《清史稿》記載：康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）， 施琅率兵二萬餘人， 乘戰船二百餘艘出征。 鄭克塽則派勇敢善戰的劉國軒守澎湖， 所率兵將戰船與施琅相當。 “緣岸築短牆， 置腰銃， 環二十餘裡為壁壘”， 兩軍展開激戰， 歷時七晝夜。 施琅右眼負傷， 遊擊蘭理中炮“腹破腸流出， 為掬而納諸腹， 持匹練縛其創。 理呼殺賊， 麾兵進”。 澎湖大戰， 鄭軍大敗。 清軍擊沉敵船159艘， 鄭軍死傷12000人， 浮屍遍海， 劉國軒僅率31艘船逃回臺灣。
澎湖戰敗， 鄭克塽等如驚弓之鳥。 主將施琅趁機進行策反， 特別是優待俘虜， 優禮相待， 賞給銀米。 800名傷殘者醫治之後， 釋放回台， 令他們宣示招撫之意， 臺灣民眾“莫不解體歸心， 唯恐王師之不早來”， 此時的鄭氏已無抵抗能力， 在7月27日向清軍奉表納降， 呈交延平王金印和戶口土地冊籍。 康熙接受投降， 優待鄭氏， 稱：“爾等從前抗違之罪， 全行赦免。 仍從優敘錄。
清廷始設臺灣府與臺灣、鳳山、諸羅三縣， 隸屬福建省， 在台澎分別駐兵1萬人， 設官治理、築城戍守， 臺灣寶島得以統一於清朝政府之下。
施琅因統一臺灣有功， 封靖海侯。 他與鄭氏有殺戮父子兄侄的大仇， 有人認為：施琅戰勝必定會進行報復。
然而， 施琅未妄殺鄭氏一人， 反而， 前往祭祀殺父滅族的仇人塑像， 向鄭成功的塑像深深一鞠躬， 然後， 從口袋裡掏出昨夜親自寫好的祭文，
在場的人無不感受， 齊聲說施琅高風亮節， 情真意切。 統一臺灣後， 清政府為了促進臺灣經濟的發展， 採取了一系列有力措施。
一是大力推行墾荒政策， 組織在台清軍參加墾荒。 施琅的一個參將陳致遠就“募佃開墾田園二萬餘畝”， 招一些流民， 當時， 福建沿海一些地區的人多在春時往台耕種， 秋時回籍， 政府允許內地知縣對去台之人發給執照， 文武官員驗照放行， 允許去台之人攜帶家眷， 促使臺灣人口激增， 在台漢民已逾200萬。 有力促進當地土著與漢民的大融合。 這些移民將大陸上先進的鐵制耕具和生產技術帶到臺灣， 同當地漢人、高山族人民一起掀起了開發臺灣的新高潮。據記載，統一之後臺地日辟，生齒日繁，人煙輻輳，市摩漸興。
二是投入鉅資興修水利。臺灣府所屬各縣廣泛興修水利，取得了很大成績。如諸羅縣就曾修破70、圳5，“蓄泄三年之間，田穀倍獲”
三是開展兩岸貿易交流。臺灣與內地的聯繫與往來不斷加強，允許沿海地區的百姓浮海貿易，同時還對“捕魚蝦小船及民間日用之物並湖口貿易，悉免其出稅”。因此，海上貿易十分盛行，地區也相當廣泛。
四是減輕臺灣人民的負擔。採取了一些措施，以減輕臺灣人民的負擔。首先，減免賦稅。臺灣在荷蘭殖民者和鄭經統治時期賦稅繁重：“上則（田）年征谷十八石，中十五石六鬥，下十石二鬥”；康熙時減為：上則田年征粟八石八鬥，中則田七百四鬥，下則田五石五鬥；雍正時再減為：上則田二石八鬥，中則田二石二鬥，下則田一石九鬥。
五是促進基礎農業發展。臺灣的農業、畜牧業和手工業都有了很大的發展。雍正年間，“上田一甲收谷百石，中七十石，下四十石”，每年稻米產量達七八百萬石之多。桑棉種植十分普遍和興旺，“雞豚之畜數倍內地”。手工業。尤其是制糖業更得到了迅速的發展。在康熙年間，臺灣三縣“植蔗為糖，歲產五六十萬（簍）”。每簍合一百七八十斤，總產量一億多斤，不僅銷售沿海，進人京津，而且遠銷國外。因此，史稱臺灣“糖穀之利甲天下”。
六是促進文化教育事業興旺。統一臺灣之後，高度重視發展臺灣的文化教育，給臺灣同胞提供了更多接受教育的機會；另一方面是經濟社會的發展，使得人們的生活水準逐漸提升，在“百業士為先”的傳統觀念之下，越來越多的臺灣學子希望接受更多更好的教育。 清政府因此大辦學校，“擇漢人之通文理者，給以館谷，教諸番童”。在這些學校中，高山族子弟進步很快，“有背誦詩、易經無訛者，作字頗有楷法”。
臺灣與大陸一衣帶水，自古以來密切合作，文化的緊密相連，同樣組成了中華文化大家庭的一員，臺灣回歸以後，中華大統一的局面形成了，為中華民族的發展振興，長治久安，都有著十分重要的意義！
同當地漢人、高山族人民一起掀起了開發臺灣的新高潮。據記載，統一之後臺地日辟，生齒日繁，人煙輻輳，市摩漸興。二是投入鉅資興修水利。臺灣府所屬各縣廣泛興修水利，取得了很大成績。如諸羅縣就曾修破70、圳5，“蓄泄三年之間，田穀倍獲”
三是開展兩岸貿易交流。臺灣與內地的聯繫與往來不斷加強，允許沿海地區的百姓浮海貿易，同時還對“捕魚蝦小船及民間日用之物並湖口貿易，悉免其出稅”。因此，海上貿易十分盛行，地區也相當廣泛。
四是減輕臺灣人民的負擔。採取了一些措施，以減輕臺灣人民的負擔。首先，減免賦稅。臺灣在荷蘭殖民者和鄭經統治時期賦稅繁重：“上則（田）年征谷十八石，中十五石六鬥，下十石二鬥”；康熙時減為：上則田年征粟八石八鬥，中則田七百四鬥，下則田五石五鬥；雍正時再減為：上則田二石八鬥，中則田二石二鬥，下則田一石九鬥。
五是促進基礎農業發展。臺灣的農業、畜牧業和手工業都有了很大的發展。雍正年間，“上田一甲收谷百石，中七十石，下四十石”，每年稻米產量達七八百萬石之多。桑棉種植十分普遍和興旺，“雞豚之畜數倍內地”。手工業。尤其是制糖業更得到了迅速的發展。在康熙年間，臺灣三縣“植蔗為糖，歲產五六十萬（簍）”。每簍合一百七八十斤，總產量一億多斤，不僅銷售沿海，進人京津，而且遠銷國外。因此，史稱臺灣“糖穀之利甲天下”。
六是促進文化教育事業興旺。統一臺灣之後，高度重視發展臺灣的文化教育，給臺灣同胞提供了更多接受教育的機會；另一方面是經濟社會的發展，使得人們的生活水準逐漸提升，在“百業士為先”的傳統觀念之下，越來越多的臺灣學子希望接受更多更好的教育。 清政府因此大辦學校，“擇漢人之通文理者，給以館谷，教諸番童”。在這些學校中，高山族子弟進步很快，“有背誦詩、易經無訛者，作字頗有楷法”。
臺灣與大陸一衣帶水，自古以來密切合作，文化的緊密相連，同樣組成了中華文化大家庭的一員，臺灣回歸以後，中華大統一的局面形成了，為中華民族的發展振興，長治久安，都有著十分重要的意義！