痛經
內異症的臨床特徵為漸進性痛經， 是常見而突出的特徵， 多為繼發性， 即自發生內膜異位開始， 患者訴說以往月經來潮時並無疼痛， 而從某一個時期開始出現痛經， 可發生在月經前、月經時及月經後。 有的痛經較重難忍， 需要臥床休息或用藥止痛， 甚至痛得滾炕或撞頭， 疼痛常隨著月經週期而加重， 月經結束而消失， 但中國報導有21%約無痛經。
週期性直腸刺激症狀
進行性加劇的週期性直腸刺激症狀罕見於其他婦科疾病， 是診斷本症最有價值的症侯。 直腸、肛門、外陰部墜脹、墜痛、裡急後重感和大便次數增多。
導致不孕
約有50%左右內異症患者伴有不孕， 在不明原因不孕患者中， 約30-40%患內異症。 內異症患有不孕， 常因病變造成盆腔腫塊、粘連、輸卵管堵塞卵泡發育不好或排卵障礙等因素引起;而一旦懷孕則異位內膜受到抑制而萎縮， 對內異症起到很好的治療， 習慣性流產病例中有部分為子宮內膜異位症所致。
月經不調
內異症患者常有月經週期縮短、經量增多或經期延長等現象， 說明患者有卵巢功能障礙表現。 月經不調可作診斷參考， 但在鑒別診斷中並無價值。