞏固和發展。
蒙古滅南宋後，統治階層出現了以許衡為首的儒臣派與以阿合馬為首的理財派官員之爭。由於蒙古需要大量財寶賞賜予各封王，加上開支繁重，所以財政日漸緊張。以儒臣派官員認為元朝應該節省經費、減免稅收。反之以色目人為主的理財派官員認為，南人藏有大量財物，應沒收以解決朝廷的財政問題。於是這個問題在朝中沒有停止。
忽必烈信任色目官員阿合馬，設立尚書省解決財政問題。而儒臣則以受漢化更深的太子真金為核心形成一派，與阿合馬抗衡。結果阿合馬被刺殺，而真金也於其後得病而死。忽必烈仍然先後任用漢人盧世榮、西藏人桑哥等理財派官員以之來解決朝廷的財政問題
遠征海外
滅宋後，忽必烈對鄰近諸國發動了一系列的侵略戰爭，如安南、占城、爪哇和日本等。至元十一年，侵日本遭遇颶風，無功而還。至元十八年，又分兩路進攻日本，由唆都率蒙古、漢軍、高麗軍從高麗東渡對馬海峽，範文虎率新附軍（元政府收編的南宋軍隊）從慶元（浙江寧波）浮海北進。元軍在日本鷹島遇颶風，戰船多壞，將卒溺死者眾，又遭日軍掩殺，幾乎全軍覆沒。
至元十九年，遣唆都從廣州渡海攻佔城，連戰逾年。至元二十一年至二十二年，鎮南王脫歡（忽必烈子）發兵侵安南（越南北部），命唆都從占城北上助戰，南北夾攻。安南王撤離都城，其主力走匿山林，避免與元軍決戰；待元軍疲憊，又出而攻擾。五月，脫歡因暑雨不止、瘟疫流行，被迫退師。唆都戰死。至元二十年、二十二年，元兵兩次從雲南出侵緬國（緬甸），至元二十四年，進至蒲甘，迫緬國定歲貢方物後退回。同年再侵安南，次年以糧盡師老北還。二十九年十二月，史弼、亦黑迷失、高興從泉州起航出侵爪哇（印尼爪哇島）。爪哇統治者降元，並請元軍助討其敵國葛郎，打敗葛郎王以後複舉兵拒元，元軍力竭退師。
抗蒙鬥爭
從攻南宋以來，連年戰爭，加以宮廷廩祿、宗藩歲賜，都需要巨額經費來支援。忽必烈急於解決國用不足的問題，因而日益信用以“理財助國”邀寵的大臣阿合馬、盧世榮、桑哥等人主持國政。至元七年至九年、二十四年至二十八年間，兩次設尚書省綜理財用。尚書省的理財政策主要包括：增加稅收、興鐵冶、鑄農器官賣、“括勘”（追還被私人、寺院奪占的南宋公田，起征田賦）、“理算”（追征各地歷年積欠的錢糧）、變更鈔法等，使國家的收入顯著增加。但由於吏治腐敗，專注搜刮，流于橫徵暴斂，成為阻礙社會經濟發展的重要原因之一。同時，為了對外戰爭，打造東征海船，沿海和江南地區徭役徵發日益加重。人民不堪沉重的封建剝削與壓迫，紛紛起義。至元二十年，江南各族人民起義凡兩百餘起，至元二十六年更增至四百餘起。在這前後，爆發了廣州歐南喜、黎德和福建黃華、鐘明亮等人領導的幾次規模較大的起義。
中期朝政
至元三十一年（1294年）忽必烈駕崩。由於太子真金早死，帝位由各方爭奪。最後，群臣在真金的長子晉王甘麻剌及三子鐵莫爾之間選擇，由於鐵莫爾受元世祖下賜皇太子寶及鎮守和林。故晉王甘麻剌退讓，鐵莫爾即位，即元成宗。停止對外戰爭，專力整頓國內軍政。採取限制諸王勢力、減免部分賦稅、新編律令等措施，使社會矛盾暫時有所緩和。
同時，發兵擊敗西北海都、篤哇等，都哇、察八兒歸附，使西北長期動亂局面有所改觀。在位期間基本維持守成局面，但濫增賞賜，入不敷出，國庫資財匱乏，鈔幣貶值。曾發兵征討八百媳婦（今泰國西北部），引起雲貴地區動亂。晚年患病，委任皇后卜魯罕和色目大臣，朝政日漸衰敗。元成宗執政末年還成功與長期敵對的窩闊台汗國議和，結束了西北的動亂局面。
大德十一年（1307年），鐵莫爾死後，前太子真金之孫海山即位於元上都，是為元武宗。並立其弟愛育黎拔力八達為皇太子，約定兄終弟及，同時又約定愛育黎拔力八達死後，帝位複歸武宗之子和世剌。元武宗為了擺脫財政危機，下令重新設立尚書省，並印發至大銀鈔，結果導致至元鈔大為貶值。至大二年（1309年），元廷與察合台汗國瓜分了窩闊台汗國，窩闊台汗國從此滅亡。
至大四年（1311年），元仁宗即位後，生母興聖皇太后的重臣鐵木迭兒為右丞相仁。元仁宗取消了元武宗的經濟措施，並立其子碩德八剌為皇太子，違背與元武宗相約先立和世琜繼位，再傳位碩德八剌等之約。封元武宗長子和世剌為周王，將周王和世琜徙居雲南，但和世琜在途中起兵前往西北遊牧，元仁宗又將和世琜之弟圖帖睦爾放逐至南方。延祐元年（1314年），提倡漢化的元仁宗恢復科舉取士，史稱“延祐複科”。
漢化與政變
延祐七年（1320年），元仁宗死，碩德八剌即位，是為元英宗。元英宗繼承了其父元仁宗的以儒治國政策，加強中央集權和官僚體制，並於至治三年（1323年）下令編成並頒佈元帝國正式法典——《大元通制》，共2539條。他還下令清除朝廷中鐵木迭兒的勢力，但隨著清理的擴大，再加上朝廷中的蒙古保守勢力對元英宗以儒治國的施政不滿，導致鐵木迭兒的義子鐵失在至治三年（1323年）夏天趁格堅汗去上都避暑之機，在上都以南15公里一個名叫南坡的地方，刺殺了元英宗及宰相拜住等人，史稱南坡之變。
元英宗被行刺後，鎮守和林的晉王甘麻剌的長子，真金的長孫，也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元英宗的叛臣後即位，是為元泰定帝。元泰定帝即位後，封被元英宗放逐到海南島的圖帖睦爾為懷王，鎮守建康。
泰定五年（1328年），元泰定帝死。丞相倒剌沙在上都奉泰定帝之子阿剌吉八為帝，是為元天順帝。而與此同時，元武宗的舊部重臣燕鐵木兒與河南行省丞相伯顏則分別秘密向漠北和江南遣使，同時迎接周王和世剌與其弟圖貼睦兒。結果，圖帖睦爾先至大都，在天曆元年（1328年）自立為帝，是為元文宗。而和世剌抵達和林後，也宣佈即位，是為元明宗。劄牙篤汗表面上表示願意退位，奉兄為帝，兩人遂相會於上都之南，元文宗毒死西拉古圖土後稱帝。
元文宗重祚以後，大興文治。天曆二年（1329年）二月，劄牙篤汗設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察歷代治亂。又令所有勳貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元代一部重要的記述典章制度的巨著。但元文宗在位期間，丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致大元朝政更加腐敗。
元文宗於至順三年（1332年）去世後，為洗刷他毒死哥哥（元和西拉古圖土）的罪行，遺詔立年僅七歲的和西拉古圖土次子懿璘質班為帝，是為元甯宗。但元甯宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥歡貼睦爾被劄牙篤汗皇后卜答失裡從靜江（廣西桂林）召回並立為帝，是為元惠宗，又稱元宣仁普孝皇帝。
元惠宗在位之初，右丞相伯顏的勢力很大，把持著朝政，甚至一度不把元惠宗放在眼裡。隨著時間的推移，元惠宗與伯顏的矛盾日益尖銳，後來在伯顏之侄脫脫的幫助下，元惠宗終於成功地廢黜了伯顏，並控制了政局。
至正三年（1343年），元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，至1345年修成。
元末民變
元朝時期，蒙古統治者變本加厲向漢人收取各種名目繁雜的賦稅，民族壓迫十分嚴重，漢人被掠奪更為常見。將各民族分為不同等級，殘酷剝削漢族群眾，人民揭竿而起，在泰定二年（1325年）就發生了河南趙醜廝、郭菩薩領導的起義。
蒙古統治階級內部卻在為爭權奪利而互相征戰，因此加速了元朝的衰落。至正十年（1350年），元政府下令變更鈔法，鑄造“至正通寶”錢，並大量發行新“中統元寶交鈔”，但導致物價迅速上漲。次年，元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民夫十五萬，士兵二萬。而官吏乘機敲詐勒索，造成不滿。白蓮教首領韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾發動起事，但事泄，韓山童被捕殺，於是劉福通帶韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“複宋”旗號，以紅巾為標誌，其後郭子興等人也紛紛加入。彭和尚亦在湖北扶助徐壽輝起義。至此揭開了大元滅亡的序幕。蒙古政府則派兵鎮壓各地紅巾軍，由丞相脫脫親自督戰攻徐州起義軍芝麻李部，一度取得了很大的勝利。
至正十四年（1354年），脫脫率軍圍攻高郵起義軍張士誠部，被朝中彈劾，功虧一簣。至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年），朱元璋繼承了病逝的郭子興的地位，並不斷擴充自己的勢力，攻佔了江南的半壁江山。與此同時，在北方察罕帖木兒（李察罕）和李思齊等元軍將領則開始對北方紅巾軍展開反攻。至正二十三年（1363年），北方紅巾軍在安豐之役中敗給新興並降蒙的張士誠，劉福通戰死，韓林兒南下投奔朱元璋，隨後被殺。
北元衰亡
朱元璋在擊敗陳友諒、張士誠、方國珍等其它南方起義軍和南方大元勢力後，於至正二十七年（1367年）開始北伐，在大將徐達、常遇春等的協助下，於至正二十八年（1368年）八月攻克通州，元惠宗於七月二十八日，倉惶北逃，徐達率軍攻陷元朝的首都元大都（北京），元作為一個全國性質的統治結束。元惠宗北遁，朱元璋認為他順天明命，給他上諡號為“順帝”。
元惠宗退至上都，隔年又至應昌。他繼續使用“大元”國號，史稱北元。當時北方除了元惠宗據有漠南漠北，關中還有元將擴廓帖木兒（王保保）駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北地區與雲南地區。朱元璋為了佔領北方，採取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元惠宗戰敗後於1370年在應昌去世，元昭宗即位後北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區。然而元將擴廓帖木兒仍然在漠北多次與明將徐達等人作戰。明太祖曾多次寫信招降，但擴廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續和明朝對抗，屢次侵犯明境。
至於北元領有的東北地區與雲南地區方面：1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝佔領遼寧南部。然而其餘東北地區仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬於金山（今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶），與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。1387年馮勝、傅友德、藍玉等人發動第五次北伐，目標是攻佔納哈出的金山。經過多次戰爭，1387年10月，納哈出投降藍玉，明朝佔領東北地區。鎮守雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原後仍然繼續忠效之。1371年明太祖派湯和等人領兵平定據有四川的明玉珍，並且勸降梁王未果。1381年12月，明軍攻入雲南，1382年梁王逃離昆明並自殺，隨後明軍攻克大理，明軍平定雲南地區。
朱元璋為了徹底掃除北元勢力，於1388年5月命藍玉率領明軍十五萬發動第六次北伐。明軍橫跨戈壁至捕魚兒海（蒙古國貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬餘人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。1388年元天元帝及長子天保奴被阿裡不哥後裔也速迭爾殺害，北元不再使用年號。
洪武三十一年（1399年），分佈在葉尼塞河上游沿岸的吉爾吉斯部首領鬼力赤，否認脫古思帖木兒之子額勒伯克的宗主權，將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。額勒伯克之子坤帖木兒繼位後也于建文四年（1402年）被鬼力赤殺死，改稱韃靼。去國號，元朝正式滅亡。
元朝單單憑藉著軍事優勢而欲支配諸國人民，在喪失其優越條件之後，立刻就被逐出了佔領地。就連在忽必烈汗的領導之下所建造的大都亦無法守住，被逼回原本故鄉所在之北方草原。從此以後，大蒙古帝國再也不曾復活。諸國之人民亦不願此事發生。
拒絕歸附忽必烈汗國，結果導致其他幾個蒙古汗國紛紛敵對。這場內戰讓四大汗國先後脫離獨立，直到元成宗時期才承認元朝為宗主國。建立元朝
至元八年（1271年），忽必烈稱帝，公佈《建國號詔》法令，取《易經》中“大哉乾元”之意，正式建國號大元。一年後，在劉秉忠規劃下，元帝國建都于金國中原的大都。
北方政局穩定後，忽必烈決定採用南宋降將劉整建議，先拔襄陽，浮漢水入長江，進取南宋。至元五年（1268年），命阿術、劉整督師，圍困隔漢水相望的襄、樊重鎮，襄樊軍民拒守孤城達六年。至元十年（1272年）初，元軍攻下樊城，襄陽守帥呂文煥出降（見襄樊之戰）。
次年六月，忽必烈命伯顏督諸軍，分兩路大舉南進。左軍由合答節度，以劉整為前鋒，由淮西出師。伯顏本人與阿術領右軍主力，九月，自襄陽出發，沿漢水入長江；同時，命董文炳自淮西正陽南逼安慶，以為呼應。十二月，元水師入長江，克宋江防要塞陽邏堡。宋漢鄂舟師統帥夏貴遁，漢陽、鄂州宋軍降。伯顏分兵留阿裡海牙經略荊湖，自領水陸大軍順流而東，以呂文煥為前鋒。宋沿江諸帥多為呂氏舊部，皆不戰而降。至元十二年二月，賈似道被迫督諸路精兵，抵禦元軍。這時，他仍企圖奉幣稱臣議和，被伯顏拒絕，只好在池州下游丁家洲勉強與元軍會戰。因宋軍內部不和，一觸即潰。同年秋，伯顏從建康（江蘇南京）、鎮江一線分兵三道趨宋都臨安（浙江杭州）。至元十三年正月，宋幼帝趙昺上表降元。
之後，南宋大臣文天祥與張世傑、陸秀夫等在東南沿海繼續頑抗，擁立益王趙昰為帝。趙昰死後，又擁立衛王趙昺，繼續抗戰。至元十五年（1278年），文天祥兵敗被俘，被囚於大都三年之久，拒絕了元朝的招安，後從容就義。至元十六年（1279年），金國降將張弘范指揮元軍在崖山消滅了南宋最後的抵抗勢力，陸秀夫背著8歲的幼帝趙昺投海殉國，南宋滅亡。
元朝的統一，結束了自唐末藩鎮割據以來中國的南北對峙、五六個民族政權長期並存的分裂和戰亂局面，推動了多民族統一國家的鞏固和發展。
蒙古滅南宋後，統治階層出現了以許衡為首的儒臣派與以阿合馬為首的理財派官員之爭。由於蒙古需要大量財寶賞賜予各封王，加上開支繁重，所以財政日漸緊張。以儒臣派官員認為元朝應該節省經費、減免稅收。反之以色目人為主的理財派官員認為，南人藏有大量財物，應沒收以解決朝廷的財政問題。於是這個問題在朝中沒有停止。
忽必烈信任色目官員阿合馬，設立尚書省解決財政問題。而儒臣則以受漢化更深的太子真金為核心形成一派，與阿合馬抗衡。結果阿合馬被刺殺，而真金也於其後得病而死。忽必烈仍然先後任用漢人盧世榮、西藏人桑哥等理財派官員以之來解決朝廷的財政問題
遠征海外
滅宋後，忽必烈對鄰近諸國發動了一系列的侵略戰爭，如安南、占城、爪哇和日本等。至元十一年，侵日本遭遇颶風，無功而還。至元十八年，又分兩路進攻日本，由唆都率蒙古、漢軍、高麗軍從高麗東渡對馬海峽，範文虎率新附軍（元政府收編的南宋軍隊）從慶元（浙江寧波）浮海北進。元軍在日本鷹島遇颶風，戰船多壞，將卒溺死者眾，又遭日軍掩殺，幾乎全軍覆沒。
至元十九年，遣唆都從廣州渡海攻佔城，連戰逾年。至元二十一年至二十二年，鎮南王脫歡（忽必烈子）發兵侵安南（越南北部），命唆都從占城北上助戰，南北夾攻。安南王撤離都城，其主力走匿山林，避免與元軍決戰；待元軍疲憊，又出而攻擾。五月，脫歡因暑雨不止、瘟疫流行，被迫退師。唆都戰死。至元二十年、二十二年，元兵兩次從雲南出侵緬國（緬甸），至元二十四年，進至蒲甘，迫緬國定歲貢方物後退回。同年再侵安南，次年以糧盡師老北還。二十九年十二月，史弼、亦黑迷失、高興從泉州起航出侵爪哇（印尼爪哇島）。爪哇統治者降元，並請元軍助討其敵國葛郎，打敗葛郎王以後複舉兵拒元，元軍力竭退師。
抗蒙鬥爭
從攻南宋以來，連年戰爭，加以宮廷廩祿、宗藩歲賜，都需要巨額經費來支援。忽必烈急於解決國用不足的問題，因而日益信用以“理財助國”邀寵的大臣阿合馬、盧世榮、桑哥等人主持國政。至元七年至九年、二十四年至二十八年間，兩次設尚書省綜理財用。尚書省的理財政策主要包括：增加稅收、興鐵冶、鑄農器官賣、“括勘”（追還被私人、寺院奪占的南宋公田，起征田賦）、“理算”（追征各地歷年積欠的錢糧）、變更鈔法等，使國家的收入顯著增加。但由於吏治腐敗，專注搜刮，流于橫徵暴斂，成為阻礙社會經濟發展的重要原因之一。同時，為了對外戰爭，打造東征海船，沿海和江南地區徭役徵發日益加重。人民不堪沉重的封建剝削與壓迫，紛紛起義。至元二十年，江南各族人民起義凡兩百餘起，至元二十六年更增至四百餘起。在這前後，爆發了廣州歐南喜、黎德和福建黃華、鐘明亮等人領導的幾次規模較大的起義。
中期朝政
至元三十一年（1294年）忽必烈駕崩。由於太子真金早死，帝位由各方爭奪。最後，群臣在真金的長子晉王甘麻剌及三子鐵莫爾之間選擇，由於鐵莫爾受元世祖下賜皇太子寶及鎮守和林。故晉王甘麻剌退讓，鐵莫爾即位，即元成宗。停止對外戰爭，專力整頓國內軍政。採取限制諸王勢力、減免部分賦稅、新編律令等措施，使社會矛盾暫時有所緩和。
同時，發兵擊敗西北海都、篤哇等，都哇、察八兒歸附，使西北長期動亂局面有所改觀。在位期間基本維持守成局面，但濫增賞賜，入不敷出，國庫資財匱乏，鈔幣貶值。曾發兵征討八百媳婦（今泰國西北部），引起雲貴地區動亂。晚年患病，委任皇后卜魯罕和色目大臣，朝政日漸衰敗。元成宗執政末年還成功與長期敵對的窩闊台汗國議和，結束了西北的動亂局面。
大德十一年（1307年），鐵莫爾死後，前太子真金之孫海山即位於元上都，是為元武宗。並立其弟愛育黎拔力八達為皇太子，約定兄終弟及，同時又約定愛育黎拔力八達死後，帝位複歸武宗之子和世剌。元武宗為了擺脫財政危機，下令重新設立尚書省，並印發至大銀鈔，結果導致至元鈔大為貶值。至大二年（1309年），元廷與察合台汗國瓜分了窩闊台汗國，窩闊台汗國從此滅亡。
至大四年（1311年），元仁宗即位後，生母興聖皇太后的重臣鐵木迭兒為右丞相仁。元仁宗取消了元武宗的經濟措施，並立其子碩德八剌為皇太子，違背與元武宗相約先立和世琜繼位，再傳位碩德八剌等之約。封元武宗長子和世剌為周王，將周王和世琜徙居雲南，但和世琜在途中起兵前往西北遊牧，元仁宗又將和世琜之弟圖帖睦爾放逐至南方。延祐元年（1314年），提倡漢化的元仁宗恢復科舉取士，史稱“延祐複科”。
漢化與政變
延祐七年（1320年），元仁宗死，碩德八剌即位，是為元英宗。元英宗繼承了其父元仁宗的以儒治國政策，加強中央集權和官僚體制，並於至治三年（1323年）下令編成並頒佈元帝國正式法典——《大元通制》，共2539條。他還下令清除朝廷中鐵木迭兒的勢力，但隨著清理的擴大，再加上朝廷中的蒙古保守勢力對元英宗以儒治國的施政不滿，導致鐵木迭兒的義子鐵失在至治三年（1323年）夏天趁格堅汗去上都避暑之機，在上都以南15公里一個名叫南坡的地方，刺殺了元英宗及宰相拜住等人，史稱南坡之變。
元英宗被行刺後，鎮守和林的晉王甘麻剌的長子，真金的長孫，也孫鐵木兒率兵南下，殺掉行刺元英宗的叛臣後即位，是為元泰定帝。元泰定帝即位後，封被元英宗放逐到海南島的圖帖睦爾為懷王，鎮守建康。
泰定五年（1328年），元泰定帝死。丞相倒剌沙在上都奉泰定帝之子阿剌吉八為帝，是為元天順帝。而與此同時，元武宗的舊部重臣燕鐵木兒與河南行省丞相伯顏則分別秘密向漠北和江南遣使，同時迎接周王和世剌與其弟圖貼睦兒。結果，圖帖睦爾先至大都，在天曆元年（1328年）自立為帝，是為元文宗。而和世剌抵達和林後，也宣佈即位，是為元明宗。劄牙篤汗表面上表示願意退位，奉兄為帝，兩人遂相會於上都之南，元文宗毒死西拉古圖土後稱帝。
元文宗重祚以後，大興文治。天曆二年（1329年）二月，劄牙篤汗設立了奎章閣學士院，掌進講經史之書，考察歷代治亂。又令所有勳貴大臣的子孫都要到奎章閣學習。奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年下令編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元代一部重要的記述典章制度的巨著。但元文宗在位期間，丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致大元朝政更加腐敗。
元文宗於至順三年（1332年）去世後，為洗刷他毒死哥哥（元和西拉古圖土）的罪行，遺詔立年僅七歲的和西拉古圖土次子懿璘質班為帝，是為元甯宗。但元甯宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥歡貼睦爾被劄牙篤汗皇后卜答失裡從靜江（廣西桂林）召回並立為帝，是為元惠宗，又稱元宣仁普孝皇帝。
元惠宗在位之初，右丞相伯顏的勢力很大，把持著朝政，甚至一度不把元惠宗放在眼裡。隨著時間的推移，元惠宗與伯顏的矛盾日益尖銳，後來在伯顏之侄脫脫的幫助下，元惠宗終於成功地廢黜了伯顏，並控制了政局。
至正三年（1343年），元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，至1345年修成。
元末民變
元朝時期，蒙古統治者變本加厲向漢人收取各種名目繁雜的賦稅，民族壓迫十分嚴重，漢人被掠奪更為常見。將各民族分為不同等級，殘酷剝削漢族群眾，人民揭竿而起，在泰定二年（1325年）就發生了河南趙醜廝、郭菩薩領導的起義。
蒙古統治階級內部卻在為爭權奪利而互相征戰，因此加速了元朝的衰落。至正十年（1350年），元政府下令變更鈔法，鑄造“至正通寶”錢，並大量發行新“中統元寶交鈔”，但導致物價迅速上漲。次年，元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民夫十五萬，士兵二萬。而官吏乘機敲詐勒索，造成不滿。白蓮教首領韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾發動起事，但事泄，韓山童被捕殺，於是劉福通帶韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“複宋”旗號，以紅巾為標誌，其後郭子興等人也紛紛加入。彭和尚亦在湖北扶助徐壽輝起義。至此揭開了大元滅亡的序幕。蒙古政府則派兵鎮壓各地紅巾軍，由丞相脫脫親自督戰攻徐州起義軍芝麻李部，一度取得了很大的勝利。
至正十四年（1354年），脫脫率軍圍攻高郵起義軍張士誠部，被朝中彈劾，功虧一簣。至正十六年（1356年）到至正十九年（1359年），朱元璋繼承了病逝的郭子興的地位，並不斷擴充自己的勢力，攻佔了江南的半壁江山。與此同時，在北方察罕帖木兒（李察罕）和李思齊等元軍將領則開始對北方紅巾軍展開反攻。至正二十三年（1363年），北方紅巾軍在安豐之役中敗給新興並降蒙的張士誠，劉福通戰死，韓林兒南下投奔朱元璋，隨後被殺。
北元衰亡
朱元璋在擊敗陳友諒、張士誠、方國珍等其它南方起義軍和南方大元勢力後，於至正二十七年（1367年）開始北伐，在大將徐達、常遇春等的協助下，於至正二十八年（1368年）八月攻克通州，元惠宗於七月二十八日，倉惶北逃，徐達率軍攻陷元朝的首都元大都（北京），元作為一個全國性質的統治結束。元惠宗北遁，朱元璋認為他順天明命，給他上諡號為“順帝”。
元惠宗退至上都，隔年又至應昌。他繼續使用“大元”國號，史稱北元。當時北方除了元惠宗據有漠南漠北，關中還有元將擴廓帖木兒（王保保）駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北地區與雲南地區。朱元璋為了佔領北方，採取兵分二路，各個擊破的方式，此即第一次北伐。元惠宗戰敗後於1370年在應昌去世，元昭宗即位後北逃至漠北和林。明將馮勝奪取了甘肅地區。然而元將擴廓帖木兒仍然在漠北多次與明將徐達等人作戰。明太祖曾多次寫信招降，但擴廓帖木兒從不理會，被朱元璋稱為“當世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，繼位的元天元帝繼續和明朝對抗，屢次侵犯明境。
至於北元領有的東北地區與雲南地區方面：1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝佔領遼寧南部。然而其餘東北地區仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬於金山（今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶），與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明朝的招撫。1387年馮勝、傅友德、藍玉等人發動第五次北伐，目標是攻佔納哈出的金山。經過多次戰爭，1387年10月，納哈出投降藍玉，明朝佔領東北地區。鎮守雲南的元朝梁王把匝剌瓦爾密，在元廷退回草原後仍然繼續忠效之。1371年明太祖派湯和等人領兵平定據有四川的明玉珍，並且勸降梁王未果。1381年12月，明軍攻入雲南，1382年梁王逃離昆明並自殺，隨後明軍攻克大理，明軍平定雲南地區。
朱元璋為了徹底掃除北元勢力，於1388年5月命藍玉率領明軍十五萬發動第六次北伐。明軍橫跨戈壁至捕魚兒海（蒙古國貝爾湖）擊潰元軍，俘虜八萬餘人，元天元帝和他的長子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明軍擒住，至此北元國勢大衰。1388年元天元帝及長子天保奴被阿裡不哥後裔也速迭爾殺害，北元不再使用年號。
洪武三十一年（1399年），分佈在葉尼塞河上游沿岸的吉爾吉斯部首領鬼力赤，否認脫古思帖木兒之子額勒伯克的宗主權，將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。額勒伯克之子坤帖木兒繼位後也于建文四年（1402年）被鬼力赤殺死，改稱韃靼。去國號，元朝正式滅亡。
元朝單單憑藉著軍事優勢而欲支配諸國人民，在喪失其優越條件之後，立刻就被逐出了佔領地。就連在忽必烈汗的領導之下所建造的大都亦無法守住，被逼回原本故鄉所在之北方草原。從此以後，大蒙古帝國再也不曾復活。諸國之人民亦不願此事發生。